دلتا فیلتر - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

delta-filter - یک فایل تراز دلتا را از nucmer یا promer بخوانید و آن را فیلتر کنید
ترازها

خلاصه

فیلتر دلتا [گزینه ها]

شرح

-1 تراز 1 به 1 که امکان بازآرایی را فراهم می کند (تقاطع -r و -q ترازها)

-g تراز جهانی 1-به-1 اجازه بازآرایی را نمی دهد

-h نمایش اطلاعات راهنما

-i شناور
حداقل هویت تراز [0، 100]، پیش فرض 0 را تنظیم کنید

-l int حداقل طول تراز، پیش فرض 0 را تنظیم کنید

-m تراز چند به چند که امکان بازآرایی را فراهم می کند (اتحاد -r و -q ترازها)

-q هر موقعیت هر پرس و جو را به بهترین نتیجه آن در مرجع نگاشت می کند و اجازه می دهد
همپوشانی های مرجع

-r هر موقعیت هر مرجع را به بهترین موفقیت آن در جستار نقشه می‌کشد و اجازه می‌دهد
پرس و جو همپوشانی دارد

-u float حداقل یکتایی تراز را تنظیم کنید، یعنی درصد

مطابقت تراز با مرجع منحصر به فرد و دنباله پرس و جو [0، 100]، پیش فرض 0

-o شناور
حداکثر همپوشانی تراز را برای -r و -q گزینه ها به عنوان درصد از
طول تراز [0، 100]، پیش فرض 100

-v ترازهای دور ریخته شده را به جای آنهایی که فیلترها را عبور می دهند چاپ کنید

-b نقشه های تکراری (XOR از -r و -q ترازها، یکی یا دیگری اما نه هر دو)

فایل تراز دلتا را از nucmer یا promer می خواند و ترازها را بر اساس فیلتر می کند
روی سوئیچ های خط فرمان، تنها ترازهای مورد نظر را که خروجی هستند باقی می ماند
stdout در همان قالب دلتا به عنوان ورودی. برای سوئیچ های متعدد، ترتیب عملیات
به شرح زیر است: -i -l -u -q -r -g -m -1 -b. اگر یک تراز توسط یک قبلی حذف شود
عملیات، توسط عملیات های بعدی نادیده گرفته می شود.

تمایز مهم بین -g گزینه و -1 و -m گزینه ها این است که -g
مستلزم آن است که ترازها از نظر ترتیب متقابلاً سازگار باشند، در حالی که -1 و -m
لازم نیست گزینه‌ها با یکدیگر سازگار باشند و بنابراین جابه‌جایی‌ها را تحمل کنند،
وارونگی و غیره در موارد کلی، -m با این حال، گزینه بهترین انتخاب است -1 می تواند
برای برنامه هایی مانند یافتن SNP که نیاز به نقشه برداری 1 به 1 دارند مفید است. در نهایت، برای
از نگاشت contigs پرس و جو، یا توالی خوانی، به ژنوم مرجع استفاده کنید -q.
نسخه های تکراری چاپ شده با -b گزینه هستند -r و -q ترازهایی که در آنها وجود ندارد
تراز 1 به 1 این ترازها نیز تفاوت بین -1 و -m
ترازها

از فیلتر دلتا به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید