genome-music-survivalp - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

بقای موسیقی ژنوم - طرح های بقا و مقادیر P را برای بالینی و جهش ایجاد کنید
فنوتیپ ها

نسخه

این سند نسخه 0.04 بقای موسیقی ژنوم را توصیف می کند (2016-01-01 در ساعت 23:10:18)

خلاصه

ژنوم موسیقی بقا --bam-list=؟ --output-dir=؟ [--maf-file=؟] [--پرش-خاموش]
[--genetic-data-type=?] [--numeric-clinical-data-file=?]
[--categorical-clinical-data-file=?] [--glm-clinical-data-file=?]
[--phenotypes-to-include=?] [--legend-placement=?] [--skip-non-coding]

... بقای موسیقی \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--numeric-clinical-data-file /path/myNumericData.tsv \
--categorical-clinical-data-file /path/myClassData.tsv \
--output-dir /path/output_directory

... بقای موسیقی \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--glm-clinical-data-file /path/myGLMClinicalData.tsv \
--output-dir /path/output_directory

... بقای موسیقی \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
-- ژنتیک-داده-نوع 'ژن' \
--glm-clinical-data-file /path/myGlmClinicalData.tsv \
-- فنوتیپ ها - شامل "نژاد، جنسیت، TP53" \
--output-dir /path/output_directory

مورد نیاز ادله

بام لیست متن
فهرست اسامی نمونه هایی که باید در تجزیه و تحلیل گنجانده شوند. (به توضیحات مراجعه کنید)

خروجی- کارگردان متن
دایرکتوری که فایل های خروجی در آن نوشته خواهند شد

اختیاری ادله

فایل ماف متن
لیست جهش ها در فرمت MAF

پرش-بی صدا بولی
جهش های بی صدا را از فایل MAF ارائه شده رد کنید

مقدار پیش‌فرض "true" اگر مشخص نشده باشد

noskip-silent بولی
«نادرست» کردن skip-silent

نوع داده ژنتیکی متن
داده های بالینی را با داده های سطح "ژن" یا "تغییر" مرتبط کنید

مقدار پیش‌فرض «ژن» در صورتی که مشخص نشده باشد

فایل داده های عددی بالینی متن
جدول نمونه ها (y) در مقابل دسته داده های بالینی عددی (x)

فایل-داده-رده-بالینی متن
جدول نمونه ها (y) در مقابل دسته داده های بالینی طبقه بندی شده (x)

glm-clinical-data-file متن
صفات بالینی، پروفایل های جهش، سایر داده های بالینی مختلط (به توضیحات مراجعه کنید).

فنوتیپ ها برای گنجاندن متن
فقط این ژن ها و/یا فنوتیپ ها را در آنالیز لحاظ کنید. (با کاما جدا شده)

افسانه قرار دادن متن
یکی از «پایین چپ»، «بالا»، «بالا سمت راست» یا «پایین راست» را انتخاب کنید.

مقدار پیش‌فرض «پایین چپ» اگر مشخص نشده باشد

رد شدن-غیر کدگذاری بولی
جهش‌های غیر کدگذاری را از فایل MAF ارائه شده رد کنید

مقدار پیش‌فرض "true" اگر مشخص نشده باشد

noskip-non-coding بولی
رد شدن بدون کدگذاری را "نادرست" کنید

شرح

این دستور تجزیه و تحلیل بقا را انجام می دهد و منحنی های بقا را برای داده های جهشی ترسیم می کند
و همچنین هر صفت بالینی مورد علاقه همانطور که از طریق ورودی --phenotypes-to-include مشخص شده است
پارامتر. تجزیه و تحلیل های انجام شده شامل برآوردگر کاپلان مایر و به دنبال آن کاکس است
مدل خطرات متناسب خروجی برای هر ژن / صفت بالینی تجزیه و تحلیل شده شامل بقا است
منحنی ها، نسبت خطر (با فواصل اطمینان)، و مقادیر P و FDR ها که
اهمیت تفاوت بین بازماندگان و غیربازماندگان

همه فایل‌های داده‌های بالینی برای «وضعیت_vital» مورد نیاز (غیرحساس به حروف کوچک) جستجو می‌شوند.
و ستون‌های «days_to_last_followup» که از طریق شناسه‌های نمونه با فنوتیپ‌ها جفت می‌شوند
تجزیه و تحلیل بقا ستون اول همه فایل های داده های بالینی باید شامل نمونه باشد
شناسه ها، مانند سایر ابزارهای MuSiC. به طور پیش فرض، تجزیه و تحلیل بر روی هر ژن موجود انجام می شود
در MAF در صورت تمایل، تجزیه و تحلیل ممکن است تنها به ژن های خاص با فهرست کردن آنها محدود شود
(با کاما محدود شده) بعد از پارامتر ورودی --phenotypes-to-include. تجزیه و تحلیل بقا ممکن است
همچنین با افزودن سرصفحه ستون ها روی سایر ستون های فایل داده های بالینی نیز انجام شود
به لیست ورودی های مشخص شده پس از پارامتر ورودی --phenotypes-to-include.

در اینجا چند دستورالعمل کلی برای ایجاد فایل های ورودی داده های بالینی وجود دارد:

· سرصفحه الزامی است.

· ستون اول هر فایل داده های بالینی باید شامل شناسه های نمونه باشد که با آن مطابقت دارند
هم در لیست --bam و هم در لیست انواع MAF (در MAF این است
ستون تومور_نمونه_بارکد، به طور خاص).

· حداقل در یکی از فایل های داده های بالینی ورودی، ستون هایی با سرصفحه "vital_status"
و "days_to_last_followup" (بدون حساس به حروف بزرگ) باید وجود داشته باشد. "وضعیت_حیاتی" باید باشد
با 1 و 0 مشخص شده است، که در آن 0 نشان دهنده "زنده بودن" و 1 نشان دهنده "درگذشته" است.

توجه داشته باشید که تمام فایل های ورودی باید با تب جدا شوند.

ادله

--بام-لیست
برای هر کدام یک فایل حاوی نام‌های نمونه و مکان‌های BAM طبیعی/توموری ارائه کنید. استفاده کنید
فرمت جداشده با برگه [نام_نمونه_normal_bam tumor_bam] در هر خط. فقط این ابزار
به sample_name نیاز دارد، بنابراین تمام ستون‌های دیگر را می‌توان نادیده گرفت. نمونه_نام باید باشد
همانند نام‌های نمونه تومور مورد استفاده در فایل MAF (ستون شانزدهم، با هدر
تومور_نمونه_بارکد).

با استفاده از خدمات onworks.net از genome-music-survivalp به صورت آنلاین استفاده کنید