FCluster - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

AmpliconNoise - حذف نویز از داده های توالی نوکلئوتیدی با توان عملیاتی بالا

نسخه

این مستندات به نسخه 1.22 اشاره دارد

خلاصه

دیدن /usr/share/doc/ampliconnoise/Doc.pdf.gz برای جزئیات نحوه اجرا

شرح

ابزارهای زیر گنجانده شده است. به عنوان مثال، اکثر آنها دارای یک معادل MPI هستند
SeqNoise یک SeqNoiseM معادل دارد که می تواند با mpirun استفاده شود.

FastaUnique - فایل fasta را حذف می کند
-در رشته نام فایل ورودی
گزینه های ارسال:

FCluster
-در رشته نام فایل ورودی
-out رشته فایل خروجی خرد
گزینه های ارسال:
وضوح -r
-یک پیوند متوسط
-w از وزنه استفاده کنید
من شناسه ها را می خوانم
-s مقیاس فاصله.

NDist - ماتریس فاصله دنباله ای Needleman-Wunsch از یک فایل fasta
-در رشته نام فایل fata
گزینه های ارسال:
-i شناسه های خروجی

پرسئوس - هیولاها را می کشد
-sin رشته نام فایل seq
گزینه های ارسال:
فایل توالی مرجع رشته -tin
ترازهای خروجی
-د از عدم تعادل استفاده کنید
نام فایل جستجوی رشته -rin

PyroDist - ماتریس فاصله زوجی از فلوگرام
نام فایل جریان رشته ای -in
-out خرد از فایل خرد
گزینه های ارسال:
-ni بدون فهرست در فایل dat
نام فایل جستجوی رشته -rin

PyroNoise - فلوگرام ها را بدون تراز خوشه بندی می کند
-نام فایل جریان رشته ای
-out نام فایل ورودی خوشه رشته
فایل لیست رشته ای -lin
گزینه های ارسال:
-v پرحرف
-c قطع اولیه دوبل
-ni بدون فهرست در فایل dat
دقت مضاعف
نام فایل جستجوی فایل -rin

SeqDist - ماتریس فاصله زوجی از یک فایل fasta
-در رشته نام فایل fasta
گزینه های ارسال:
-i شناسه های خروجی
نام فایل جستجوی رشته -rin

SeqNoise - توالی ها را خوشه می کند
در رشته نام فایل دنباله
-din رشته نام فایل ماتریس فاصله
-out نام فایل ورودی خوشه رشته
فایل لیست رشته ای -lin
گزینه های ارسال:
فایل نقشه برداری -min
-v پرحرف
-c قطع اولیه دوبل
دقت مضاعف
نام فایل جستجوی رشته -rin

SplitClusterEven
-din string dat نام فایل
-min نام فایل نقشه رشته
-قلع نام فایل درخت رشته
اندازه تقسیم -s
اندازه - متر در دقیقه

با استفاده از خدمات onworks.net از FCluster آنلاین استفاده کنید