frendp - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

frend.pl -- یک فایل ویژگی Bio::Graphics را در وب ارائه دهید

خلاصه

http://your.host.com/cgi-bin/frend.pl

شرح

اسکریپت frend.pl یک قسمت جلویی نازک در اطراف ماژول Bio::Graphics است. الف را می پذیرد
لیست فایل های حاوی توالی (پروتئین، نوکلئوتید) مختصات ویژگی از
فایل(های) فهرست شده در خط فرمان یا ورودی استاندارد، آنها را رندر می کند و یک PNG تولید می کند
فایل روی خروجی استاندارد

نصب و راه اندازی

این اسکریپت را در فهرست cgi-bin وب سایت خود کپی کنید. اسمشو هر چی میخوای بذار

ویژگی فایل ها قالب

این اسکریپت حاشیه نویسی های دنباله ای را در قالب ساده جدا شده با زبانه می پذیرد و پردازش می کند
در فرمت GFF

فرمت فایل ویژگی دارای یک بخش پیکربندی و یک بخش داده است. پیکربندی
بخش اندازه و ویژگی های کلی تصویر را تنظیم می کند و بخش داده ها را ارائه می دهد
خود داده های ویژگی

پیکر بندی بخش
اگر ارائه نشده باشد، این اسکریپت یک بخش پیکربندی پیش فرض معقول ایجاد می کند
شما، بنابراین برای دریافت یک تصویر معقول نیازی به ارائه بخش پیکربندی ندارید.
با این حال، برای تنظیم ظاهر تصویر، احتمالاً می خواهید آن را تغییر دهید
پیکربندی در اینجا گزیده ای از بخش تنظیمات آمده است:

# فایل نمونه
[عمومی]
پایه = -1000..21000
ارتفاع = 12

[EST]
گلیف = قطعه
bgcolor= زرد
رابط = جامد
ارتفاع = 5

[FGENES]
گلیف = رونوشت2
bgcolor = سبز
توضیحات = 1

بخش پیکربندی به مجموعه‌ای از بخش‌ها تقسیم می‌شود که هر کدام با یک برچسب مشخص شده‌اند
[عنوان بخش]. بخش [عمومی] گزینه های سراسری را برای کل تصویر مشخص می کند.
بخش‌های دیگر برای انواع ویژگی‌های خاص اعمال می‌شوند. در مثال بالا، پیکربندی
در بخش [EST] برای ویژگی هایی که به عنوان EST برچسب گذاری شده اند اعمال می شود، در حالی که پیکربندی در قسمت
بخش [FGENES] برای ویژگی هایی اعمال می شود که به عنوان پیش بینی از ژن FGENES برچسب گذاری شده اند
برنامه پیش بینی

داخل هر بخش یک سری جفت name=value وجود دارد که نام آن نام یک است
گزینه تنظیم برای خوانایی بیشتر یا حتی می توانید دور علامت = فاصله خالی بگذارید
در صورت تمایل از کولون (:) استفاده کنید. نام گزینه های زیر شناسایی می شوند:

مثال مقدار گزینه
------ ----- -------

پایه حداقل و حداکثر محدوده دنباله (bp) 1200..60000
عرض تصویر (پیکسل) 600
ارتفاع ارتفاع هر عنصر گرافیکی (پیکسل) 10
اسلوب حروف هر یک از عناصر گرافیکی (به زیر مراجعه کنید) رونوشت
fgcolor رنگ پیش زمینه هر عنصر زرد
bgcolor رنگ پس زمینه هر عنصر آبی
پهنای خط عرض خطوط 3
برچسب چاپ نام ویژگی 1
شرح آیا برای چاپ شرح ویژگی 0
عناصر bump مجاز به برخورد نیستند 1
تیک ها علامت های تیک را روی فلش ها چاپ کنید 1
کانکتور نوع کانکتور گروهی (برق، کلاه یا توپر) خط چین

گزینه های "bases" و "width" فقط در بخش [عمومی] مرتبط هستند. آن ها هستند
توسط گزینه های خط فرمان با نام مشابه لغو می شود.

بقیه گزینه ها را می توان در هر بخش قرار داد، اما اگر در آن وجود داشته باشد
بخش [عمومی] پیش‌فرض‌هایی را برای بقیه تنظیم می‌کند.

رنگ‌ها نام رنگ‌های انگلیسی زبان یا رنگ‌های #RRGGBB به سبک وب هستند (به کتابی در مورد HTML مراجعه کنید
برای توضیح). مقادیر True/false 1 برای true و 0 برای false هستند. محدوده های عددی می توانند
به صورت start..end با دو نقطه یا به صورت start-end با خط فاصله بیان شود.

گزینه "glyph" نحوه نمایش ویژگی ها را کنترل می کند. گلیف های زیر هستند
اجرا شده:

شرح نام
---- ------------

جعبه یک مستطیل پر، غیر جهت دار.
بیضی بیضی.
arrow یک فلش; می تواند یک طرفه یا
دو طرفه همچنین قابلیت نمایش را دارد
مقیاسی با علامت های اصلی و جزئی و می تواند
جهت افقی یا عمودی باشد.
قطعات مجموعه ای از مستطیل های پر شده که توسط جامد به هم متصل شده اند
خطوط برای ویژگی های قطع شده استفاده می شود، مانند
ترازهای شکاف و گروه های اگزون.
رونوشت شبیه به بخش ها، اما خط اتصال است
شکل "کلاه" و جهت
رونویسی با یک فلش کوچک نشان داده می شود.
transcript2 مشابه رونوشت، اما جهت
رونویسی با یک بخش پایانی نشان داده می شود
به شکل فلش
آغازگرها دو فلش رو به داخل که با یک خط به هم متصل شده اند. برای STS ها استفاده می شود.

گزینه bump مهمترین گزینه برای کنترل ظاهر تصویر است. اگر تنظیم شود
به نادرست (عدد 0)، سپس ویژگی ها مجاز به همپوشانی هستند. اگر روی true تنظیم شود (the
شماره 1)، سپس ویژگی ها به صورت عمودی حرکت می کنند تا از برخورد جلوگیری کنند. اگر مشخص نشده باشد،
اگر تعداد هر نوع ویژگی توالی معین از 50 بیشتر باشد، bump روشن می شود.

داده ها بخش
بخش داده می تواند قسمت پیکربندی را دنبال کرده یا ادامه دهد. دو بخش می توانند
همچنین مخلوط شود. بخش داده یک برگه یا فایلی است که با فضای خالی محدود شده است که می توانید
صادرات از یک برنامه صفحه گسترده یا فایل پردازشگر کلمه (حتما به صورت متن ذخیره کنید
فقط!)

در اینجا یک بخش نمونه داده است:

Cosmid B0511. 516-619 Cosmid B0511. 3185-3294 Cosmid
B0511 . 10946-11208 Cosmid B0511. 13126-13511 Cosmid
B0511 . 66-208 Cosmid B0511. 6354-6499 Cosmid B0511
. 13955-14115 EST yk595e6.5 + 3187-3294 EST yk846e07.3 -
11015-11208 EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700،15800-53 EST yk10.5cXNUMX +
16032-16105 SwissProt PECANEX + 13153-13656 ماهی سوئدی FGENESH "Gene
1" - 1-205,518-616,661-735,3187-3365,3436-3846 دامنه گذرا
FGENESH "Gene 2" - 16626-17396,17451-17597 دامنه های کیناز و سوشی

هر خط از فایل شامل پنج ستون است. ستون ها عبارتند از:

ستون # توضیحات
------------------

1 نوع ویژگی
2 نام ویژگی
رشته 3
4 مختصات
5 توضیحات

نوع ویژگی
نوع ویژگی باید با یکی از عناوین [نوع ویژگی] در متن مطابقت داشته باشد
بخش پیکربندی اگر این کار را نکرد، گزینه‌های [عمومی] روی آن اعمال می‌شود
ویژگی هنگام رندر کردن آن نام ویژگی نامی برای ویژگی است. از یک "." استفاده کنید یا
"-" اگر این مربوط نیست. اگر نام حاوی فضای خالی است، یک یا دو را قرار دهید
نقل قول ("") در اطراف نام.

رشته
رشته نشان می دهد که ویژگی روی کدام رشته است. این یکی از "+" برای فوروارد است
رشته، "-" برای رشته معکوس، یا "." برای ویژگی هایی که رشته ای نیستند.

مختصات
ستون مختصات مجموعه ای از یک یا چند محدوده است که این ویژگی اشغال می کند.
محدوده ها با استفاده از ".." مانند start..stop یا با خط تیره مانند start-stop نوشته می شوند.
برای ویژگی هایی که از چندین محدوده تشکیل شده اند. به عنوان مثال رونوشت هایی که
دارای اگزون های متعدد و em; می توانید محدوده ها را در همان خط جدا شده با
کاما یا فاصله، یا محدوده ها را روی خطوط جداگانه قرار دهید و فقط از همان ویژگی استفاده کنید
نام و تایپ کنید تا آنها را گروه بندی کنید. در مثال بالا، ویژگی‌های Cosmid B0511 از
سبک خط فردی، در حالی که ویژگی‌های FGENESH از همه دامنه‌ها در یک خط استفاده می‌کنند
سبک.

توضیحات:
ستون آخر حاوی مقداری متن توصیفی است. اگر گزینه توضیحات روی
درست است، این متن در زیر ویژگی در رندر چاپ خواهد شد.

در نهایت، امکان گروه بندی ویژگی های مرتبط با هم وجود دارد. به عنوان مثال می توان به EST ها اشاره کرد
yk53c10.5 و yk53c10.3 که با خواندن از دو سر کلون به هم مرتبط هستند.
yk53c10. برای نشان دادن این رابطه، بخشی به شکل زیر ایجاد کنید:

EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800

این گروه با یک خط نشان داده می شود که فقط شامل دو ستون حاوی ویژگی است
نوع و یک نام منحصر به فرد برای گروه. این خط را با تمام ویژگی هایی که تشکیل می دهند دنبال کنید
گروه، اما ستون اول (نوع ویژگی) را خالی بگذارید. گروه توسط
ترسیم یک خط بریده بین تمام اعضای گروه. شما می توانید این را تغییر دهید
مشخص کردن یک گزینه اتصال متفاوت در بخش پیکربندی برای این ویژگی
تایپ کنید

با استفاده از خدمات onworks.net از frendp به صورت آنلاین استفاده کنید