این دستور bp_search2alnblocksp است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
bp_search2alnblocks - گزارش(های) قابل تجزیه SearchIO را به مجموعه ای از بلوک های تراز شده تبدیل کنید
خلاصه
bp_search2alnblocks --minid PERCENTID --minlen LEN --minevalue EVALUE file1.
blast file2.blast ...> out.fas
شرح
این اسکریپت خروجی BLAST (یا فرمت های دیگر Bio::SearchIO را می تواند تجزیه کند) تجزیه و فیلتر می کند.
و تراز را به عنوان بلوک های تراز بر اساس HSP ها فرمت کنید. توجه داشته باشید این فقط می تواند
اگر فایل ورودی تجزیه شده حاوی موارد لازم باشد، کار کنید.
معمولاً می توان از این برای تبدیل خروجی BLAST به فرمت تراز FASTA برای ورودی استفاده کرد
به ژن یاب مقایسه ای QRNA برای ژن های RNA (E.Rivas).
OPTIONS
--maxevalue حداکثر E-value برای HSP
--minevalue حداقل E-value برای HSP
--minlen حداقل طول HSP [پیش‌فرض 0]
--maxid حداکثر شناسه درصد [پیش‌فرض 100]
(برای کمک به حذف دنباله هایی که واقعا نزدیک هستند)
- حداقل حداقل درصد هویت برای HSP [پیش‌فرض 0]
-i/--input نام فایل ورودی اختیاری (به طور پیش‌فرض انتظار می‌رود ورودی STDIN باشد)
-o/--output نام فایل خروجی اختیاری (به طور پیش فرض به STDOUT صادر می شود)
-f/--format یک قالب جستجوی ترازبندی متفاوت را مشخص کنید-
{fasta، axt، waba، blast، blastxml} همه مجاز هستند
اگر چه قالب باید دارای تراز واقعی باشد
دنباله ای برای کار این اسکریپت
نگاه کنید به L برای اطلاعات بیشتر.
-of/--outformat فرمت خروجی برای بلوک های تراز، هر چیزی
L پشتیبانی می کند.
-v/--verbose اشکال زدایی را روشن کنید
نویسنده - جیسون استاجیچ
جیسون استاجیچ، jason-at-bioperl-dot-org.
با استفاده از خدمات onworks.net از bp_search2alnblocksp به صورت آنلاین استفاده کنید
