این دستور genome-music-bmr-calc-wig-covgp است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
موسیقی ژنوم bmr calc-wig-covg - تعداد بازهای تحت پوشش در هر ژن برای هر آهنگ تکان دادن داده شده
فایل قالب
نسخه
این سند موسیقی ژنوم bmr calc-wig-covg نسخه 0.04 (2016-01-01 در
23:10:18)
خلاصه
موسیقی ژنوم bmr calc-wig-covg --roi-file=? --reference-sequence=؟ --wig-list=؟
--output-dir=؟
استفاده عمومی:
... موسیقی bmr calc-wig-covg \
--wig-list input_dir/wig_list \
--output-dir output_dir/ \
--reference-sequence input_dir/all_sequences.fa \
--roi-file input_dir/all_coding_exons.tsv
مورد نیاز ادله
roi-پرونده متن
فهرست ROI با برگه‌ها [CHr start stop gene_name] (به توضیحات مراجعه کنید)
مرجع-توالی متن
مسیر به دنباله مرجع در قالب FASTA
لیست کلاه گیس متن
فهرست فایل‌های WIG با برگه‌ها [sample_name wig_file] (به توضیحات مراجعه کنید)
خروجی- کارگردان متن
دایرکتوری که در آن فایل های خروجی و زیر شاخه ها نوشته می شوند
شرح
این اسکریپت پایگاه هایی را با پوشش کافی در ROI هر ژن از داده شده می شمارد
فایل‌های فرمت آهنگ را تکان دهید، و آنها را به - تعداد AT، CG (غیر CpG) و CpG دسته‌بندی کنید.
همچنین این تعداد پایه را در تمام ROIهای هر ژن برای هر نمونه جمع می کند، اما
پایه های پوشیده شده که در داخل ROI های همپوشانی قرار دارند بیش از یک بار به حساب نمی آیند
این تعداد کل
ادله
--roi-فایل
مناطق مورد علاقه (ROI) هر ژن معمولاً مناطقی هستند که برای آنها هدف قرار می گیرند
توالی یابی یا ادغام جایگاه های اگزون (از رونوشت های متعدد) ژن ها با 2 جفت باز
پهلوها (اتصالات اتصالات). برای شمارش پایه در هر ژن، یک پایه همپوشانی خواهد داشت
هر بار که در ROI همان ژن ظاهر می شود، شمارش می شود. برای جلوگیری از این، حتما
ROIهای همپوشانی یک ژن را با هم ادغام می کنند. mergeBed BEDtools در صورت استفاده می تواند کمک کند
در هر ژن
-- مرجع- توالی
دنباله مرجع در قالب FASTA. اگر یک شاخص توالی مرجع پیدا نشد
در کنار این فایل (فایل .fai) ایجاد می شود.
---کلاه گیس
فایلی حاوی نام‌های نمونه و مکان‌های فایل فرمت مسیر حرکت را برای آن ارائه کنید
هر یک. در هر خط از قالب جدا شده با برگه [sample_name wig_file] استفاده کنید. ستون های اضافی
مانند داده های بالینی مجاز هستند، اما نادیده گرفته می شوند. نمونه_نام باید همان باشد
نام نمونه تومور مورد استفاده در فایل MAF (ستون شانزدهم، با سربرگ
تومور_نمونه_بارکد).
--output-dir
یک دایرکتوری خروجی را مشخص کنید که در آن موارد زیر ایجاد/نوشته شود: roi_covgs:
دایرکتوری فرعی حاوی تعداد پایه تحت پوشش هر ROI برای هر نمونه. gene_covgs:
فهرست فرعی حاوی تعداد بازهای تحت پوشش هر ژن برای هر نمونه. total_covgs:
فایل حاوی پوشش‌های غیر همپوشانی کلی در هر نمونه.
با استفاده از خدمات onworks.net از genome-music-bmr-calc-wig-covgp به صورت آنلاین استفاده کنید
