این دستور bowtie2-build است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
Bowtie2-build - لفاف برای پاپیون2-build-*
خلاصه
پاپیون2-ساخت [گزینه های]*
شرح
Bowtie 2 نسخه 2.2.6 توسط Ben Langmead ([ایمیل محافظت شده]، www.cs.jhu.edu/~langmea)
مرجع_در
فهرست فایل‌های جدا شده با کاما با دنباله‌های ref
bt2_index_base
داده های bt2 را در فایل هایی با این نام dir/base بنویسید
*** ایندکس های Bowtie 2 فقط با v2 (نه v1) کار می کنند. به همین ترتیب برای شاخص های v1. ***
OPTIONS
-f فایل های مرجع Fasta هستند (پیش فرض)
-c دنباله های مرجع داده شده در خط cmd (به عنوان )
--شاخص بزرگ
شاخص تولید نیروی "بزرگ" باشد، حتی اگر مرجع کمتر از 4 میلیارد باشد
نوکلئوتیدها
-a/--نواتو
خودکار را غیرفعال کنید -p/--bmax/--dcv-fitting memory
-p/--بسته بندی شده
از رشته های بسته بندی شده در داخل استفاده کنید. کندتر، حافظه کمتر
--bmax
max bucket sz برای سازنده آرایه پسوند بلوکی
--bmaxdivn
max bucket sz به عنوان مقسوم علیه لن (پیش فرض: 4)
--dcv
دوره پوشش متفاوت برای بلوک (پیش‌فرض: 1024)
-- nodc غیرفعال کردن پوشش تفاوت (الگوریتم درجه دوم می شود)
-r/--نورف
فایل های شاخص 3/.4 را نسازید
-3/--justref
فقط فایل های شاخص 3/.4 را بسازید
-o/--فرات
SA هر 2^ نمونه برداری می شود نویسه‌های BWT (پیش‌فرض: 5)
-t/--فتابچارها
تعداد کاراکترهای مصرف شده در جستجوی اولیه (پیش‌فرض: 10)
-- دانه
دانه برای مولد اعداد تصادفی
-q/--ساکت
خروجی پرمخاطب (برای اشکال زدایی)
-h/--کمک
چاپ شرح دقیق ابزار و گزینه های آن
--استفاده
این پیام استفاده را چاپ کنید
- نسخه
اطلاعات نسخه را چاپ کنید و از آن خارج شوید
با استفاده از خدمات onworks.net به صورت آنلاین از bowtie2-build استفاده کنید
