ecoPCR - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

ecoPCR - جستجو برای ترکیب توالی و طبقه بندی با پرایمرهای داده شده

خلاصه

ecoPCR [گزینه ها] <نوکلئوتیدی الگوها>

شرح

ecoPCR یک نرم افزار الکترونیکی PCR است که توسط LECA و Helix-Project توسعه یافته است. کمک می کند تا
تخمین کیفیت پرایمرهای بارکد

OPTIONS

-a : غلظت نمک در M برای محاسبه Tm (پیش‌فرض 0.05 M)

-c : در نظر بگیرید که دنباله های پایگاه داده [c] دایره ای هستند

-d : [D]atabase: برای مطابقت با قالب مورد انتظار، پایگاه داده
ابتدا باید توسط ecoPCRFormat(1) برنامه ecoPCRFormat(1) ایجاد می کند
سه نوع فایل:

.sdx: شامل دنباله ها است

.tdx: حاوی اطلاعات مربوط به طبقه بندی است

rdx : شامل رتبه طبقه بندی است

ecoPCR به همه نوع فایل نیاز دارد. در نتیجه باید پایگاه داده رادیکال بنویسید
بدون هیچ گونه تمدید مثلا /ecoPCRDB/gbmam

-D : تعداد مشخص شده نوکلئوتید را در هر طرف در سیلیکو نگه می دارد
توالی های تقویت شده (از جمله قطعه DNA تقویت شده به اضافه دو هدف
توالی پرایمرها).

-e : [E]خطا: حداکثر خطاهای مجاز توسط الیگونوکلئوتید (به طور پیش فرض 0)

-h : [H]کمک - چاپ کمک

-i : [من] شناسه طبقه بندی داده شده را نادیده می گیرم.
شناسه طبقه بندی با استفاده از برنامه ecofind در دسترس است. به کمک آن برای تایپ ecofind مراجعه کنید
-h برای اطلاعات بیشتر.

-k : [K] حالت پادشاهی : حالت پادشاهی را تنظیم کنید
حالت سوپر پادشاهی به طور پیش فرض.

-l : حداقل [L]ength : حداقل طول تقویت را تعریف کنید.

-L : حداکثر [L]ength : حداکثر طول تقویت را تعریف کنید.

-m : روش تصحیح نمک برای محاسبه Tm (SANTALUCIA: 1
یا OWCZARZY:2، پیش فرض=1)

-r : [R] جستجو را به شناسه طبقه بندی داده شده محدود می کند.
شناسه طبقه بندی با استفاده از برنامه ecofind در دسترس است. به کمک آن برای تایپ ecofind مراجعه کنید
-h برای اطلاعات بیشتر.

استدلال اول: الیگونوکلئوتید برای رشته مستقیم

استدلال دوم: الیگونوکلئوتید برای رشته معکوس

شرح نتایج جدول:

ستون 1: شماره دسترسی

ستون 2: طول دنباله

ستون 3: شناسه طبقه بندی

ستون 4: رتبه

ستون 5: شناسه طبقه بندی گونه ها

ستون 6: نام علمی

ستون 7: شناسه طبقه بندی جنس

ستون 8: نام جنس

ستون 9: شناسه طبقه بندی خانواده

ستون 10: نام خانوادگی

ستون 11: شناسه طبقه بندی ابر پادشاهی

ستون 12: نام پادشاهی فوق العاده

ستون 13: رشته (مستقیم یا معکوس)

ستون 14: اولیگونوکلئوتید

ستون 15: تعداد خطاهای رشته اول

ستون 16: Tm برای هیبریداسیون پرایمر 1 در این سایت

ستون 17: الیگونوکلئوتید دوم

ستون 18: تعداد خطاهای رشته دوم

ستون 19: Tm برای هیبریداسیون پرایمر 1 در این سایت

ستون 20: طول تقویت

ستون 21: دنباله

ستون 22: تعریف

با استفاده از خدمات onworks.net از ecoPCR به صورت آنلاین استفاده کنید