cleanasn - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

cleanasn - پاکسازی بی نظمی ها در اشیاء NCBI ASN.1

خلاصه

تمیز کردن [-] [-A نام فایل] [-C خ] [-D خ] [-F خ] [-K خ] [-L نام فایل] [-M نام فایل]
[-N خ] [-P خ] [-Q خ] [-R] [-S خ] [-T] [-U خ] [-V خ] [-X خ] [-Z خ] [-a خ]
[-b] [-c] [-d خ] [-f خ] [-i نام فایل] [-j نام فایل] [-k نام فایل] [-m خ] [-n مسیر]
[-o نام فایل] [-p مسیر] [-q مسیر] [-r مسیر] [-v مسیر] [-x EXT]

شرح

تمیز کردن یک برنامه کاربردی برای پاکسازی بی نظمی ها در اشیاء NCBI ASN.1 است.

OPTIONS

خلاصه ای از گزینه ها در زیر آمده است.

- پیام مصرف چاپ

-A نام فایل
فایل لیست دسترسی

-C خ عملیات توالی، بر اساس پرچم در str:
c فشرده سازی
د از حالت فشرده خارج کنید
v شکاف های مجازی در داخل دنباله قطعه بندی شده
s تبدیل مجموعه تقسیم شده به دنباله دلتا

-D خ پاک کردن توصیفگرها، بر اساس پرچم‌ها در str:
t حذف عنوان
ج حذف نظر
n عنوان Nuc-Prot Set را حذف کنید
e عنوان Pop/Phy/Mut/Eco Set را حذف کنید
m حذف عنوان mRNA
p حذف عنوان پروتئین

-F خ ویژگی‌های پاکسازی، بر اساس پرچم‌ها در خیابان:
u حذف کاربر-اشیاء
d db_xrefs را حذف کنید
e حذف کنید /شواهد و مدارک و /استنتاج
r xrefs ژن اضافی را حذف کنید
f فیوز ویژگی های تکراری
k بسته بندی کدگذاری منطقه یا ویژگی های قطعات
z شماره های EC را حذف یا به روز کنید

-K خ انجام یک پاکسازی عمومی، بر اساس پرچم در خیابان:
b BasicSeqEntryCleanup
p C++ BasicCleanup (از طریق یک ابزار خارجی)
s SeriousSeqEntryCleanup
g GpipeSeqEntryCleanup
n ترتیب توصیفگر را عادی کنید
u اشیاء کاربر NcbiCleanup را حذف کنید
ج کدهای ژنتیکی را همگام کنید
d بخش های CDS را مجدداً همگام کنید
m قطعات mRNA را مجدداً همزمان کنید
پارتیال های پپتید را دوباره همزمان کنید
یک اتصال اجماع را تنظیم کنید
من به "بدترین" Seq-ID ارتقا می دهم

-L نام فایل
ورود به سیستم فایل

-M نام فایل
فایل ماکرو

-N خ پاک کردن پیوندها، بر اساس پرچم ها در خیابان:
o پیوند CDS mRNA توسط Overlap
p پیوند CDS mRNA توسط محصول
r تخصیص مجدد شناسه های ویژگی
f شناسه های ویژگی متقابل گم شده را برطرف کنید
c شناسه های ویژگی را پاک کنید

-P گزینه های انتشار:
a حذف همه انتشارات
شماره سریال را حذف کنید
f شکل، شماره گذاری و نام را حذف کنید
r Remark را حذف کنید
u انتشارات فقط PMID را به روز کنید
# منتشر نشده را با PMID جایگزین کنید

-Q خ گزارش:
ج شمارش رکورد
r ASN.1 گزارش BSEC
s ASN.1 گزارش SSEC
n گزارش NORM در مقابل SSEC
گزارش PopPhyMutEco AutoDef
o گزارش همپوشانی
l تفاوت کشور در طول جغرافیایی
d تفاوت های SSEC را ثبت کنید
g GenBank SSEC تفاوت
f asn2gb/asn2flat تفاوت
تفاوت Seg-to-delta GenBank
v Validator SSEC تفاوت
m Gen/RNA/PCR را مدرن کنید
u جستجوی Pubished Pub
p Published Pub search
j گزارش مجله فهرست نشده
x اسکن سفارشی

-R واکشی از راه دور از ID (پایگاه‌های اطلاعاتی توالی NCBI)

-S خ فیلتر اختلاف انتخابی (حروف حروف بزرگ)
SSEC
b BSEC
یک نویسنده
p انتشارات
l مکان
r RNA
q ترتیب مرتب سازی واجد شرایط
g بلوک Genbank
k پکیج CdRegion یا ویژگی های قطعات
انتشار m Move
o نشریه Bioseq تکراری را ترک کنید
د خط تعریف خودکار
خط تعریف Pop/Phy/Mut/Eco Set

-T جستجوی طبقه بندی

-U خ مدرن کردن، بر اساس پرچم در خیابان:
g ژن ها
r RNA
پرایمرهای PCR

-V خ حذف ویژگی ها بر اساس شدت اعتبار سنج:
r رد کردن
e خطا
w هشدار
من اطلاعات

-X خ گزینه های متفرقه، در هر خیابان:
د خط تعریف خودکار
خط تعریف Pop/Phy/Mut/Eco Set
n عنوان NC را نمونه کنید
m عناوین NM را نمونه کنید
x عناوین ویژه XM
p عناوین پروتئینی را معرفی کنید
c mRNA هایی برای کدگذاری توالی ها ایجاد کنید
f پروتئین_id/transcript_id متقابل را رفع کنید

-Z خ شیء کاربر مشخص شده را حذف کنید

-a خ نوع ASN.1
a Any (پیش‌فرض)
e Sequ-entry
b Bioseq
s Bioseq-set
m Seq-submit
t پردازش دسته ای [رشته]

-b ورودی ASN.1 باینری است

-c ورودی ASN.1 فشرده شده است

-d خ پایگاه داده منبع
a Any (پیش‌فرض)
g GenBank
e EMBL
d DDBJ
b EMBL یا DDBJ
r RefSeq
n NCBI
v فقط دنباله های قطعه بندی شده
توالی های قطعه بندی شده را حذف کنید
x EMBL/DDBJ را حذف کنید
y gbcon، gbest، gbgss، gbhtg، gbpat، gbsts را حذف کنید

-f خ فیلتر زیر رشته ای

-i نام فایل
فایل ورودی تکی (پیش‌فرض به stdin)

-j نام فایل
نام فایل اول

-k نام فایل
آخرین نام فایل

-m خ حالت Flatfile:
r رها کنید
e Entrez
s Sequin
د تخلیه

-n مسیر
asn2flat قابل اجرا (پیش فرض است /netopt/ncbi_tools/bin/asn2flat)

-o نام فایل
فایل خروجی واحد (به طور پیش فرض به stdout)

-p مسیر
پردازش تمام فایل های منطبق در مسیر

-q مسیر
ffdiff قابل اجرا (پیش فرض است /netopt/genbank/subtool/bin/ffdiff)

-r مسیر
مسیری برای نتایج

-v مسیر
اسنوال قابل اجرا (پیش فرض است /netopt/ncbi_tools/bin/asnval)

-x EXT پسوند انتخاب فایل برای استفاده با -p (پیش فرض به .ent)

با استفاده از خدمات onworks.net از cleanasn به صورت آنلاین استفاده کنید