این دستور create_matrix است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
create_matrix - محاسبه ماتریس شباهت فراوانی ژنوم
خلاصه
create_matrix [گزینه های] نامها
شرح
ماتریس شباهت را محاسبه کنید.
ابتدا، مجموعهای از خواندنها برای هر ژنوم مرجع با استفاده از شبیهساز خواندن شبیهسازی میشود
core/tools.py مشخص شده از طریق -s. دوم، قرائت های شبیه سازی شده هر گونه نقشه برداری می شود
در برابر همه ژنوم های مرجع با استفاده از نقشه نگار مشخص شده با -m. سوم، نتیجه
فایل های SAM برای محاسبه ماتریس شباهت تجزیه و تحلیل می شوند. ماتریس شباهت ذخیره می شود
به عنوان یک فایل numpy (-o).
OPTIONS
نامها نام فایل نام فایل; فایل اسامی متنی ساده باید دارای یک نام در هر باشد
خط نام به عنوان شناسه در کل الگوریتم استفاده می شود.
-h, --کمک
این پیام راهنما را نشان داده و خارج شوید
-s شبیه ساز، --شبیه ساز=شبیه ساز
شناسه شبیهساز خواندن تعریف شده در core/tools.py [پیشفرض: هیچ]
-r مرجع، --مرجع=مرجع
الگوی فایل دنباله مرجع برای شبیه ساز خواندن. جای جای نام است
"%s". [پیشفرض: ./ref/%s.fasta]
-m مپر، --نقشه نگار=MAPPER
شناسه نقشهبردار تعریف شده در core/tools.py [پیشفرض: هیچ]
-i فهرست مطالب، --فهرست مطالب=شاخص
فایلهای فهرست مرجع برای نقشهبرخوان خوانده شده. جای جای نام "%s" است.
[پیشفرض: ./ref/%s.fasta]
-t دما، -- دما=TEMP
دایرکتوری برای ذخیره مجموعه داده های شبیه سازی شده موقت و فایل های SAM. [پیشفرض: ./temp]
-o بیرون ، -- خروجی=OUT
فایل ماتریس شباهت خروجی [پیشفرض: ./similarity_matrix.npy]
با استفاده از خدمات onworks.net از create_matrix به صورت آنلاین استفاده کنید