این دستور gmod_gff3_preprocessor.plp است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
$0 - یک فایل GFF3 را برای بارگذاری انبوه در پایگاه داده چادو آماده می کند.
خلاصه
% gmod_gff_preprocessor [گزینه‌ها] --gfffile
خط فرمان OPTIONS
--gfffile فایل حاوی GFF3 (اختیاری، قابل خواندن است
از stdin)
--outfile هسته نامی که برای نامگذاری فایل های نتیجه استفاده می شود
--splitfile فایل ها را به تکه های قابل مدیریت بیشتری تقسیم کنید و این کار را فراهم کنید
یک استدلال برای کنترل تقسیم
--onlysplit فایل ها را تقسیم کنید و سپس خارج شوید (یعنی مرتب سازی نکنید)
--nosplit فایل ها را تقسیم نکنید (یعنی فقط مرتب سازی کنید)
--hasrefseq اگر فایل حاوی یک خط دنباله مرجع باشد این را تنظیم کنید
(فقط در صورت عدم تقسیم فایل مورد نیاز است)
--dbprofile نام نمایه gmod.conf را مشخص کنید (در غیر این صورت از پیش فرض استفاده کنید)
--inheritance_tiers انتظار دارید فایل tis چند سطح وراثت باشد
داشتن (پیش فرض: 3)
شرح
splitfile - فقط با تنظیم این پرچم روی 1، فایل با مرجع تقسیم می شود
توالی. اگر یک آرگومان اختیاری ارائه کنید، بر اساس آن بیشتر تقسیم می شود
این قوانین:
source=1 فایل ها را بر اساس مقدار موجود در ستون منبع تقسیم می کند
source=a,b,c خطوطی را با منابعی که مطابقت دارند قرار می دهد (از طریق عبارت منظم)
'a'، 'b' یا 'c' در یک فایل جداگانه
type=a,b,c خطوطی را با انواعی که با «a»، «b» یا «c» مطابقت دارند در یک قرار می دهد.
فایل جداگانه
برای مثال، اگر می‌خواهید تمام نتایج تجزیه و تحلیل شما در یک فایل جداگانه قرار گیرد، شما
می تواند «--splitfile type=match» و همه cDNA_match، EST_match و
ویژگی‌های cross_genome_match به فایل‌های جداگانه می‌روند (با ترتیب مرجع جدا می‌شوند).
inheritence_tiers -- تعداد سطوح وراثت این فایل. به عنوان مثال، اگر
فایل دارای ژن های "دگم مرکزی" در آن است (ژن/mRNA/ اگزون، پلی پپتید)، سپس دارای 3 است.
تا 4 پشتیبانی می شود اما هرچه این عدد بیشتر باشد کندتر عمل می کند. اگر این کار را نکنید
بدانید، 3 یک حدس منطقی است.
FASTA دنباله
اگر فایل GFF3 حاوی دنباله FASTA در انتها باشد، دنباله در a قرار می گیرد
فایل جداگانه با پسوند '.fasta'. این فایل fasta را می توان به طور جداگانه پس از بارگذاری کرد
فایل های تقسیم شده و/یا مرتب شده GFF3 با استفاده از دستور بارگذاری می شوند:
gmod_bulk_load_gff3.pl -g
از gmod_gff3_preprocessor.plp به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
