circos - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

_____
/ ___(_)_ __ ___ ___ ___
| | | | '__/ __/ _ \/ __|
| |___| | | | (_| (_) \__ \
\____|_|_| \___\___/|___/

گرد خوب است

circos - گرافیک های اطلاعاتی ترکیبی دایره ای تولید می کند

خلاصه

# محل فایل پیکربندی را حدس بزنید
سیرک ها

# از فایل پیکربندی خاص استفاده کنید
circos -conf circos.conf [-سکوت]

# ماژول های مورد نیاز را تشخیص دهید
سیرکوس - ماژول ها

# صفحه مرد
سیرکوس -مرد

# اشکال زدایی دقیق برای اجزای کد
# دیدن http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging
circos -debug_group GROUP1،[GROUP2،...]

# اشکال زدایی کامل
circos -debug_group _all

# روگرفت پیکربندی یک بلوک (یا درخت بلوک) از
# هر پارامتری که با REGEXP مطابقت دارد (اختیاری)
circos -cdump [BLOCK1/[BLOCK2/...]]{:REGEXP}

# پارامترهای اصلی پیکربندی
circos -param image/radius=2000p -param ideogram/show=no

# برای سرگرمی - همه رنگ های موجود در تصویر را تصادفی کنید به جز
# COLOR1 و COLOR2
circos -randomcolor COLOR1،[COLOR2،...]

شرح

Circos برای تجسم داده ها در یک طرح دایره ای، ایده آل برای کاوش روابط است
بین اشیا یا موقعیت ها دلایل دیگری نیز وجود دارد که چرا یک طرح دایره ای شکل است
سودمند است، نه کمترین این واقعیت است که آن را جذاب است.

سیرک یک راه حل نیست. این ابزاری برای حل مشکلات تجسم است. برای یک معین
مشکل، شما تضمین نمی کنید که مناسب است.

شما کنترل خوبی بر نحوه نمایش هر عنصر داده دارید که به شما کمک می کند مطابقت داشته باشید
برجستگی به مناسبت

پیکربندی

تنظیمات قرار است با استفاده از یک فایل پیکربندی متن ساده منتقل شوند. این فایل می تواند باشد
ایجاد شده به صورت دستی یا توسط اسکریپت دیگری که به Circos اجازه می دهد کاملاً خودکار باشد.

برای مستندات کامل، نگاه کنید

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials>

نحو
پیکربندی متن ساده است و از بلوک های سلسله مراتبی تشکیل شده است. برخی از بلوک ها، مانند
" اجباری هستند، در حالی که دیگران مانند " اختیاری هستند.

برای شروع به آموزش راهنمای سریع مراجعه کنید.

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/quick_guide>

یک فایل پیکربندی معمولی ممکن است شبیه این باشد

# اندازه و فرمت تصویر

...


# موقعیت و اندازه ایدئوگرام ها

...


# موقعیت، نوع و قالب آهنگ های داده


...

...


# رنگ، فونت و الگوهای پر
< >

# پارامتر سیستم
< >

مدولار بودن
"< > دستورالعمل یک فایل پیکربندی را به دیگری وارد می کند. این
تسهیلات به ماژولار نگه داشتن فایل های پیکربندی کمک می کند.

تعاریف پارامترهایی که اغلب تغییر نمی کنند، مانند تعاریف رنگ و فونت،
به طور معمول از فایل های موجود در وارد می شوند و غیره/ در توزیع

در آموزش ها، خواهید دید که " و " بلوک ها وارد می شوند
فایل پیکربندی اصلی از آنجا که این بلوک ها می توانند بسیار بزرگ شوند، اصلی ترین
اگر فایل های پیکربندی به فایل های جداگانه منتقل شوند، خواناتر است.

برجسته با *
برای لغو پارامتری که از یک فایل درج شده است، از پسوند "*" استفاده کنید. پسوند
لازم است زیرا تعاریف متعدد از یک پارامتر مجاز نیست، مگر در موارد
جایی که یک پارامتر است ممکن است بیش از یک مقدار داشته باشد.


# فایل شامل "شعاع" را تعریف می کند
< >
# این مقدار شعاع را لغو می کند
شعاع* = 2500p


پسوند "*" را می توان تکرار کرد تا مشخص شود کدام مقدار در یک بلوک اولویت دارد.

شعاع = 1500p
شعاع* = 2500p
شعاع** = 3000p # این نمونه شعاع استفاده خواهد شد

برجسته با فرمان لاین
هر پارامتر پیکربندی در یک نام بلوک منحصر به فرد را می توان در خط فرمان مشخص کرد
با استفاده از

-param PATH/PARAM=value

به عنوان مثال،


نشان دادن = نه
...


-param ideogram/show=no

و



پیش فرض = 0.01r

...


-param ideogram/spacing/default=0.01r

چه زمانی conf() در فایل پیکربندی برای بازیابی مقدار یک پارامتر (هر
پارامتر، نه فقط آنهایی که توسط -param تنظیم شده اند)، شما یک سیستم انعطاف پذیر برای تغییر آن دریافت می کنید
پیکربندی در خط فرمان

گونه = انسان
کاریتوتایپ = data/karyotype/karyotype.conf(species).txt

-param species=رت

پارامترهای متعددی را می توان دوباره تعریف کرد که هر کدام دارای پرچم "-param" خاص خود هستند

-param show_ticks=بدون -param image/radius=2000p

ادغام بلاک ها
چندین نمونه از بلوک های زیر به طور خودکار ادغام می شوند: ،
" ، " ، " ، " ، " ، " و " .

هدف از این کار این است که به شما امکان می دهد به تعاریف متعارف اضافه کنید.

# این فایل پیش فرض را تعریف می کند ، و
< >

# به بلوک رنگ ها اضافه کنید

مایکالر = 150,25,25،XNUMX،XNUMX

OPTIONS

پیکر بندی
-پیکربندی فایل
نام فایل پیکربندی این مورد نیاز است.

Circos تلاش می کند تا مکان این فایل را حدس بزند و عبارت "circos.conf" را در آن جستجو کند
"."، ".."، و "../ ..".

تولید قالب
-png، -nopng
-svg، -nosvg
خروجی فایل‌های PNG و SVG را تغییر می‌دهد.

تصویر عناصر
-show_ticks، -noshow_ticks
-show_tick_labels، -noshow_tick_labels
نمایش کنه ها و برچسب های آنها را نادیده بگیرید. این هر دو معمولا در تعریف شده اند
مسدود کردن.

تولید راه ها
-outputdir DIR، -dir DIR
-outputfile FILE، -file FILE
دایرکتوری خروجی و نام فایل را تغییر دهید. FILE می تواند حاوی یک مسیر باشد.

اشکال زدایی
اشکال زدایی
خروجی اشکال زدایی اولیه را روشن کنید. گزارش اطلاعات از

تصویر، آیو، لایه، خلاصه، تایمر

گروه های اشکال زدایی (به زیر مراجعه کنید).

-debug_group {+-}GROUP1،[{+-}GROUP2،...]
خروجی اشکال زدایی را برای گروه های خاص روشن کنید. برای لیستی از گروه ها، نگاه کنید

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging>

برای افزودن یک گروه به خروجی پیشوند آن را با + بزنید. برای حذف آن، با -.

# از گروه های اشکال زدایی پیش فرض استفاده کنید اما لایه و io را حذف کنید
-debug -debug_group -layer,-io

# از گروه های اشکال زدایی پیش فرض استفاده کنید و فاصله اضافه کنید
-debug -debug_group +spacing

# به صراحت گروه ها را مشخص کنید
-debug_group png,io, timer

برای فهرست کردن گروه هایی که پشتیبانی می شوند، از پرچم بدون آرگومان استفاده کنید

-debug_group

-زمان
اطلاعات زمان بندی را گزارش دهید مانند -debug_group + timer

-بی صدا
هیچ گزارشی ایجاد نکنید.

-پارانوئید، -نوپارانوئید
در حالت پارانوئید (پیش‌فرض) اجرا شود یا نه. پیش فرض برای این تنظیم با تعریف شده است
«پارانوئید» در etc/housekeeping.conf.

- هشدارها، -بی هشدارها
نمایش هشدارها، یا نه (پیش‌فرض). پیش‌فرض برای این تنظیم توسط
"هشدار" در etc/housekeeping.conf.

-fakeerror =item -fakeerror CAT =item -fakeerror ,ID =item -fakeerror CAT,ID
با نمایش پیغام خطا برای دسته CAT و شناسه نام خطا، خطا را جعل کنید. اگر
یکی یا هیچکدام مشخص نشده است، لیستی از خطاهای موجود.

مگر اینکه واقعاً از دیدن پیام های خطا لذت ببرید، دلیل کمی برای شما وجود دارد
می خواهند از این استفاده کنند

استفاده
-version
نسخه را نشان دهید.

-کمک
نمایش خلاصه استفاده مختصر

-مرد
نمایش صفحه مرد

مسخره کردن دور و بر
-رنگ تصادفی [color1, color2,...]
رنگ هر عنصر در تصویر را تصادفی کنید، به جز لیست اختیاری
رنگها

به عنوان مثال، برای سفید نگه داشتن پس زمینه و هر چیزی که سیاه است،

-رنگ تصادفی سفید، مشکی

با استفاده از خدمات onworks.net از circos به صورت آنلاین استفاده کنید