این دستور gmx-convert-tpr است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
gmx-convert-tpr - یک فایل run-input اصلاح شده بسازید
خلاصه
gmx convert-tpr [-s [<.tpr>]] [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-e [<.edr>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.tpr>]] [-توسعه دادن، گسترش ]
[-تا زمان ] [-nsteps ] [-زمان ]
[- [نه] صفر] [-[رمان] [-[نه]ادامه]
[-init_fep_state ]
شرح
gmx تبدیل-tpr می تواند فایل های ورودی اجرا شده را به چهار روش ویرایش کند.
1. با تغییر تعداد مراحل در فایل ورودی اجرا شده با گزینه ها -توسعه دادن، گسترش, -تا زمان or
-nsteps (nsteps=-1 به معنی تعداد نامحدود گام است)
2. (منسوخ) با ایجاد یک فایل ورودی اجرا برای اجرای ادامه در زمانی که شبیه سازی شما داشته باشد
به دلیل دیسک کامل، یا با ایجاد یک فایل ورودی اجرای ادامه کار از کار افتاده است. این گزینه
منسوخ شده است، زیرا mdrun اکنون فایل های ایست بازرسی را می نویسد و می خواند. توجه داشته باشید که یک قاب با
مختصات و سرعت مورد نیاز است. هنگامی که فشار و/یا دمای دماغه هوور
کوپلینگ استفاده می شود یک فایل انرژی را می توان عرضه کرد تا ادامه دقیقی از آن بدست آید
اجرا اصلی
3. با ایجاد یک فایل tpx. برای زیرمجموعه ای از فایل tpx اصلی خود، که زمانی مفید است
می خواهید حلال را از فایل .tpx خود حذف کنید، یا زمانی که می خواهید به عنوان مثال یک فایل خالص بسازید.
فایل Calpha .tpx. توجه داشته باشید که ممکن است نیاز به استفاده داشته باشید -nsteps -1 (یا مشابه) برای رسیدن به این
کار می کنند. هشدار: این tpx پرونده is نه کاملا تابعی.
4. با صفر کردن هزینه های یک گروه مشخص. این هنگام انجام رایگان مفید است
تخمین انرژی با استفاده از روش LIE (انرژی برهمکنش خطی).
OPTIONS
گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
فایل ورودی xdr run قابل حمل
-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr) (اختیاری)
مسیر دقیق کامل: TRR cpt tng
-e [<.edr>] (ener.edr) (اختیاری)
فایل انرژی
-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست
گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:
-o [<.tpr>] (tprout.tpr)
فایل ورودی xdr run قابل حمل
گزینه های دیگر:
-توسعه دادن، گسترش (0)
افزایش زمان اجرا به این مقدار (ps)
-تا زمان (0)
تمدید زمان اجرا تا این زمان پایان (ps)
-nsteps (0)
تعداد مراحل را تغییر دهید
-زمان (-1)
از فریم در این زمان (ps) به جای آخرین فریم ادامه دهید
- [نه] صفر (نه)
هزینه های یک گروه (از شاخص) را صفر کنید
-[رمان (آره)
نیاز به سرعت از مسیر
-[نه]ادامه (آره)
برای ادامه دقیق، محدودیت ها نباید قبل از مرحله اول اعمال شوند
-init_fep_state (0)
وضعیت fep برای مقداردهی اولیه از
از gmx-convert-tpr به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
