پاپیون ساخت - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

ساخت پاپیون - ایجاد یک شاخص فضای رنگی برای پاپیون

خلاصه

پاپیون سازی [گزینه های]*

شرح

مرجع_در
فهرست فایل‌های جدا شده با کاما با دنباله‌های ref

ebwt_outfile_base
داده های Ebwt را در فایل هایی با این نام dir/base بنویسید

OPTIONS

-f فایل های مرجع Fasta هستند (پیش فرض)

-c دنباله های مرجع داده شده در خط cmd (به عنوان )

--شاخص بزرگ
شاخص تولید نیروی "بزرگ" باشد، حتی اگر مرجع کمتر از 4 میلیارد باشد
نوکلئوتیدها

-C/--رنگ
ایجاد یک شاخص فضای رنگی

-a/--نواتو
خودکار را غیرفعال کنید -p/--bmax/--dcv-fitting memory

-p/--بسته بندی شده
از رشته های بسته بندی شده در داخل استفاده کنید. کندتر، از حافظه کمتری استفاده می کند

--bmax
max bucket sz برای سازنده آرایه پسوند بلوکی

--bmaxdivn
max bucket sz به عنوان مقسوم علیه لن (پیش فرض: 4)

--dcv
دوره پوشش متفاوت برای بلوک (پیش‌فرض: 1024)

-- nodc غیرفعال کردن پوشش تفاوت (الگوریتم درجه دوم می شود)

-r/--نورف
بخش 3/.4.ebwt (مرجع بسته بندی شده) را نسازید

-3/--justref
فقط بخش 3/.4.ebwt (مرجع بسته بندی شده) را بسازید

-o/--فرات
SA از هر نویسه BWT 2^offRate نمونه برداری می شود (پیش فرض: 5)

-t/--فتابچارها
تعداد کاراکترهای مصرف شده در جستجوی اولیه (پیش‌فرض: 10)

--نتوآ تبدیل Ns در ارجاع به As

-- دانه
دانه برای مولد اعداد تصادفی

-q/--ساکت
خروجی پرمخاطب (برای اشکال زدایی)

-h/--کمک
چاپ شرح دقیق ابزار و گزینه های آن

--استفاده
این پیام استفاده را چاپ کنید

- نسخه
اطلاعات نسخه را چاپ کنید و از آن خارج شوید

64 بیتی ساخته شده در lgw01-11 پنجشنبه 26 نوامبر 11:11:03 UTC 2015 کامپایلر: gcc نسخه 5.2.1 20151123
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) گزینه ها: -O3 -Wl,--hash-style=هردو -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2
-fstack-محافظ-قوی -فرمت -خطا=فرمت-امنیت -g -O2 -fstack-محافظ-قوی
-فرمت -خطا=فرمت-امنیت -Wlتوابع - نمادین -Wl,-z,relro Sizeof {int, long,
طولانی طولانی، خالی*، size_t، off_t}: {4، 8، 8، 8، 8، 8}

با استفاده از خدمات onworks.net از پاپیون بیلد آنلاین استفاده کنید