gmx-editconf - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-editconf - تبدیل و دستکاری فایل های ساختاری

خلاصه

gmx editconf [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx>]] [-بله [<.dat>]]
[-o [<.gro/.g96/...>]] [-مید [<.pqr>]] [-[اکنون]
[-[نه]دف] [-bt ] [جعبه ]
[-زاویه ] [-d ] [- [نه] ج]
[مرکز ] [- aligncenter ]
[-تراز کردن ] [-ترجمه کردن ]
[دفع ] [- [نه] پرنس] [مقیاس ]
[-تراکم ] [- [نه] پی سی] [-resnr ] [- [نه] درک]
[-rvdw ] [-[no]sig56] [-[no]vdwread] [- [نه] اتم]
[- [نه] افسانه] [-برچسب ] [-[بدون]اتصال]

شرح

gmx editconf فرمت ساختار عمومی را به .gro, g96 or pdf.

جعبه را می توان با گزینه ها تغییر داد جعبه, -d و -زاویه. هر دو جعبه و -d مرکز خواهد شد
سیستم در جعبه، مگر اینکه -نه استفاده می شود.

گزینه -bt نوع جعبه را تعیین می کند: تری کلینیک یک جعبه تری کلینیک است، مکعب مستطیل است
جعبه با تمام اضلاع برابر دوازده ضلعی نشان دهنده دوازده وجهی لوزی شکل و اکتادرون is
یک هشت وجهی کوتاه شده دو مورد آخر موارد خاص جعبه تری کلینیک هستند. طول از
سه بردار جعبه ای هشت وجهی بریده کوتاه ترین فاصله بین دو است
شش ضلعی های مقابل نسبت به یک جعبه مکعبی با مقداری فاصله تصویر دوره ای، حجم
یک دوازده وجهی با همین فاصله تناوبی 0.71 برابر مکعب است، و
از یک هشت وجهی کوتاه 0.77 برابر است.

گزینه جعبه فقط به یک مقدار برای دوازده وجهی مکعبی، لوزی شکل یا کوتاه نیاز دارد
جعبه هشت وجهی

با -d و یک تری کلینیک جعبه اندازه سیستم در x-, y- ، و z-جهت ها است
استفاده شده. با -d و مکعب, دوازده ضلعی or اکتادرون جعبه ها، ابعاد بر روی تنظیم شده است
قطر سیستم (بزرگترین فاصله بین اتم ها) به اضافه دو برابر فاصله مشخص شده.

گزینه -زاویه فقط با گزینه معنادار است جعبه و جعبه تری کلینیک و قابل استفاده نیست
با گزینه -d.

چه زمانی -n or -دف تنظیم شده است، یک گروه را می توان برای محاسبه اندازه و مقدار انتخاب کرد
مرکز هندسی، در غیر این صورت از کل سیستم استفاده می شود.

دفع مختصات و سرعت ها را می چرخاند.

-پرنس محورهای اصلی سیستم را در امتداد محورهای مختصات با طولانی ترین آنها تراز می کند
محور هم تراز با x-محور. این ممکن است به شما امکان دهد حجم جعبه را کاهش دهید، اما مراقب باشید
که مولکول ها می توانند به طور قابل توجهی در یک نانوثانیه بچرخند.

مقیاس گذاری قبل از انجام هر یک از عملیات های دیگر اعمال می شود. جعبه ها و مختصات
را می توان برای دادن یک چگالی معین مقیاس کرد (گزینه -تراکم). توجه داشته باشید که ممکن است این باشد
نادرست در مورد الف .gro فایل به عنوان ورودی داده می شود. ویژگی خاص گزینه مقیاس بندی
این است که وقتی ضریب -1 در یک بعد داده می شود، یک تصویر آینه ای به دست می آید
در یکی از هواپیماها وقتی از -1 در سه بعدی استفاده می شود، یک تصویر آینه نقطه ای است
به دست آمده.

گروه ها پس از اعمال تمام عملیات انتخاب می شوند.

دوره ای را می توان به روشی خام حذف کرد. مهم است که بردارهای جعبه در
پایین فایل ورودی شما درست است که تناوب حذف شود.

هنگام نوشتن pdf فایل‌ها را می‌توان با فاکتورهای B اضافه کرد -بله گزینه. فاکتورهای B خوانده می شود
از فایلی با فرمت زیر: خط اول تعداد ورودی های فایل را بیان می کند،
خطوط بعدی یک شاخص و به دنبال آن یک عامل B را بیان می کنند. فاکتورهای B به ازای هر ضمیمه خواهد شد
باقیمانده مگر اینکه یک شاخص بزرگتر از تعداد باقیمانده ها باشد یا مگر اینکه -اتم انتخاب
تنظیم شده است. بدیهی است که هر نوع داده عددی را می توان به جای ضرایب B اضافه کرد. -افسانه
یک ردیف از اتم های CA با فاکتورهای B از حداقل تا حداکثر تولید می کند
ارزش یافت شده، به طور موثر افسانه ای برای مشاهده می سازد.

با گزینه -مید ویژه pdf فایل (pqr.) برای برنامه الکترواستاتیک MEAD
(حل کننده پواسون-بولتزمن) را می توان ساخت. یک پیش نیاز دیگر این است که فایل ورودی a باشد
فایل ورودی را اجرا کنید سپس قسمت فاکتور B با شعاع واندروالس پر می شود
اتم ها در حالی که قسمت اشغال بار را نگه می دارد.

گزینه -فهم مشابه است، اما بارها را در ضریب B و شعاع قرار می دهد
اشغال

گزینه -تراز کردن اجازه می دهد تا محور اصلی یک گروه مشخص در برابر
بردار داده شده، با مرکز چرخش اختیاری مشخص شده توسط - aligncenter.

در نهایت با گزینه -برچسب, editconf می تواند یک شناسه زنجیره ای به a اضافه کند pdf فایل، که می تواند
برای تجزیه و تحلیل با به عنوان مثال Rasmol مفید باشد.

برای تبدیل یک فایل هشت وجهی کوتاه شده تولید شده توسط بسته ای که از یک جعبه مکعبی استفاده می کند
گوشه های بریده شده (مانند GROMOS)، استفاده کنید:

gmx editconf -f in -rotate 0 45 35.264 -bt o -box veclen -o out

جایی که veclen اندازه بار جعبه مکعب است sqrt(3)/2.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
فایل ساختار: غروب g96 پی دی بی brk ent esp Tpr

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

-بله [<.dat>] (bfact.dat) (اختیاری)
فایل داده های عمومی

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-o [<.gro/.g96/...>] (out.gro) (اختیاری)
فایل ساختار: غروب g96 پی دی بی brk ent esp

-مید [<.pqr>] (mead.pqr) (اختیاری)
فایل مختصات MEAD

گزینه های دیگر:

-[اکنون (نه)
نمایش خروجی xvg, xpm, .پس و pdf فایل ها

-[نه]دف (نه)
خروجی را از گروه های شاخص پیش فرض انتخاب کنید

-bt (تری کلینیک)
نوع جعبه برای جعبه و -d: سه کلینیک، مکعبی، دوازده وجهی، هشت وجهی

جعبه (0 0 0)
طول بردار جعبه (a,b,c)

-زاویه (90 90 90)
زوایای بین بردارهای جعبه (bc,ac,ab)

-d (0)
فاصله بین املاح و جعبه

- [نه] ج (نه)
مولکول مرکزی در جعبه (البته توسط جعبه و -d)

مرکز (0 0 0)
مختصات مرکز هندسی

- aligncenter (0 0 0)
مرکز چرخش برای تراز

-تراز کردن (0 0 0)
با بردار هدف تراز کنید

-ترجمه کردن (0 0 0)
ترجمه

دفع (0 0 0)
چرخش حول محورهای X، Y و Z بر حسب درجه

- [نه] پرنس (نه)
مولکول(های) را در امتداد محورهای اصلی خود قرار دهید

مقیاس (1 1 1)
ضریب پوسته پوسته شدن

-تراکم (1000)
چگالی (g/L) جعبه خروجی که با مقیاس بندی به دست می آید

- [نه] پی سی (نه)
تناوب را حذف کنید (مولکول را دوباره کامل کنید)

-resnr (-1)
باقیمانده ها را از resnr شروع کنید

- [نه] درک (نه)
بار اتم را در میدان ضریب B و شعاع اتم در آن ذخیره کنید
زمینه اشغال

-rvdw (0.12)
اگر شعاع Van der Waals پیش فرض (بر حسب نانومتر) در پایگاه داده یافت نمی شود یا اگر
هیچ پارامتری در فایل توپولوژی وجود ندارد

-[no]sig56 (نه)
از rmin/2 (حداقل در پتانسیل Van der Waals) به جای sigma/2 استفاده کنید

-[no]vdwread (نه)
شعاع Van der Waals را از فایل بخوانید vdwradii.dat به جای محاسبه
شعاع بر اساس میدان نیرو

- [نه] اتم (نه)
وابستگی عامل B به ازای هر اتم

- [نه] افسانه (نه)
افسانه B-factor را بسازید

-برچسب (A)
برچسب زنجیره ای را برای همه باقی مانده ها اضافه کنید

-[بدون]اتصال (نه)
رکوردهای CONECT را به a اضافه کنید pdf فایل هنگام نوشتن فقط زمانی انجام می شود که توپولوژی باشد
در حال حاضر

شناخته شده مسائل

· برای مولکول های پیچیده، روال حذف تناوب ممکن است خراب شود، در این صورت شما
می توانید استفاده کنید gmx trjconv.

از gmx-editconf به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید