gmx-hbond - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-hbond - پیوندهای هیدروژنی را محاسبه و تجزیه و تحلیل کنید

خلاصه

gmx hbond [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-تعداد [<.xvg>]] [-g [<.log>]] [-ac [<.xvg>]]
[-دور [<.xvg>]] [-ang [<.xvg>]] [-hx [<.xvg>]]
[-hbn [<.ndx>]] [-hbm [<.xpm>]] [-دون [<.xvg>]]
[-دان [<.xvg>]] [-زندگی [<.xvg>]] [-nhbdist [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [تو ]
[-xvg ] [-a ] [-r ] [-[نه]دا]
[-r2 ] [-آبین ] [-rbin ] [-[no]nitacc]
[-[بدون]تماس] [-پوسته ] [-فیت شروع ]
[تناسب اندام ] [-دمای ] [-زباله ]
[-max_hb ] [- [نه] ادغام] [-اکفلن ]
[-[نه] عادی کردن] [-P ] [-fitfn ]
[-شروع ] [-endfit ]

شرح

gmx hbond پیوندهای هیدروژنی را محاسبه و تجزیه و تحلیل می کند. پیوندهای هیدروژنی بر اساس تعیین می شوند
برش برای زاویه هیدروژن - دهنده - پذیرنده (صفر تمدید شده است) و فاصله
دهنده - گیرنده (یا هیدروژن - گیرنده با استفاده از -نودا). گروه های OH و NH به عنوان در نظر گرفته می شوند
اهداکنندگان، O همیشه یک پذیرنده است، N به طور پیش فرض پذیرنده است، اما می توان آن را تغییر داد
با استفاده از -nitacc. فرض بر این است که اتم های هیدروژن ساختگی به اتم های قبلی متصل هستند
اتم غیر هیدروژن

شما باید دو گروه را برای تجزیه و تحلیل مشخص کنید که یا باید یکسان باشند یا
غیر همپوشانی تمام پیوندهای هیدروژنی بین دو گروه مورد تجزیه و تحلیل قرار می گیرند.

اگر تنظیم کنید -پوسته، از شما یک گروه نمایه اضافی خواسته می شود که باید حاوی باشد
دقیقا یک اتم در این حالت فقط پیوند هیدروژنی بین اتم های درون پوسته برقرار می شود
فاصله از یک اتم در نظر گرفته می شود.

با گزینه -ac، ثابت های سرعت برای پیوند هیدروژنی را می توان با مدل به دست آورد
لوزار و چندلر (Nature 394، 1996؛ J. Chem. Phys. 113:23، 2000) یا مارکویتز
و آگمون (J. Chem. Phys 129، 2008). اگر سینتیک تماس با استفاده از
گزینه -contact، سپس n(t) را می توان به عنوان تمام جفت هایی که در تماس نیستند تعریف کرد
فاصله r در زمان t (مربوط به ترک گزینه -r2 در مقدار پیش فرض 0) یا
تمام جفت هایی که در فاصله r2 قرار دارند (مرتبط با تنظیم یک مقدار قطع دوم است
با گزینه -r2). برای جزئیات و تعاریف بیشتر به ادبیات ذکر شده مراجعه کنید.

خروجی:

· -تعداد: تعداد پیوندهای هیدروژنی به عنوان تابعی از زمان.

· -ac: میانگین در تمام خودهمبستگی های توابع وجود (اعم از 0 یا 1)
از همه پیوندهای هیدروژنی

· -دور: توزیع فاصله همه پیوندهای هیدروژنی.

· -ang: توزیع زاویه همه پیوندهای هیدروژنی.

· -hx: تعداد پیوندهای هیدروژنی n-n+i بر حسب زمانی که n و n+i ایستاده اند.
برای اعداد باقیمانده و i از 0 تا 6 متغیر است. این شامل n-n+3، n-n+4 و
پیوندهای هیدروژنی n-n+5 مرتبط با مارپیچ در پروتئین ها.

· -hbn: تمامی گروه های منتخب، اهداکنندگان، هیدروژن ها و پذیرندگان برای گروه های منتخب، همه
اتم‌های پیوند هیدروژنی از همه گروه‌ها و همه اتم‌های حلال دخیل در درج.

· -hbm: ماتریس وجود برای همه پیوندهای هیدروژنی روی همه فریم ها، این نیز شامل
اطلاعات در مورد قرار دادن حلال در پیوندهای هیدروژنی سفارش یکسان است
in -hbn فایل فهرست

· -دان: تعداد اهداکنندگان و پذیرندگان تجزیه و تحلیل شده برای هر بازه زمانی را بنویسید. این
به ویژه هنگام استفاده مفید است -پوسته.

· -nhbdist: تعداد HBonds در هر هیدروژن را برای مقایسه نتایج محاسبه کنید
طیف سنجی رامان

توجه: گزینه ها -ac, -زندگی, -hbn و -hbm نیاز به مقدار حافظه متناسب با
تعداد کل اهداکنندگان برابر تعداد کل پذیرندگان در گروه(های) انتخاب شده است.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
مسیر حرکت: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
فایل ورودی xdr run قابل حمل

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-تعداد [<.xvg>] (hbnum.xvg)
فایل xvgr/xmgr

-g [<.log>] (hbond.log) (اختیاری)
ورود به سیستم فایل

-ac [<.xvg>] (hbac.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-دور [<.xvg>] (hbdist.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-ang [<.xvg>] (hbang.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-hx [<.xvg>] (hbhelix.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-hbn [<.ndx>] (hbond.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

-hbm [<.xpm>] (hbmap.xpm) (اختیاری)
فایل ماتریسی سازگار با X PixMap

-دون [<.xvg>] (donor.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-دان [<.xvg>] (danum.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-زندگی [<.xvg>] (hblife.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-nhbdist [<.xvg>] (nhbdist.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

گزینه های دیگر:

-b (0)
اولین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-e (0)
آخرین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-dt (0)
فقط زمانی از قاب استفاده کنید که t MOD dt = اولین بار (ps)

تو (ps)
واحد مقادیر زمان: fs، ps، ns، us، ms، s

-xvg
قالب بندی نمودار xvg: xmgrace، xmgr، هیچ

-a (30)
زاویه قطع (درجه، هیدروژن - دهنده - گیرنده)

-r (0.35)
شعاع قطع (nm، X - پذیرنده، گزینه بعدی را ببینید)

-[نه]دا (آره)
از گیرنده دهنده فاصله (اگر درست است) یا گیرنده هیدروژن (FALSE) استفاده کنید

-r2 (0)
شعاع قطع دوم. عمدتا مفید با -مخاطب و -ac

-آبین (1)
توزیع زاویه دو طرفه (درجه)

-rbin (0.005)
توزیع فاصله بین عرض (nm)

-[no]nitacc (آره)
اتم های نیتروژن را به عنوان پذیرنده در نظر بگیرید

-[بدون]تماس (نه)
به دنبال پیوندهای هیدروژنی نباشید، بلکه فقط به دنبال تماس هایی در فاصله برش باشید

-پوسته (-1)
وقتی > 0 باشد، فقط پیوندهای هیدروژنی را در پوسته # نانومتری در اطراف یک ذره محاسبه کنید

-فیت شروع (1)
زمان (ps) که از آن برای شروع برازش توابع همبستگی به منظور به دست آوردن
ثابت سرعت رو به جلو و عقب برای شکستن و تشکیل HB. با -جفت
ما پیشنهاد می کنیم -فیت شروع 0

تناسب اندام (60)
زمان (ps) که برای دستیابی به توابع همبستگی متوقف می شود
ثابت سرعت رو به جلو و عقب برای شکستن و تشکیل HB (فقط با
-جفت)

-دمای (298.15)
دما (K) برای محاسبه انرژی گیبس مربوط به شکست HB و
اصلاح کردن

-زباله (0)
اولین ACFهای پیوند هیدروژنی N را در یک واحد تخلیه کنید xvg فایل برای رفع اشکال

-max_hb (0)
حداکثر نظری تعداد پیوندهای هیدروژنی مورد استفاده برای عادی سازی HB
تابع همبستگی خودکار در صورتی که برنامه آن را اشتباه تخمین بزند می تواند مفید باشد

- [نه] ادغام (آره)
پیوندهای H بین دهنده و گیرنده یکسان، اما با هیدروژن متفاوت هستند
به عنوان یک پیوند H منفرد در نظر گرفته می شود. به طور عمده برای ACF مهم است.

-اکفلن (-1)
طول ACF، پیش‌فرض نصف تعداد فریم‌ها است

-[نه] عادی کردن (آره)
ACF را عادی کنید

-P (0)
ترتیب چند جمله ای لژاندر برای ACF (0 نشان دهنده هیچ کدام): 0، 1، 2، 3

-fitfn (هیچ)
تابع Fit: none، exp، aexp، exp_exp، exp5، exp7، exp9

-شروع (0)
زمان شروع برازش نمایی تابع همبستگی

-endfit (-1)
زمان پایان برازش نمایی تابع همبستگی، -1 است تا زمانی که
پایان

شناخته شده مسائل

· گزینه -نمک که قبلاً روی hbondهای انتخابی کار می کرد از کار افتاده است و بنابراین نیست
در حال حاضر موجود است.

با استفاده از خدمات onworks.net از gmx-hbond به صورت آنلاین استفاده کنید