gmx-disre - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-disre - محدودیت های فاصله را تجزیه و تحلیل کنید

خلاصه

gmx disre [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-c [<.ndx>]] [-ds [<.xvg>]] [-in [<.xvg>]] [-dn [<.xvg>]]
[-dm [<.xvg>]] [-دکتر [<.xvg>]] [-l [<.log>]] [-q [<.pdb>]]
[-x [<.xpm>]] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[اکنون]
[-xvg ] [-ntop ] [-maxdr ]
[-سطوح ] [- [نه] سوم]

شرح

gmx بدبختی نقض محدودیت های فاصله را محاسبه می کند. برنامه همیشه مقدار را محاسبه می کند
تخلفات آنی به جای میانگین زمانی، زیرا این تحلیل از الف انجام می شود
فایل مسیر پس از آن استفاده از میانگین زمانی منطقی نیست. با این حال، زمان
مقادیر متوسط ​​به ازای هر محدودیت در فایل گزارش داده شده است.

ممکن است از یک فایل فهرست برای انتخاب محدودیت های خاص برای چاپ استفاده شود.

زمانی که اختیاری است -q پرچم داده می شود pdf رنگ فایل با مقدار متوسط
تخلفات

هنگامی که -c گزینه داده شده است، یک فایل فهرست حاوی فریم های موجود در شما خوانده می شود
خط سیر مربوط به خوشه هایی (که به روش دیگری تعریف شده اند) که می خواهید
تجزیه و تحلیل. برای این خوشه‌ها، برنامه میانگین تخلفات را با استفاده از سوم محاسبه می‌کند
الگوریتم میانگین توان و چاپ آنها در فایل لاگ.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
فایل ورودی xdr run قابل حمل

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
مسیر حرکت: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng

-n [<.ndx>] (viol.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

-c [<.ndx>] (clust.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-ds [<.xvg>] (drsum.xvg)
فایل xvgr/xmgr

-in [<.xvg>] (draver.xvg)
فایل xvgr/xmgr

-dn [<.xvg>] (drnum.xvg)
فایل xvgr/xmgr

-dm [<.xvg>] (drmax.xvg)
فایل xvgr/xmgr

-دکتر [<.xvg>] (restr.xvg)
فایل xvgr/xmgr

-l [<.log>] (disres.log)
ورود به سیستم فایل

-q [<.pdb>] (viol.pdb) (اختیاری)
فایل بانک اطلاعات پروتئین

-x [<.xpm>] (matrix.xpm) (اختیاری)
فایل ماتریسی سازگار با X PixMap

گزینه های دیگر:

-b (0)
اولین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-e (0)
آخرین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-dt (0)
فقط زمانی از قاب استفاده کنید که t MOD dt = اولین بار (ps)

-[اکنون (نه)
نمایش خروجی xvg, xpm, .پس و pdf فایل ها

-xvg
قالب بندی نمودار xvg: xmgrace، xmgr، هیچ

-ntop (0)
تعداد تخلفات بزرگی که در هر مرحله در لاگ فایل ذخیره می شود

-maxdr (0)
نقض حداکثر فاصله در خروجی ماتریس. اگر کمتر یا مساوی 0 باشد حداکثر
با داده ها مشخص خواهد شد.

-سطوح (20)
تعداد سطوح در خروجی ماتریس

- [نه] سوم (آره)
از میانگین توان سوم معکوس یا خطی برای خروجی ماتریس استفاده کنید

با استفاده از خدمات onworks.net از gmx-disre به صورت آنلاین استفاده کنید