gmx-insert-molecules - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-insert-molecules - مولکول ها را در جاهای خالی موجود قرار دهید

خلاصه

gmx insert-molecules [-f [<.gro/.g96/...>]] [-این [<.gro/.g96/...>]]
[-ip [<.dat>]] [-o [<.gro/.g96/...>]] [جعبه ]
[-nmol ] [-تلاش كردن ] [-بذر ]
[-شعاع ] [مقیاس ] [-دکتر ]
[-پوسیدگی ]

شرح

gmx درج-مولکول ها درج -nmol کپی از سیستم مشخص شده در -این فایل ورودی.
درج یا در فضای خالی در ترکیب املاح داده شده با
-f، یا در کادر خالی داده شده توسط جعبه. مشخص کردن هر دو -f و جعبه مانند رفتار می کند -f، اما
قبل از قرار دادن یک جعبه جدید در اطراف املاح قرار می دهد. هر سرعتی موجود است
دور انداخته شد

به‌طور پیش‌فرض، موقعیت‌های درج تصادفی هستند (با دانه اولیه مشخص شده توسط -بذر).
برنامه تا زمانی که -nmol مولکول ها در جعبه قرار داده شده است. مولکول ها نیستند
جایی درج می شود که فاصله بین هر اتم موجود و هر اتم درج شده باشد
مولکول کمتر از مجموع بر اساس شعاع واندروالس هر دو اتم است. یک پایگاه داده
(vdwradii.dat) شعاع واندروالس توسط برنامه خوانده می شود و شعاع های حاصله
مقیاس شده توسط مقیاس. اگر شعاع ها در پایگاه داده یافت نشد، به آن اتم ها اختصاص داده می شود
فاصله (از پیش مقیاس شده). -شعاع.

در مجموع -nmol * -تلاش كردن تلاش برای درج قبل از تسلیم شدن انجام می شود. افزایش دادن -تلاش كردن اگر شما
چندین سوراخ کوچک برای پر کردن داشته باشید. گزینه -پوسیدگی مشخص می کند که آیا مولکول های درج
قبل از تلاش برای درج به صورت تصادفی جهت گیری می شوند.

از طرف دیگر، مولکول ها را می توان تنها در موقعیت هایی که در positions.dat تعریف شده است وارد کرد
(-ip). آن فایل باید 3 ستون (x,y,z) داشته باشد که جابجایی ها را در مقایسه با
موقعیت مولکول ورودی (-این). بنابراین، اگر آن فایل باید حاوی مطلق باشد
مولکول باید قبل از استفاده در موقعیت های (0,0,0) متمرکز شود gmx درج-مولکول ها
(مثلا از gmx editconf مرکز). نظراتی که در آن فایل با # شروع می شوند نادیده گرفته می شوند.
گزینه -دکتر حداکثر جابجایی های مجاز را در طول آزمایش های درج تعیین می کند. -تلاش كردن و
-پوسیدگی مانند حالت پیش فرض کار کنید (به بالا مراجعه کنید).

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f [<.gro/.g96/...>] (protein.gro) (اختیاری)
پیکربندی موجود برای درج در: غروب g96 پی دی بی brk ent esp Tpr

-این [<.gro/.g96/...>] (insert.gro)
پیکربندی برای درج: غروب g96 پی دی بی brk ent esp Tpr

-ip [<.dat>] (positions.dat) (اختیاری)
موقعیت های آزمایشی درج از پیش تعریف شده

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-o [<.gro/.g96/...>] (out.gro)
پیکربندی خروجی پس از درج: غروب g96 پی دی بی brk ent esp

گزینه های دیگر:

جعبه (0 0 0)
اندازه جعبه (بر حسب نانومتر)

-nmol (0)
تعداد مولکول های اضافی برای وارد کردن

-تلاش كردن (10)
درج کنید -nmol بار -تلاش كردن بار

-بذر (1997)
دانه مولد تصادفی

-شعاع (0.105)
فاصله پیش فرض واندروالس

مقیاس (0.57)
ضریب مقیاس برای ضرب شعاع Van der Waals از پایگاه داده در
share/gromacs/top/vdwradii.dat. مقدار پیش فرض 0.57 چگالی نزدیک به
1000 گرم در لیتر برای پروتئین در آب.

-دکتر (0 0 0)
جابجایی مجاز در x/y/z از موقعیت های داخل -ip پرونده

-پوسیدگی
مولکول های درج شده را به طور تصادفی بچرخانید: xyz، z، هیچ

با استفاده از خدمات onworks.net از gmx-insert-molecules به صورت آنلاین استفاده کنید