chemtool - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

chemtool - ویرایشگر ساختارهای شیمیایی

خلاصه

شیمیایی [نام فایل]

شرح

شیمیایی برنامه ای برای ترسیم مولکول های آلی و صادرات آنها به صورت X bitmap، PNG،
فایل PicTeX، Xfig، SVG، SXD، MDL یا EPS. تحت سیستم پنجره X با استفاده از GTK اجرا می شود
مجموعه ویجت

این برنامه اساساً نامحدود خنثی کردن/دوباره، دو فونت متن به اضافه نمادها، هفت را ارائه می دهد
رنگ‌ها، طراحی در چندین مقیاس بزرگ‌نمایی، و شبکه‌های پس‌زمینه مربعی و شش ضلعی برای آسان‌تر شدن
هم ترازی.

مثال ها

در تمام حالت های طراحی و ویرایش، از دکمه یک ماوس (معمولاً دکمه سمت چپ) استفاده می شود
علامت گذاری یا ترسیم اشیاء، در حالی که دکمه سه (دکمه سمت راست) را می توان برای حذف اشیاء استفاده کرد
از نوع فعلی دکمه میانی عمدتاً در حالت‌های ترسیم پیوند استفاده می‌شود
امکان تغییر سریع نوع اوراق را فراهم می کند. شروع با نسخه 1.5، ذخیره سازی پیش فرض
دایرکتوری برای فایل های داده، و پسوند نام فایل برای استفاده، می تواند از طریق a ذخیره شود
گفتگوی پیکربندی

رسم of اوراق قرضه:
پیوندها را می توان در 4 زاویه مختلف رسم کرد (شش ضلعی با فواصل 30 درجه، دو
پنج ضلعی با فواصل 72 درجه (جهت متفاوت) و یک هشت ضلعی 45 درجه). (حد واسط
زاویه در همه این حالت ها نیز امکان پذیر است - فقط نقاط نشانگر را در این مورد نادیده بگیرید
مورد).

انتخابگر سبک پیوند در مرکز نوار دکمه، نوع پیوند را تعیین می کند
کشیده شده - در ابتدا، این یک پیوند واحد است. اگر می خواهید نوع اوراق قرضه را بعداً تغییر دهید،
یا با دکمه وسط ماوس روی آن کلیک کنید تا به نوع(های) بعدی بروید یا
نوع مناسب را در انتخابگر انتخاب کنید و سپس به حالت bondtype بروید و همه را انتخاب کنید
اوراق قرضه ای که می خواهید به نوع جدید تغییر دهید. (رنگ مورد استفاده برای باند است
در صورت لزوم همزمان به روز می شود.) فشار دادن دکمه وسط ماوس روی یک باند در هنگام ورود
حالت "Bondtype" جهت آن پیوند را معکوس می کند.

با استفاده از دکمه سوم (معمولاً سمت راست) ماوس، پیوند کنار مکان نما را حذف می کند
موقعیت.

انواع اوراق قرضه موجود عبارتند از:

· پیوند واحد

· پیوند دوگانه

· پیوند دوگانه (خط کوتاهتر در طرف دیگر)

· پیوند دوگانه متمرکز

· پیوند سه گانه (خطوط کناری کوتاهتر از مرکز)

· پیوند سه گانه (با طول خط مساوی)

· پیوند چهارگانه

· پیوند گوه ای شکل

· پیوند گوه ای شکل

· خط موج دار

· نیم فلش

· فلش منظم

· پیوند گسترده

· دایره

· خط نقطه چین

· پیوند منفرد همپوشانی (که بخشی را از هر پیوندی که از آن عبور می کند جدا می کند)

· لوب مداری پی نور

· لوب مداری پی تیره

نیمه خود کار رسم of حلقه:
حلقه‌های 3 تا 12 عضوی را می‌توان به راحتی با نگه داشتن کلید Ctrl در حین رسم رسم کرد.
خط سپس این خط به اولین بخش از یک حلقه تبدیل می شود که به طور خودکار ترسیم می شود
در جهت عقربه های ساعت اندازه حلقه به طور پیش فرض به اندازه حلقه انتخاب شده است
حالت ترسیم (یعنی 5، 6 یا 8 طرف)، اما می توان آن را بر اساس هر حلقه با فشار دادن تنظیم کرد.
Ctlr- قبل از کشیدن حلقه، جایی که اعداد 3-9 مربوط به 3 تا 9 عضو هستند
حلقه ها، در حالی که 0 تا 2 به ترتیب حلقه های 10، 11 و 12 عضوی را انتخاب می کنند.

حلقه های تازه کشیده شده را می توان با فشار دادن Ctrl و دکمه 3 ماوس با هم حذف کرد.

رسم of منحنی خطوط:
خطوط منحنی برای اجسامی مانند فلش ها یا لوب های مداری را می توان در حالت منحنی spline ترسیم کرد.
تعیین چهار نقطه کنترل که یک چند ضلعی محدود را تشکیل می دهند (نقطه شروع، دو نقطه روی
هر طرف قله، نقطه پایانی). از انواع اوراق عادی موجود در منوی سبک،
"خط تک"، "نیمه پیکان"، پیکان و "خط چین" عملکرد معمول خود را حفظ می کنند، در حالی که
نوع "خط گسترده" برای نشان دادن چند ضلعی پر استفاده می شود. نقاط کنترل فقط هستند
قابل مشاهده در حرکت حالت، که در آن می توان آنها را به اطراف کشید تا شکل یک منحنی را بعد از آن تغییر دهد
کشیده شده است.

محیط اوراق قرضه سبک
در حالت bond style، با کلیک بر روی هر پیوند در نمودار، نمایش آن به شکل تغییر می‌کند
نوع انتخاب شده در منوی کشویی کنار نوع را فشار دهید.

نوع باند اضافی موجود در منوی کشویی،

فلش منحنی

فقط برای نقاشی موجود است. این در واقع یک میانبر برای یکی از ترسیم منحنی است
توابع شرح داده شده در بالا، با نقاط کنترل دوم و سوم به طور خودکار
تولید شده است. به این ترتیب، نمی توان آن را به یا از هیچ یک از انواع اوراق قرضه معمولی تبدیل کرد.

(اما می توان آن را به هر یک از انواع منحنی دیگر تبدیل کرد، به عنوان مثال برای تغییر نوع
نوک پیکان). شکل فلش معمولاً باید با جابجایی آن تنظیم شود
نقطه کنترلی که در کنار آن در حالت "حرکت" ظاهر می شود.

درج کردن متن
متن نوشته شده در جعبه متن را می توان با مکان نما قرار داد و ممکن است در سمت چپ ظاهر شود.
وسط یا راست تراز در نقاشی. اندازه متن و رنگ از یک ثابت قابل انتخاب است
لیست انتخاب ها دو کاراکتر ویژه وجود دارد که برای زیرنویس و بالانویس استفاده می شود
شخصیت زیر:

'^' برای جابجایی به بالا (به عنوان مثال N^+)

'_' برای جابجایی به پایین (به عنوان مثال CH_3)

کاراکتر کنترل '|' برای ایتالیک کردن کاراکتر زیر مانند |t-Bu استفاده می شود.

یک فونت پررنگ، که معمولاً برای شماره گذاری ترکیبات استفاده می شود، می تواند با قبل از علامت انتخاب شود
کاراکتر با "#".

کاراکتر ویژه '@' به حالت نماد تغییر می کند که از نماد استاندارد X11 استفاده می کند
فونت تمام کلیدهای الفبایی در این حالت کاراکترهای یونانی مربوطه را تولید می کنند و
اگر معادل استاندارد Latin1 آنها قبلاً وجود داشته باشد، چندین نماد دیگر در دسترس هستند
روی صفحه کلید نگاشت:

ین -> بی نهایت

خط تیره -> بالا و پایین

macron -> downarrow

نمادهای 'plusminus' و 'registered' (علامت تجاری) در حال حاضر با فونت استاندارد هستند،
اگرچه آنها معمولاً روی صفحه کلید در دسترس نیستند. از دستورات زیر استفاده کنید (یا
اعلانات را به خود اضافه کنید xmodmaprc ) برای در دسترس قرار دادن آنها از طریق +
( + ):

xmodmap -e 'keysym r = r R ثبت شده' \
-e 'keysym o = o O yen' \
-e 'keysym p = p P plusminus' \
-e 'keysym u = u U خط فاصله' \
-e 'keysym d = d D macron'

(این منجر به AltGr-P = plusminus، AltGr-R = ثبت در حالت عادی و AltGr-O = می شود.
بی نهایت، AltGr-U = بالا، AltGr-D = پایین در فونت نماد).

برای نمودارهای «نقطه و ضربدر»، نگاشت زیر به قلم نماد ممکن است
مفید: حاد -> متقاطع (به عنوان مثال keysym x = x X حاد) نقطه میانی -> نقطه پر (به عنوان مثال keysym)
d = d D periodcentered) (با استفاده از علامت درجه برای نقطه باز).

نسخه های دایره ای از علائم مثبت و منفی برای نشان دادن بار یونی به صورت @+ موجود است
و @- .

هنگامی که می خواهید از نمادها به عنوان زیرنویس یا بالانویس استفاده کنید، زیر یا رونویسی را قرار دهید
نویسه قبل از کاراکتر '@'، به عنوان مثال K_@a.

در حالت متن، دکمه سمت راست ماوس برچسب را در موقعیت مکان نما حذف می کند. در حال تغییر
اندازه، فونت یا رنگ یک برچسب را می توان با کلیک چپ بر روی آن پس از انتخاب آن انجام داد
ترکیبی از تنظیمات دلخواه وقتی کادر ورودی متن بالای ناحیه طراحی خالی است،
فقط تنظیمات بدون تغییر محتویات برچسب به روز می شوند، در غیر این صورت
متن برچسب نیز جایگزین می شود. اگر می خواهید متن یک برچسب موجود را در آن کپی کنید
کادر ورود متن، با دکمه وسط ماوس روی آن کلیک کنید.

برچسب زدن کلید های میانبر
در همه حالت‌های ترسیم پیوند، چند میانبر صفحه کلید برای افزودن نمادهای اتم موجود است
بدون نیاز به ترک حالت ترسیم. برچسب در موقعیت ترسیم فعلی قرار می گیرد
(نقطه پایان آخرین خط کشیده شده یا نقطه ای که آخرین بار روی آن کلیک شده است).

کلیدهای «c»، «h»، «n»، «o»، «s»، «p» و «r» حرف بزرگ مربوطه، «l» را وارد می‌کنند.
(حروف کوچک L) 'Cl' را درج می کند، در حالی که '1'، '2'، '3' به ترتیب CH،CH_2 و CH_3 را وارد می کند. را
کلید ستاره (*) یک دایره پر شده را وارد می کند.

یک بار فشار دادن کلید فاصله به شما امکان می دهد برچسب های دلخواه را وارد کنید که در قرار می گیرند
موقعیت فعلی هنگامی که کلید بازگشت را فشار می دهید.

رسم الکترون جفت
از کلیدهای صفحه کلید عددی می توان برای ترسیم خطوط کوتاه "جفت الکترون" در کنار یک
نماد عنصر - اگر تصور کنید که نماد عنصر روی کلید مرکزی '5' نشسته است،
هر کلید جفت الکترون مناسب را برای موقعیت خود ترسیم می کند. هنگام استفاده همراه با
کلید Shift، دو نقطه به جای یک خط کشیده می شود - اگر یکی از نقاط را دوباره حذف کنید
شما به تعداد فرد الکترون نیاز دارید.

شماره اتم ها
برای شماره‌گذاری سریع اتم‌های یک مولکول، به یکی از حالت‌های متنی بروید، نگه دارید
کلید کنترل را فشار دهید و هر اتم را پشت سر هم با دکمه سمت چپ ماوس انتخاب کنید. شماره گذاری
از 1 شروع می شود، و توالی می تواند در هر زمان با کلیک بر روی دکمه سمت راست ماوس بازنشانی شود.
اگر می خواهید از طرح شماره گذاری خود استفاده کنید، روی دکمه وسط کلیک کنید (در حالی که هنوز
نگه داشتن کلید Control) باعث می شود هر عددی را که در فیلد وارد کردن متن وجود دارد را انتخاب کند.

مرکزی
اگر فضای کافی برای مولکول شما وجود ندارد، می توانید آن را در وسط صفحه قرار دهید
با دکمه مرکزی

صادرات به خارجی فرمت ها:
شما می توانید مولکول های خود را به عنوان یک بیت مپ X، یک تصویر PNG یا EMF، یک کپسوله صادر کنید.
فایل پست اسکریپت، یک فایل ورودی برای برایان اسمیت xfig(1) برنامه، نسخه MDL. مولفایل 2000
برای تبادل داده با بسته های تجاری، یک فایل SVG برای صفحات وب XHTML یا در
فرمت PicTeX برای گنجاندن مستقیم در اسناد LaTeX. PicTeX، PNG، EMF و
توابع خروجی پست اسکریپت به fig2dev81) برنامه از تغییر شکل(1) بسته
و فقط زمانی در دسترس هستند که این برنامه هنگام راه اندازی شناسایی شود. اگر fig2sxd(1)
برنامه نصب شده است، یک گزینه صادرات اضافی برای فرمت OpenOffice SXD در دسترس است.
به همین ترتیب، اگر برنامه babel (باز) نصب شده باشد، یک منوی Export اضافی ارائه می کند
دسترسی به تمام انواع فایل های پشتیبانی شده توسط این ابزار در دسترس می شود.

می توانید خروجی ها را در اندازه های مختلف با توجه به مقیاس بزرگنمایی فعلی ایجاد کنید.
فایل‌های پست اسکریپت و PicTeX نیز می‌توانند در مقیاس‌های دلخواه و قابل انتخاب روی آن ایجاد شوند
منوی فایل صادراتی

یک گزینه در منوی پیکربندی را می توان برای تماس تنظیم کرد fig2dev به زبان بین المللی
حالت، که به طور خودکار هر متن نوشته شده با فونت جایگزین (Times) را با استفاده از آن ارائه می کند
فونت پست اسکریپت مناسب برای منطقه فعلی (در حال حاضر کرواتی، سیریلیک،
چک، مجارستانی، ژاپنی، کره ای، لهستانی). را ببینید fig2dev اسناد برای جزئیات

برای گنجاندن فایل PicTeX در سند LaTeX خود، به بسته ماکرو pictex نیاز دارید.
بسته به نسخه هایی که استفاده می کنید، ممکن است مجبور شوید بسته رنگی را نیز در آن بارگیری کنید
مقدمه فایل LaTeX شما اگر با پیام‌های خطای «بیش از ظرفیت TeX» مواجه شدید،
پارامتر extra_mem_bot را در خود افزایش دهید texmf.cnf فایل (معمولا در
/usr/share/texmf/web2c, /usr/local/texmf or /etc/texmf). پیکتکس به خاطر غیرمعمولش معروف است
(بر اساس استانداردهای تکس) نیازهای حافظه، و تنظیمات استاندارد این مورد را در نظر نمی گیرند
(اگرچه ممکن است نظری را بیابید "اگر از پیکتکس استفاده می کنید این را تغییر دهید". texmf.cnf
فایل). چیزی مانند extra_mem_bot=400000 نباید در هیچ نسبتاً مدرنی صدمه ببیند.
سیستم.

چاپ نقشه ها
از نسخه 1.5، چاپ مستقیم نمودارها به یک دستگاه چاپ با قابلیت Postscript (یا
به طور معمول یک صف چاپ در حال اجرا ghostscript) امکان پذیر است. اندازه کاغذ،
بزرگنمایی، نام چاپگر و دستور چاپ مورد استفاده (در حال حاضر یا lp(1) لیتر(1)
or kprinter(1)) را می توان در گفتگوی پیکربندی ذخیره کرد.

انتخاب تمام or بخش of a رسم برای تحولات:
با استفاده از دکمه "مارک"، می توانید به راحتی بخش هایی از نقاشی فعلی را با محصور کردن انتخاب کنید
آنها را با یک مستطیل "لاستیکی".

اگر می‌خواهید اتم‌هایی خارج از ناحیه مستطیلی به انتخاب خود اضافه کنید، به سادگی رسم کنید
یک نوار لاستیکی دیگر در حالی که کلید Ctrl را نگه داشته اید، دور آنهاست.

قسمت‌های انتخاب‌شده با رنگ آبی مشخص می‌شوند و فوراً در دسترس هستند

متحرک به سادگی قطعه را در حالی که نگه داشته اید با ماوس به موقعیت مورد نظر بکشید
پایین دکمه سمت چپ ماوس (اگر فقط نیاز به جابجایی اتم های جداگانه یا
اوراق قرضه، شما به سادگی می توانید آنها را در حالت "حرکت" بدون علامت گذاری انتخاب کرده و بکشید
اول آنها).

چرخشی حرکت افقی ماوس به چرخش صاف در اطراف ترجمه می شود
نقطه محوری هنگام فشار دادن دکمه ماوس انتخاب می شود

کوه در می رم (آینه کاری) قطعه در مورد یک صفحه آینه افقی یا عمودی از طریق
مرکز آن: این کار با کلیک بر روی دکمه منوی مربوطه انجام می شود

کپی برداری با کلیک بر روی دکمه منوی "کپی" یک کپی دقیق از انتخاب شده ایجاد می شود
قطعه کمی نسبت به اصل منحرف شده است. علامت به طور خودکار است
به نسخه جدید منتقل شد.

مقیاس بندی مجدد حرکت افقی ماوس به افزایش یا کاهش صاف ترجمه می شود
اندازه قطعه مشخص شده

حذف کردن برای حذف قطعه علامت گذاری شده، به سادگی روی سوم (معمولا سمت راست) کلیک کنید.
دکمه ماوس پس از برجسته شدن.

کادر بندی یکی از نمادها را از لیست کشویی سبک های فریم و براکت انتخاب کنید
شیء مربوطه را می کشد، مثلاً یک جفت پرانتز گرد، در اطراف
قطعه برجسته شده

بهینه سازی با کلیک بر روی نماد 'سطل و جارو' تابعی را فراخوانی می کند که حذف می شود
پیوندها و برچسب های روی هم (تکراری) از نقاشی و صاف می شود
خطوطی که تقریباً افقی یا عمودی هستند.

اضافه کردن قبلا نگهداری می شود ارقام:
برای افزودن یک مولکول دیگر از یک نقشه شیمیایی که قبلاً ذخیره شده است، آن را در فایل انتخاب کنید
پنجره انتخابی که با فشار دادن دکمه "افزودن" ظاهر می شود. تنها با کلیک بر روی هر کدام
نام فایل در لیست پیش نمایش کوچکی از مولکول را برای کمک به انتخاب نمایش می دهد. را
مولکول تازه اضافه شده به طور خودکار فعال می شود تا بتوان آن را در موقعیت خود قرار داد
دلخواه.

اگر می خواهید آن را به یک موقعیت از پیش تعریف شده روی مولکول دیگری اضافه کنید، می توانید آن را علامت گذاری کنید
سایت پیوست را با کلیک چپ روی آن به جای کشیدن مستطیل نشانگر. یک کوچک
نقطه سبز در جایی که اکنون محل مرجع برای قسمت جدید است ظاهر می شود. اگر پس انداز کنید
مولکول هایی با چنین مجموعه نشانگری، به نوبه خود محل اتصال آنها را مشخص می کند
به نقاشی دیگری اضافه می شوند.

اضافه کردن یک of la از پیش تعریف شده قالب ها:
با انتخاب "Templates" از منوی "Tools" پنجره دوم با مجموعه کوچکی باز می شود
از ساختارهای از پیش تعریف شده به سادگی روی تصویر مولکول مورد نظر کلیک کنید تا آن را به آن اضافه کنید
نقاشی شما پنجره Template را می توان در طول یک جلسه ابزار شیمیایی باز نگه داشت - در صورت وجود
توسط پنجره دیگری پنهان شده است، می توانید با انتخاب منوی "Template" آن را به جلو منتقل کنید
دوباره در شیمی تول

داده‌های موجود در سیستم الگو با نقشه‌های ابزار شیمیایی معمولی تنها با این واقعیت متفاوت است
آنها در داخل برنامه ذخیره می شوند و در قالب کمی نامناسب (مختصات x و y
به طور جداگانه در قالب فایل منبع فهرست شده است.h). اینها به منظور ارائه یک
مجموعه پایه مناسب در دسترس همه کاربران است، اما به صورت جداگانه قابل تمدید نیست (شما می توانید استفاده کنید
تابع "افزودن" برای ساختارهای خود). لطفا در صورت تمایل به ما اطلاع دهید
مولکول های اضافه شده به الگوها - نام آنها یا در حالت ایده آل یک فایل رسم ابزار شیمیایی معمولی است
تمام چیزی است که ما نیاز داریم (ارسال ایمیل به [ایمیل محافظت شده])

واردات خارجی پرونده فرمت ها:
Chemtool توابعی را برای وارد کردن فایل ها در هر دو فرمت PDB که توسط Protein استفاده می شود ارائه می دهد
پایگاه داده (و توسط اکثر بسته های مدل سازی مولکولی) و فرمت مولفایل اختصاصی MDL
توسط ISISdraw استفاده می شود و توسط سایر بسته های طراحی ساختار و پایگاه داده قابل درک است
پیشانی ها

از آنجایی که هر دو فرمت فایل های سه بعدی هستند، در حالی که chemtool فقط پیش بینی های دوبعدی را مدیریت می کند، وارد شده است
مولکول ها ابتدا در یک انبار موقت خوانده می شوند و به رنگ آبی روی بوم نمایش داده می شوند.
سپس می توان این نمایش سه بعدی را با استفاده از ماوس چرخاند. فقط پس از فشار دادن Return
کلید روی صفحه کلید به تصویر نهایی دو بعدی تبدیل می شود که می تواند ویرایش شود. در حالی که
چنین واردات سه بعدی در حال انجام است، همه عملکردهای معمولی طراحی و ویرایش غیرفعال هستند.

با واردات مولفایل MDL، برچسب های اتم کربن به طور خودکار دور ریخته می شوند. برای PDB
واردات، مقدار برچسب گذاری را می توان در گفتگوی انتخاب فایل انتخاب کرد که ارائه می دهد
حفظ تمام برچسب‌ها، فقط برچسب‌های اتم‌های غیرهیدروژن، یا فقط غیر عددی
بخشی از برچسب ها

اگر برنامه babel نصب شده باشد - یا نسخه اصلی نوشته شده توسط Pat Walters یا
تلاش اخیر OpenBabel - chemtool به طور خودکار یک گزینه منو برای ارائه می دهد
وارد کردن از هر یک از فرمت های فایلی که این پشتیبانی می کند.

تعیین مجموع فرمول و مولکولی وزن:
توزیع شامل یک برنامه کمکی است، cht(1)، توسط Radek Liboska (پراگ) برای محاسبه
فرمول جمع و وزن مولکولی (دقیق) از یک فایل طراحی ابزار شیمیایی. همچنین است
در دسترس از داخل شیمی ابزار برای محاسبه این داده ها برای ساختار فعلی یا a
قطعه مشخص شده از آن cht می تواند توسط پیوندهای تکراری گمراه شود (شیمیایی حذف نمی شود
پیوندهای همپوشانی، مانند این که ممکن است از همجوشی سیستم های حلقه به طور خودکار ایجاد شوند) و
با نماد "حلقه معطر"، بنابراین باید از آنها اجتناب کنید و قابل قبول بودن آن را بررسی کنید
فرمول جمع تولید شده در صورت امکان

رسم توابع نه در دسترس در داخل ابزار شیمیایی:
برای ویژگی هایی که در حال حاضر توسط ابزار شیمیایی پشتیبانی نمی شوند، مانند توابع ترسیم خط کلی،
دریافت بسته طراحی XFig برایان اسمیت xfig به شدت توصیه می شود. در مورد تنها
چیزی که ارائه نمی دهد پشتیبانی از انواع خطوط و زوایای ترسیم "شیمیایی" است - که اینطور است
چرا chemtool به عنوان نوعی برنامه همراه نوشته شد. (احتمالا تعداد بیشتری وجود خواهد داشت
به‌شدت مورد نیازترین گزینه‌های طراحی به مرور زمان به ابزارهای شیمیایی اضافه شد، اما آن‌ها کپی شدند
ویژگی های همه منظوره تر xfig به نظر بی معنی است.)

از chemtool به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید