gmap - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmap - برنامه نقشه برداری و تراز ژنومی

خلاصه

نقشه [OPTIONS...] <فاستا فایل ها...>, or گربه | gmap [OPTIONS...]

OPTIONS

ورودی گزینه های (باید شامل -d or -g)
-D, -- کارگردان=فهرست راهنما
دایرکتوری ژنوم پیش فرض (همانطور که توسط --with-gmapdb به برنامه پیکربندی)
is /var/cache/gmap

-d, --db=STRING
پایگاه داده ژنوم اگر آرگومان "؟" باشد (با نقل قول)، این دستور لیست می کند
پایگاه های داده موجود

-k, --kmer=INT
اندازه کیلومتر برای استفاده در پایگاه داده ژنوم (مقادیر مجاز: 16 یا کمتر). اگر نه
مشخص شده است، برنامه بالاترین اندازه کیلومتر موجود را در ژنوم پیدا خواهد کرد
پایگاه داده

--نمونه گیری=INT
نمونه برداری برای استفاده در پایگاه داده ژنوم اگر مشخص نشده باشد، برنامه آن را پیدا خواهد کرد
کوچکترین مقدار نمونه موجود در پایگاه داده ژنوم در اندازه k-mer انتخاب شده

-G, -- ژنومی کامل
از ژنوم کامل استفاده کنید (همه نویسه‌های ASCII مجاز هستند؛ به صراحت در طول راه‌اندازی ساخته شده‌اند)، نه
نسخه فشرده

-g, --gseg=نام فایل
بخش ژنومی ارائه شده توسط کاربر

-1, --خودخواهانه
یک دنباله را با فرمت FASTA از طریق stdin (مفید برای گرفتن) قرار دهید
ترجمه پروتئین یک توالی نوکلئوتیدی)

-2, -- جفت سازی
دو توالی را در قالب FASTA از طریق stdin تراز کنید، اولی ژنومیک و دومی
یکی از آنها cDNA است

--cmdline=STRINGSTRING
این دو توالی ارائه شده در خط فرمان را تراز کنید، اولی ژنومیک و
دومی cDNA است

-q, -- قسمت=INT/INT
پردازش فقط i ام از هر n دنباله به عنوان مثال، 0/100 یا 99/100 (مفید برای
توزیع مشاغل به یک مزرعه کامپیوتری).

--input-buffer-size=INT
اندازه بافر ورودی (برنامه برای کارایی این تعداد توالی را در یک زمان می خواند)
(پیش فرض 1000)

گزینه های محاسباتی

-B, -- دسته ای=INT
حالت دسته ای (پیش فرض = 2)

حالت موقعیت ژنوم را تغییر می دهد
0 به یادداشت mmap mmap مراجعه کنید
1 به یادداشت mmap و پیش بارگذاری mmap مراجعه کنید
(پیش‌فرض) 2 به یادداشت mmap و پیش‌بارگذاری mmap و پیش‌لود مراجعه کنید
3 توجه داشته باشید اختصاص mmap & preload را ببینید
4 توجه داشته باشید تخصیص تخصیص
5 گسترش تخصیص تخصیص

توجه: برای یک دنباله واحد، تمام ساختارهای داده از mmap استفاده می کنند
اگر mmap در دسترس نباشد و تخصیص انتخاب نشده باشد، از fileio استفاده می‌کند (بسیار کند)

در مورد -- دسته ای و افست ها: گسترش افست ها قابل کنترل است
به طور مستقل توسط ---گسترش جبران پرچم. در -- دسته ای=5 گزینه معادل است
-- دسته ای=4 به علاوه ---گسترش جبران=1

---گسترش جبران=INT
آیا برای گسترش شاخص افست ژنومی مقادیر: 0 (خیر، پیش‌فرض)، یا 1 (بله).
بسط می دهد تراز سریع تر، اما نیاز به حافظه بیشتر

-- نوسپلاسینگ
اتصال را خاموش می کند (مفید برای تراز کردن توالی های ژنومی روی ژنوم)

---دقیقه طول درونی=INT
حداقل طول برای یک اینترون داخلی (پیش‌فرض 9). زیر این اندازه، یک شکاف ژنومی
حذف در نظر گرفته خواهد شد تا یک اینترون.

-K, - طول درونی=INT
حداکثر طول برای یک اینترون داخلی (پیش‌فرض 200000)

-w, -- همکار محلی=INT
حداکثر طول برای مکان‌های اتصال شناخته شده در انتهای دنباله (پیش‌فرض 2000000)

-L, --طول کل=INT
حداکثر طول کل اینترون (پیش‌فرض 2400000)

-x, -- chimera-margin=INT
مقدار دنباله بدون تراز که باعث جستجوی دنباله باقی مانده می شود
(پیش فرض 30). تراز خواندن های کایمریک را فعال می کند و ممکن است در برخی کمک کند
غیر کایمریک می خواند. برای خاموش کردن، روی صفر تنظیم کنید.

--بدون واهی
یافتن واهی را خاموش می کند. همان اثر -- chimera-margin=0

-t, --nthreads=INT
تعداد نخ های کارگر

-c, -- chrsubset=رشته
محدود کردن جستجو به کروموزوم داده شده

-z, --جهت=STRING
جهت cDNA (نیروی_حساس، نیروی_ضدحساس، فیلتر_فیلتر، فیلتر_ضد حس، یا
خودکار (پیش فرض))

-H, -- تریمندکسون ها=INT
برش اگزون های انتهایی با تعداد تطابق کمتر از داده شده (در nt، پیش فرض 9)

- حالت متعارف=INT
پاداش برای اینترون های متعارف و نیمه متعارف 0 = پاداش کم، 1 = پاداش بالا
(پیش‌فرض)، 2 = پاداش کم برای دنباله‌های با هویت بالا و در غیر این صورت پاداش بالا

-- متقابل گونه ها
از جستجوی حساس تری برای اتصال متعارف استفاده کنید، که مخصوصاً به شما کمک می کند
هم ترازی بین گونه ها و سایر موارد دشوار

--allow-close-indels=INT
اجازه درج و حذف نزدیک به یکدیگر (0=نه، 1=بله (پیش‌فرض)، 2=فقط
برای ترازهای با کیفیت بالا)

--microexon-spliceprob=شناور
فقط اگر یکی از احتمالات محل اتصال بزرگتر از این باشد، میکرواکسون ها را مجاز کنید
مقدار (پیش‌فرض 0.95)

--cmetdir=STRING
فهرست راهنمای فایل‌های فهرست متیل سیتوزین (ایجاد شده با استفاده از cmetindex) (پیش‌فرض است
مکان فایل های شاخص ژنوم مشخص شده با استفاده از -D, -Vو -d)

--اتویدیر=STRING
فهرست راهنمای فایل های فهرست ویرایش RNA A-to-I (ایجاد شده با استفاده از atoiindex) (پیش فرض
مکان فایل های شاخص ژنوم مشخص شده با استفاده از -D, -Vو -d)

- حالت=STRING
حالت تراز: استاندارد (پیش‌فرض)، رشته‌ای cmet، غیررشته‌ای cmet، رشته‌ای atoi،
atoi-nonstranded، ttoc-stranded یا ttoc-nonstranded. حالت های غیر استاندارد نیاز دارد
شما قبلاً برنامه های cmetindex یا atoiindex را اجرا کرده باشید (که همچنین پوشش می دهند
حالت‌های ttoc) روی ژنوم

-p, --Prunelevel
سطح هرس: 0=بدون هرس (پیش‌فرض)، 1=دنباله ضعیف، 2=دنباله تکراری، 3=ضعیف و
تکراری

انواع خروجی

-S, --خلاصه
فقط خلاصه ترازها را نمایش دهید

-A, -- تراز کردن
نمایش ترازها

-3, --مداوم
نمایش تراز در سه خط پیوسته

-4, - پیوسته توسط اگزون
تراز را در سه خط در هر اگزون نشان دهید

-Z, --فشرده کردن
خروجی چاپ در فرمت فشرده

-E, -- اگزون ها=STRING
اگزون های چاپی ("cdna" یا "ژنومیک")

-P, --protein_dna
توالی پروتئین چاپی (cDNA)

-Q, --protein_gen
توالی پروتئین چاپی (ژنومیک)

-f, --قالب=INT
فرمت دیگر برای خروجی (همچنین به -A و -S گزینه ها و سایر گزینه های لیست شده
تحت انواع خروجی):
فرمت psl (یا 1) = PSL (BLAT)،
gff3_gene (یا 2) = فرمت ژن GFF3،
gff3_match_cdna (یا 3) = قالب cDNA_match GFF3،
gff3_match_est (یا 4) = قالب GFF3 EST_match،
splicites (یا 6) = خروجی splicitetes (برای فایل splicing GSNAP)،
اینترون = خروجی اینترون (برای فایل اتصال GSNAP)،
map_exons (یا 7) = قالب نقشه اگزون IIT FASTA،
map_ranges (یا 8) = قالب نقشه محدوده IIT FASTA،
coords (یا 9) = coords در قالب جدول،
sampe = قالب SAM (تنظیم بیت paired_read در پرچم)،
samse = فرمت SAM (بدون تنظیم بیت paired_read)

گزینه های خروجی

-n, --npaths=INT
حداکثر تعداد مسیر برای نمایش (پیش‌فرض 5). اگر روی 1 تنظیم شود، GMAP گزارش نمی دهد
ترازهای کایمریک، زیرا آن دو مسیر را نشان می دهد. اگر یک تراز واحد می خواهید
به اضافه ترازهای کایمریک، سپس این را روی 0 قرار دهید.

---نمره کمتر از حد مطلوب=INT
فقط مسیرهایی را گزارش کنید که امتیاز آنها در این مقدار بهترین مسیر باشد. به صورت پیش فرض،
اگر این گزینه ارائه نشد،
برنامه تمام مسیرهای یافت شده را چاپ می کند.

-O, --سفارش داده شده
خروجی را به ترتیب ورودی چاپ کنید (فقط در صورتی مرتبط است که بیش از یک کارگر وجود داشته باشد
نخ)

-5, --md5
MD5 checksum را برای هر دنباله پرس و جو چاپ کنید

-o, --همپوشانی وایمرایی
همپوشانی برای نشان دادن، در صورت وجود، در نقطه شکست واهی

-- به طور ناموفق
فقط ترازهای ناموفق را چاپ کنید، آنهایی که هیچ نتیجه ای ندارند

-- Nofails
چاپ ترازهای ناموفق را حذف کنید

-V, --snpsdir=STRING
دایرکتوری برای فایل های فهرست SNPs (ایجاد شده با استفاده از snpindex) (پیش فرض محل است
فایل های شاخص ژنوم مشخص شده با استفاده از -D و -d)

-v, --use-snps=STRING
استفاده از پایگاه داده حاوی SNP های شناخته شده (در .iit که قبلاً با استفاده از آن ساخته شده است
snpindex) برای تحمل SNP ها

-- خروجی تقسیم=STRING
نام پایه برای خروجی چند فایل، به طور جداگانه برای نومپینگ،
uniq، mult، (و chimera، if -- chimera-margin انتخاب شده است)

--ورودی ناموفق=STRING
ترازهای کاملاً ناموفق را به عنوان فرمت ورودی FASTA یا FASTQ در مورد داده شده چاپ کنید
فایل. اگر -- خروجی تقسیم پرچم نیز داده شده است، این فایل علاوه بر این تولید می شود
به خروجی در فایل nomapping.

--پیوست-خروجی
چه زمانی -- خروجی تقسیم or - ورودی ناموفق داده شده است، این پرچم خروجی را به
فایل های موجود در غیر این صورت، پیش فرض ایجاد فایل های جدید است.

- خروجی-اندازه بافر=INT
اندازه بافر، در پرس و جو، برای رشته خروجی (پیش‌فرض 1000). زمانی که تعداد
نتایجی که باید چاپ شوند از این اندازه بیشتر باشد، نخ های کارگر تا زمانی که
عقب ماندگی پاک می شود

-F, -- تمام طول
پروتئین تمام قد را فرض کنید، با Met شروع کنید

-a, --cdsstart=INT
ترجمه کدون ها از نوکلئوتید داده شده (بر اساس 1)

-T, -- کوتاه کردن
تراز کردن حول پروتئین تمام قد، ​​Met to Stop دلالت دارد -F پرچم.

-Y, --متحمل
cDNA را با اصلاحات برای تغییر فریم ترجمه می کند

گزینه هایی برای خروجی GFF3

--gff3-add-separators=INT
اینکه آیا بعد از هر دنباله پرس و جو جداکننده ### اضافه شود، مقادیر: 0 (نه)، 1 (بله،
پیش فرض)

گزینه هایی برای خروجی SAM

--no-sam-headers
سرصفحه هایی که با «@» شروع می شوند چاپ نکنید

--sam-use-0M
درج 0M در CIGAR بین درج‌ها و حذف‌های مجاور مورد نیاز Picard،
اما می تواند باعث ایجاد خطا در ابزارهای دیگر شود

--force-xs-dir
برای ترازهای RNA-Seq، XS:A:؟ هنگامی که جهت حس نامشخص است، و
این مقدار را خودسرانه با XS:A:+ جایگزین می کند. ممکن است برای برخی از برنامه ها مفید باشد، مانند
به عنوان دکمه سر دست، که نمی تواند XS:A:? را اداره کند. با این حال، اگر از این پرچم استفاده کنید،
مقدار گزارش شده XS:A:+ در این موارد معنادار نخواهد بود.

--md-کوچک-snp
در رشته MD، زمانی که SNP های شناخته شده توسط -v پرچم،
زمانی که نوکلئوتیدهای متفاوت را با حروف کوچک چاپ می کند،
با مرجع متفاوت است اما با یک آلل جایگزین شناخته شده مطابقت دارد

--action-if-cigar-error
در صورت عدم توافق بین طول سیگار و طول توالی، اقدامی انجام شود
مقادیر مجاز: نادیده گرفتن، هشدار (پیش‌فرض)، لغو

--read-group-id=STRING
مقدار برای قرار دادن در قسمت شناسه گروه خواندنی (RG-ID).

---read-group-name=STRING
مقدار برای قرار دادن در قسمت نام گروه خواندنی (RG-SM).

--خواندن-گروه-کتابخانه=STRING
مقدار برای قرار دادن در قسمت کتابخانه گروه خواندنی (RG-LB).

--read-group-platform=STRING
مقدار برای قرار دادن در قسمت کتابخانه گروه خواندن (RG-PL).

گزینه هایی برای نمرات کیفیت

---پروتکل کیفیت=STRING
پروتکل برای امتیازات کیفیت ورودی مقادیر مجاز: illumina (ASCII 64-126)
(معادل -J 64 -j -31) خواننده (ASCII 33-126) (معادل -J 33 -j 0)

پیش‌فرض سانجر است (بدون تغییر کیفیت چاپ)
فایل های خروجی SAM باید دارای امتیاز کیفیت در پروتکل sanger باشند

یا می توانید تغییر چاپ را با این پرچم مشخص کنید:

-j, -- کیفیت - چاپ - تغییر=INT
امتیازهای کیفیت FASTQ را با این مقدار در خروجی تغییر دهید (پیش‌فرض برای خواننده 0 است
پروتکل؛ برای تغییر ورودی Illumina به خروجی Sanger، را انتخاب کنید -31)

گزینه های فایل نقشه خارجی

-M, --mapdir=فهرست راهنما
دایرکتوری نقشه

-m, -- نقشه=iitfile
فایل نقشه. اگر آرگومان "؟" باشد (به همراه نقل قول ها)
این فایل های نقشه موجود را فهرست می کند.

-e, --مپکسون ها
هر اگزون را جداگانه ترسیم کنید

-b, -- هر دو نقشه
گزارش بازدید از هر دو رشته ژنوم

-u, -- طرفین=INT
نمایش بازدیدهای جانبی (پیش‌فرض 0)

--چاپ-نظر
نمایش خط نظر برای هر ضربه

گزینه های خروجی تراز

-N, --طول
بدون طول اینترون در تراز

-I, - حالت معکوس=INT
حالت برای ترازها با رشته ژنومی (-): 0 = cDNA معکوس نشود (پیش فرض)
1=cDNA معکوس و رشته ژنومی چاپ (-) 2=cDNA معکوس و ژنوم چاپ (+)
رشته

-i, --introngap=INT
نوکلئوتیدهایی برای نمایش در هر انتهای اینترون (پیش‌فرض 3)

-l, --طول پیچیدگی=INT
طول بسته بندی برای تراز (پیش فرض 50)

فیلتر کردن گزینه های خروجی

--دقیقه برش-پوشش=شناور
ترازهایی با پوشش بریده شده کمتر از این مقدار را چاپ نکنید (پیش فرض = 0.0، که
به این معنی است که فیلتر وجود ندارد) توجه داشته باشید که ترازهای کایمریک بدون در نظر گرفتن این موضوع خروجی خواهند داشت
فیلتر

--min-هویت=شناور
ترازهایی با هویت کمتر از این مقدار چاپ نکنید (پیش‌فرض = 0.0، که به معنی خیر است
فیلتر کردن) توجه داشته باشید که ترازهای کایمریک بدون توجه به این فیلتر خروجی خواهند شد
گزینه های راهنما

--بررسی
فرضیات کامپایلر را بررسی کنید

- نسخه
نمایش نسخه

--کمک این پیام راهنما را نشان دهید

سایر ابزارهای مجموعه GMAP در /usr/lib/gmap قرار دارند

از gmap به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید