gmx-bar - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-bar - تخمین تفاوت انرژی آزاد را از طریق نسبت پذیرش بنت محاسبه کنید

خلاصه

نوار gmx [-f [<.xvg> [...]]] [-g [<.edr> [...]]] [-o [<.xvg>]]
[اوی [<.xvg>]] [-اوه [<.xvg>]] [-[اکنون] [-xvg ]
[-b ] [-e ] [-دمای ] [-پیش ]
[-nbmin ] [-nbmax ] [-nbin ] [-[no]extp]

شرح

gmx بار تخمین تفاوت انرژی آزاد را از طریق نسبت پذیرش بنت محاسبه می کند
روش (BAR). همچنین به طور خودکار مجموعه ای از انرژی های آزاد فردی را اضافه می کند
BAR به یک برآورد انرژی آزاد ترکیبی.

هر تفاوت انرژی بدون BAR به دو شبیه سازی در حالت های مختلف متکی است:
حالت A و حالت B را که توسط پارامتر لامبدا کنترل می شود، بگویید (به mdp پارامتر
init_lambda). روش BAR نسبت میانگین وزنی همیلتون را محاسبه می کند
تفاوت حالت B با حالت A و بالعکس. تفاوت انرژی با دیگری
حالت باید به صراحت در طول شبیه سازی محاسبه شود. این را می توان با mdp
انتخاب خارجی_لامبدا.

گزینه ورودی -f انتظار چندگانه دارد dhdl.xvg فایل ها. دو نوع فایل ورودی پشتیبانی می شود:

· فایل های با بیش از یک y-ارزش. فایل ها باید دارای ستون هایی با dH/dlambda و باشند
دلتالامبدا مقادیر لامبدا از افسانه ها استنتاج می شود: lambda of the
شبیه سازی از افسانه dH/dlambda و مقادیر لامبدا خارجی از
افسانه های دلتا اچ

· فایل های تنها با یک y-ارزش. با استفاده از -extp گزینه ای برای این فایل ها فرض شده است
که yمقدار dH/dlambda است و همیلتونی به صورت خطی به لامبدا بستگی دارد.
مقدار لامبدا شبیه سازی از زیرنویس (در صورت وجود) استنتاج می شود.
در غیر این صورت از یک عدد در زیر شاخه در نام فایل.

لامبدای شبیه سازی از آن تجزیه می شود dhdl.xvg افسانه فایل حاوی رشته
«dH»، مقادیر لامبدا خارجی از افسانه حاوی حروف بزرگ «D» و
'H'. دما از خط افسانه حاوی 'T =' تجزیه می شود.

گزینه ورودی -g انتظار چندگانه دارد .edr فایل ها. اینها می توانند شامل هر دو لیست انرژی باشند
تفاوت ها (نگاه کنید به mdp انتخاب جداگانه_dhdl_file، یا یک سری از هیستوگرام ها (نگاه کنید به
mdp گزینه های dh_hist_size و dh_hist_spacing). دما و مقادیر لامبدا هستند
بطور خودکار از ener.edr فایل.

علاوه بر این به mdp انتخاب خارجی_لامبدا، تفاوت انرژی نیز می تواند باشد
برون یابی از مقادیر dH/dlambda. این کار با گزینه``-extp`` انجام می شود که
فرض می کند که هامیلتونی سیستم به صورت خطی به لامبدا بستگی دارد، که معمولاً اینطور نیست
مورد.

تخمین‌های انرژی آزاد با استفاده از BAR با دو نیم‌شدن، با دقت تعیین می‌شوند
مجموعه خروجی با -پیش. یک تخمین خطا با در نظر گرفتن همبستگی های زمانی است
با تقسیم داده‌ها به بلوک‌ها و تعیین تفاوت‌های انرژی آزاد بر روی آنها ساخته می‌شود
آن بلوک ها و با فرض مستقل بودن بلوک ها. تخمین خطای نهایی است
از میانگین واریانس بیش از 5 بلوک تعیین می شود. طیفی از اعداد بلوک برای خطا
تخمین را می توان با گزینه ها ارائه کرد -nbmin و -nbmax.

gmx بار سعی می کند نمونه هایی را با مقادیر لامبدا «بومی» و «خارجی» یکسان جمع کند، اما
همیشه نمونه های مستقل را در نظر می گیرد. توجه داشته باشید که هنگام تجمیع انرژی
تفاوت/مشتقات با فواصل نمونه گیری متفاوت، تقریباً اینطور نیست
درست. معمولاً انرژی های بعدی همبسته هستند و میانگین فواصل زمانی متفاوتی دارند
درجات مختلف همبستگی بین نمونه ها

نتایج به دو بخش تقسیم می‌شوند: بخش آخر شامل نتایج نهایی بر حسب kJ/mol است.
همراه با برآورد خطا برای هر بخش و کل. قسمت اول شامل
تخمین تفصیلی تفاضل انرژی آزاد و اقدامات همپوشانی فضای فاز در واحدهای kT
(به همراه برآورد خطای محاسبه شده آنها). مقادیر چاپ شده عبارتند از:

· lam_A: مقادیر لامبدا برای نقطه A.

· lam_B: مقادیر لامبدا برای نقطه B.

· DG: برآورد انرژی آزاد.

· s_A: تخمینی از آنتروپی نسبی B در A.

· s_B: تخمینی از آنتروپی نسبی A در B.

· stdev: برآورد انحراف استاندارد مورد انتظار در هر نمونه.

آنتروپی نسبی هر دو حالت در مجموعه یکدیگر را می توان به عنوان a تعبیر کرد
اندازه گیری همپوشانی فضای فاز: آنتروپی نسبی s_A نمونه های کاری لامبدا_B
در مجموعه lambda_A (و بالعکس برای s_B)، اندازه گیری "فاصله" است
بین توزیع های بولتزمن دو حالت، که برای یکسان به صفر می رسد
توزیع ها نگاه کنید به Wu & Kofke, J. Chem. فیزیک 123 084109 (2005) برای اطلاعات بیشتر.

برآورد انحراف استاندارد مورد انتظار برای هر نمونه، همانطور که در نسخه اصلی بنت ارائه شده است
مقاله BAR: Bennett, J. Comp. فیزیک 22، ص 245 (1976). معادله 10 در آن تخمینی از
کیفیت نمونه برداری (مستقیماً از خطای آماری واقعی نیست، زیرا فرض می کند
نمونه های مستقل).

برای به دست آوردن یک برآورد بصری از همپوشانی فضای فاز، از -اوه گزینه ای برای نوشتن سری از
هیستوگرام، همراه با -nbin گزینه.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f [<.xvg> [...]] (dhdl.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-g [<.edr> [...]] (ener.edr) (اختیاری)
فایل انرژی

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-o [<.xvg>] (bar.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

اوی [<.xvg>] (barint.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-اوه [<.xvg>] (histogram.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

گزینه های دیگر:

-[اکنون (نه)
نمایش خروجی xvg, xpm, .پس و pdf فایل ها

-xvg
قالب بندی نمودار xvg: xmgrace، xmgr، هیچ

-b (0)
شروع زمان برای BAR

-e (-1)
زمان پایان برای BAR

-دمای (-1)
دما (K)

-پیش (2)
تعداد ارقام بعد از نقطه اعشار

-nbmin (5)
حداقل تعداد بلوک برای تخمین خطا

-nbmax (5)
حداکثر تعداد بلوک برای تخمین خطا

-nbin (100)
تعداد bin ها برای خروجی هیستوگرام

-[no]extp (نه)
اینکه آیا به صورت خطی مقادیر dH/dl را برای استفاده به عنوان انرژی برون یابی کنیم

از gmx-bar به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید