gmx-angle - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-angle - محاسبه توزیع و همبستگی برای زوایا و دو وجهی

خلاصه

زاویه gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-od [<.xvg>]]
[-او [<.xvg>]] [-از [<.xvg>]] [-خیلی [<.xvg>]] [-اوه [<.xvg>]]
[-oc [<.xvg>]] [و یا [<.trr>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[اکنون] [-xvg ] [نوع ]
[- [نه] همه] [-عرض دو ] [- [نه] دوره ای]
[-[نه]چندلر] [-[no]avercorr] [-اکفلن ]
[-[نه] عادی کردن] [-P ] [-fitfn ]
[-شروع ] [-endfit ]

شرح

gmx زاویه توزیع زاویه را برای تعدادی زاویه یا دو وجهی محاسبه می کند.

با گزینه -او، می توانید میانگین زاویه یک گروه از زوایا را به عنوان تابعی از رسم کنید
زمان. با -همه گزینه، نمودار اول میانگین و بقیه افراد هستند
زاویه.

با -از گزینه، gmx زاویه همچنین کسر دو وجهی ترانس (فقط برای
دو وجهی) به عنوان تابع زمان، اما این احتمالاً فقط برای تعداد معدودی سرگرم کننده است.

با گزینه -oc، یک تابع همبستگی دو وجهی محاسبه می شود.

لازم به ذکر است که فایل ایندکس باید دارای سه گانه اتم برای زاویه یا اتم باشد
چهارقلو برای دو وجهی. اگر اینطور نباشد، برنامه از کار می افتد.

با گزینه و یا، یک فایل مسیر حاوی cos و sin از دو وجهی انتخاب شده ریخته می شود
زاویه ها، که متعاقباً می توانند به عنوان ورودی برای تجزیه و تحلیل مولفه های اصلی استفاده شوند
gmx covar.

گزینه -خیلی هنگامی که انتقال بین روتامرهای دو وجهی با تعدد 3 و رخ می دهد نمودار می شود
-اوه با فرض ورودی، هیستوگرام زمان‌های بین چنین انتقال‌هایی را ثبت می‌کند
فریم های مسیر به طور مساوی در زمان فاصله دارند.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
مسیر حرکت: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng

-n [<.ndx>] (angle.ndx)
فایل فهرست

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-od [<.xvg>] (angdist.xvg)
فایل xvgr/xmgr

-او [<.xvg>] (angaver.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-از [<.xvg>] (dihfrac.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-خیلی [<.xvg>] (dihtrans.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-اوه [<.xvg>] (trhisto.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-oc [<.xvg>] (dihcorr.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

و یا [<.trr>] (traj.trr) (اختیاری)
مسیر با فرمت xdr قابل حمل

گزینه های دیگر:

-b (0)
اولین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-e (0)
آخرین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-dt (0)
فقط زمانی از قاب استفاده کنید که t MOD dt = اولین بار (ps)

-[اکنون (نه)
نمایش خروجی xvg, xpm, .پس و pdf فایل ها

-xvg
قالب بندی نمودار xvg: xmgrace، xmgr، هیچ

نوع (زاویه)
نوع زاویه برای تجزیه و تحلیل: زاویه، دو وجهی، نامناسب، ryckaert-bellemans

- [نه] همه (نه)
تمام زوایا را به ترتیب ظاهر در فایل میانگین ها به طور جداگانه ترسیم کنید
فایل فهرست

-عرض دو (1)
بین عرض (درجه) برای محاسبه توزیع

- [نه] دوره ای (آره)
ماژول زوایای دو وجهی را 360 درجه چاپ کنید

-[نه]چندلر (نه)
از تابع همبستگی چندلر (N[trans] = 1، N[gauche] = 0) به جای کسینوس استفاده کنید
تابع همبستگی Trans به صورت phi < -60 یا phi > 60 تعریف می شود.

-[no]avercorr (نه)
میانگین توابع همبستگی برای هر زوایا/دو وجهی

-اکفلن (-1)
طول ACF، پیش‌فرض نصف تعداد فریم‌ها است

-[نه] عادی کردن (آره)
ACF را عادی کنید

-P (0)
ترتیب چند جمله ای لژاندر برای ACF (0 نشان دهنده هیچ کدام): 0، 1، 2، 3

-fitfn (هیچ)
تابع Fit: none، exp، aexp، exp_exp، exp5، exp7، exp9

-شروع (0)
زمان شروع برازش نمایی تابع همبستگی

-endfit (-1)
زمان پایان برازش نمایی تابع همبستگی، -1 است تا زمانی که
پایان

شناخته شده مسائل

· شمارش انتقال فقط برای دو وجهی با تعدد 3 کار می کند

با استفاده از خدمات onworks.net از gmx-angle به صورت آنلاین استفاده کنید