این دستور fuzzproe است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
fuzzpro - جستجو برای الگوها در توالی پروتئین
خلاصه
fuzzpro -توالی seqall -الگو الگو -outfile گزارش
fuzzpro -کمک
شرح
fuzzpro یک برنامه خط فرمان از EMBOSS ("European Molecular Biology Open
بسته نرم افزاری"). این بخشی از گروه(های) فرمان "Protein:Motifs" است.
OPTIONS
ورودی بخش
-توالی seqall
-الگو الگو
کدهای استاندارد یک حرفی IUPAC برای اسیدهای آمینه استفاده می شود. نماد 'x' است
برای موقعیتی استفاده می شود که هر اسید آمینه ای پذیرفته می شود. ابهامات توسط
لیست آمینو اسیدهای قابل قبول برای یک موقعیت معین، بین پرانتز مربع '[
]'. برای مثال: [ALT] مخفف Ala یا Leu یا Thr است. ابهامات نیز توسط
لیست کردن بین یک جفت براکت فرفری '{ }' آمینو اسیدهایی که پذیرفته نشده اند
در یک موقعیت معین به عنوان مثال: {AM} مخفف هر اسید آمینه به جز Ala و Met است.
هر عنصر در یک الگو با یک "-" از همسایه خود جدا می شود. (اختیاری در
fuzzpro). تکرار یک عنصر از الگو را می توان با دنبال کردن آن نشان داد
عنصر با مقدار عددی یا محدوده عددی بین پرانتز. مثال ها:
x(3) مربوط به xxx، x(2,4،XNUMX) مربوط به xx یا xxx یا xxxx است. وقتی یک
الگو به N- یا C-ترمینال یک دنباله، آن الگو محدود می شود
یا با نماد "<" شروع می شود یا به ترتیب با نماد ">" پایان می یابد. یک دوره به پایان می رسد
الگو. (اختیاری در fuzzpro). برای مثال، [DE](2)HS{P}X(2)PX(2,4،XNUMX)C
تولید بخش
-outfile گزارش
از fuzzproe به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
