این دستور disulfinder است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
دی سولفیندر - حالت پیوند دی سولفید سیستئین و پیش بینی کننده اتصال
خلاصه
دی سولفیندر [OPTIONS]
شرح
"دی سولفیندر" برای پیش بینی وضعیت پیوند دی سولفیدی سیستئین ها و آنها است
اتصال دی سولفیدی که از توالی به تنهایی شروع می شود. پل های دی سولفیدی نقش اصلی را ایفا می کنند
در تثبیت فرآیند تا شدن برای چندین پروتئین. پیش بینی دی سولفید
پل ها از توالی به تنهایی برای مطالعه ساختاری و عملکردی مفید است
خواص پروتئین های خاص علاوه بر این، دانش در مورد وضعیت پیوند دی سولفید
سیستئین ممکن است به فرآیند تعیین ساختار تجربی کمک کند و ممکن است مفید باشد
در سایر کارهای حاشیه نویسی ژنومی. 'دی سولفیندر' الگوهای دی سولفید را به دو صورت پیش بینی می کند
مراحل محاسباتی: (1) حالت پیوند دی سولفیدی هر سیستئین توسط یک پیش‌بینی می‌شود.
طبقه بندی کننده باینری BRNN-SVM. (2) سیستئین هایی که در شکل گیری شرکت دارند
پل ها توسط یک شبکه عصبی بازگشتی برای به دست آوردن یک الگوی اتصال جفت می شوند.
مراجع
A. Ceroni، A. Passerini، A. Vullo و P. Frasconi. DISULFIND: حالت پیوند دی سولفیدی
و سرور پیش بینی اتصال سیستئین، تحقیقات اسیدهای نوکلئیک، 34 (وب سرور
Issue):W177-W181، 2006.
برای پیش‌بینی‌کننده اتصال دی سولفید رجوع کنید به:
A. Vullo و P. Frasconi. پیش بینی اتصال دی سولفید با استفاده از عصبی بازگشتی
شبکه ها و اطلاعات تکاملی، بیوانفورماتیک، 20، 653-659، 2004.
برای پیش بینی وضعیت پیوند سیستئین نگاه کنید به:
P. Frasconi، A. Passerini و A. Vullo. یک معماری SVM دو مرحله ای برای پیش بینی
حالت پیوند دی سولفیدی سیستئین ها، Proc. کارگاه آموزشی IEEE در مورد شبکه های عصبی برای سیگنال
پردازش، صص25-34، 2002.
A.Ceroni، P.Frasconi، A.Passerini و A.Vullo. پیش بینی وضعیت پیوند دی سولفیدی
سیستئین ها با ترکیبی از ماشین های هسته، مجله پردازش سیگنال VLSI، 35،
287-295، 2003.
OPTIONS
-a، --alternatives=عدد
الگوهای اتصال جایگزین (پیش فرض = 3)
-o، --output=DIR
خروجی dir که در آن پیش‌بینی‌ها ذخیره می‌شوند (پیش‌فرض=$PWD)
-p، --psi2=فایل|مدیر
ورودی با فرمت psi2 (ماتریس PSI-BLAST در ASCII)، یک فایل یا یک
فهرست راهنما(؟). این را با "blastpgp -j" تولید کنید -Q FILE" که در آن N >= 2.
-r، --rootdir=DIR
فهرست کار (پیش فرض =~/دی سولفیندر)
-k، --pkgdatadir=DIR
دایرکتوری داده بسته حاوی Models (پیش فرض =/usr/share/disulfinder)
-F، --format={html|ascii}
نوع فرمت خروجی (پیش‌فرض=ascii)
-d --blastdb=DIR
گزینه blastpgp -d (پیش‌فرض=/data/sp+trembl)
-c، --cleanpred
پاکسازی فایل های پیش بینی میانی (پیش فرض = نادرست)
-P، --usepssm
استفاده از pssm به جای شمارش برای پروفایل ها (پیش فرض = نادرست)
-C، --knownbondingstate
فرض کنید وضعیت پیوند مشخص است (یک فایل برای هر زنجیره در فهرست
/Predictions/Bondstate/Viterbi) (پیش‌فرض=نادرست)
-v، --نسخه
نسخه دی سولفیندر
-؟، --کمک
صفحه راهنما
مثال ها
"disulfinder -a 1 -p /usr/share/doc/disulfinder/examples/res_id_41483.blastPsiMatTmb -o
./disulfinder_results_dir"
با استفاده از خدمات onworks.net به صورت آنلاین از disulfinder استفاده کنید
