روباه - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

fox - تعیین ساختار ab-initio از داده های پراش

خلاصه

روباه [گزینه های] [file.xml]

شرح

La روباه برنامه (Free Objects for Crystallography) برای کریستال ab initio ساخته شد
حل ساختار از داده های پراش جالب ترین ویژگی های آن برای ab initio
تعیین ساختار عبارتند از:

* توصیف همه کاره محتویات کریستال؛

* تصحیح خودکار برای موقعیت های خاص و اتم های مشترک بین چند وجهی.

* توانایی استفاده همزمان از چندین الگوی پودر؛

* الگوریتم های بهینه سازی جهانی هوشمند؛

* یک رابط گرافیکی با نمای ساختار کریستالی سه بعدی و به روز رسانی های زنده در طول
فرآیند بهینه سازی

OPTIONS

این برنامه با یا بدون گزینه های خط فرمان یا فایل ورودی (file.xml) اجرا می شود.
از دستور خط فرمان معمول گنو پیروی می کند، با گزینه های طولانی که با دو خط تیره شروع می شود
(`-'). خلاصه ای از گزینه ها در زیر گنجانده شده است. برای توضیحات کامل به روباه مراجعه کنید
ویکی http://objcryst.sourceforge.net/Fox/Manual

--کمک نمایش خلاصه گزینه ها

--loadfouriergrd map.grd
بارگیری و نمایش نقشه فویر 'map.grd' با (اول) ساختار کریستالی

--loadfourierdsn6 نقشه.DN6
نقشه فویر DSN6 را با ساختار کریستالی (اول) بارگیری و نمایش دهید

--nogui
بدون رابط کاربری گرافیکی اجرا می شود، بهینه سازی را به طور خودکار راه اندازی می کند - nogui ممکن است همراه باشد
گزینه های زیر:

-n 10000
اجرای حداکثر برای 10000 آزمایش (پیش‌فرض: 1000000)

--nbrun 5
5 اجرا انجام دهید، قبل از هر اجرا تصادفی کنید (پیش فرض: 1)، از -1 برای اجرای نامحدود استفاده کنید

-o out.xml
خروجی در "out.xml"

--تصادفی کردن
پیکربندی اولیه را تصادفی کنید

--بی صدا
تولید (تقریبا) بدون خروجی متن

-- هزینه نهایی 0.15
بهینه سازی را تا هزینه < 0.15 اجرا کنید

--cif2pattern 1.5406 170 5000 .1
شبیه سازی الگوی کریستال ورودی، طول موج=1.5406 تا 170 درجه با 500 نقطه
و عرض قله 0.1 درجه

مثال ها

روباه silicon.xml
فایل "silicon.xml" را بارگیری کرده و رابط کاربری گرافیکی را راه اندازی کنید.

روباه Cimetidine-powder.xml --nogui --تصادفی کردن -n 1000000 -o best.xml
فایل 'ktartrate.xml' را بارگیری کنید، تصادفی کنید، سپس 1 بهینه سازی از 1 میلیون آزمایش انجام دهید.
و بهترین ساختار را در "best.xml" ذخیره کنید.

روباه Cimetidine-powder.xml --nogui --تصادفی کردن -n 10000000 --nbrun 10 -o best.xml
فایل "Cimetidine-powder.xml" را بارگیری کنید، سپس 10 اجرا انجام دهید (شروع از یک تصادفی
ساختار) از 10 میلیون آزمایش (هر اجرا یک فایل xml را ذخیره می کند)، و بهترین ها را ذخیره کنید
ساختار در "best.xml".

روباه Cimetidine-powder.xml --nogui --بی صدا --تصادفی کردن -n 10000000 --nbrun 10 -- هزینه نهایی
200000 -o best.xml
فایل «Cimetidine-powder.xml» را بارگیری کنید، سپس 10 اجرای بی صدا از 10 میلیون آزمایش انجام دهید
(هر اجرا یک فایل xml را ذخیره می کند)، و بهترین ساختار را در "best.xml" ذخیره کنید. برای هر
اجرا شود، اگر هزینه به زیر 200000 برسد، بهینه سازی متوقف می شود.

با استفاده از خدمات onworks.net از fox آنلاین استفاده کنید