gmx-make_edi - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-make_edi - فایل های ورودی را برای نمونه برداری دینامیک ضروری ایجاد کنید

خلاصه

gmx make_edi [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-eig [<.xvg>]]
[-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-قطر [<.gro/.g96/...>]] [-ori [<.gro/.g96/...>]]
[-o [<.edi>]] [-xvg ] [- دوشنبه ]
[-linfix ] [-linacc ] [-رادفیکس ]
[-radacc ] [-رادکون ] [سیل ]
[-outfrq ] [-شیب ] [-لین استپ ]
[-accdir ] [-radstep ] [-maxedsteps ]
[-eqsteps ] [-deltaF0 ] [-deltaF ]
[-تاو ] [-افلنول ] [-T ]
[-آلفا ] [- [نه] مهار] [-[نه]هسیان]
[- [نه] هارمونیک] [-constF ]

شرح

gmx make_edi یک فایل ورودی نمونه گیری دینامیک ضروری (ED) ایجاد می کند تا با آن استفاده شود
mdrun بر اساس بردارهای ویژه یک ماتریس کوواریانس (gmx covar) یا از حالت های معمولی
تحلیل و بررسی (gmx nmeig). نمونه برداری ED می تواند برای دستکاری موقعیت در امتداد جمع استفاده شود
مختصات (بردارهای ویژه) ماکرومولکول های (بیولوژیکی) در طول شبیه سازی.
به ویژه، ممکن است برای افزایش کارایی نمونه برداری از شبیه سازی های MD استفاده شود
تحریک سیستم برای کشف مناطق جدید در امتداد این مختصات جمعی. یک عدد
الگوریتم های مختلفی برای هدایت سیستم در امتداد بردارهای ویژه پیاده سازی شده اند
(-linfix, -linacc, -رادفیکس, -radacc, -رادکون، برای حفظ موقعیت در امتداد یک (مجموعه
از) مختصات (ها) ثابت (-linfix، یا فقط بر پیش بینی موقعیت ها نظارت کنید
روی این مختصات (- دوشنبه).

منابع:

A. Amadei، ABM Linssen، BL de Groot، DMF van Aalten و HJC Berendsen. یک
روش کارآمد برای نمونه برداری از زیرفضای ضروری پروتئین ها، J. Biomol. ساختار. دین
13:615-626 (1996)

BL de Groot، A. Amadei، DMF van Aalten و HJC Berendsen; به سمت یک جامع
نمونه برداری از فضاهای پیکربندی دو شکل هورمون پپتیدی گوانیلین،
جی بیومول. ساختار. دین 13: 741-751 (1996)

BL de Groot، A.Amadei، RM Scheek، NAJ van Nuland و HJC Berendsen; تمدید شده
نمونه برداری از فضای پیکربندی HPr از E. coli Proteins: Struct. کارکرد ژنرال
26: 314-322 (1996)

از شما خواسته می شود یک یا چند گروه شاخص که با بردارهای ویژه مطابقت داشته باشند،
ساختار مرجع، موقعیت های هدف و غیره

- دوشنبه: نظارت بر پیش بینی مختصات بر روی بردارهای ویژه انتخاب شده.

-linfix: بسط خطی مرحله ثابت را در امتداد بردارهای ویژه انتخاب شده انجام دهید.

-linacc: بسط خطی پذیرش را در امتداد بردارهای ویژه انتخاب شده انجام دهید. (مراحل در
جهت های مورد نظر پذیرفته می شود، سایرین رد می شوند).

-رادفیکس: بسط شعاع مرحله ای ثابت را در امتداد بردارهای ویژه انتخاب شده انجام دهید.

-radacc: بسط شعاع پذیرش را در امتداد بردارهای ویژه انتخاب شده انجام دهید. (مراحل در
جهت مورد نظر پذیرفته می شود، بقیه رد می شوند). توجه داشته باشید: به طور پیش فرض
ساختار MD شروع به عنوان مبدأ اولین چرخه انبساط برای شعاع در نظر گرفته می شود
گسترش اگر -ori مشخص شده است، شما قادر خواهید بود در یک فایل ساختاری که تعریف می کند بخوانید
یک منشاء خارجی

-رادکون: انقباض شعاع پذیرش را در امتداد بردارهای ویژه انتخاب شده به سمت a انجام دهید
ساختار هدف مشخص شده با -قطر.

توجه: هر بردار ویژه فقط یک بار قابل انتخاب است.

-outfrq: فراوانی (در مرحله) نوشتن پیش بینی ها و غیره به xvg پرونده

-شیب: حداقل شیب در گسترش شعاع پذیرش. یک چرخه توسعه جدید خواهد بود
اگر افزایش خود به خودی شعاع (بر حسب نانومتر/گام) کمتر از مقدار باشد شروع می شود
مشخص شده.

-maxedsteps: حداکثر تعداد مراحل در هر چرخه در انبساط شعاع قبل از چرخه جدید است
آغاز شده.

توجه به اجرای موازی: از آنجایی که نمونه برداری ED یک چیز «جهانی» است (جمعی
مختصات و غیره)، حداقل در سمت "پروتئین"، نمونه برداری ED زیاد نیست
موازی دوستانه از نقطه نظر اجرا. زیرا ED موازی به مقداری نیاز دارد
ارتباط اضافی، انتظار داشته باشید که عملکرد پایین تر مانند یک شبیه سازی MD رایگان باشد،
به خصوص در تعداد زیادی از رتبه ها و/یا زمانی که گروه ED حاوی تعداد زیادی اتم باشد.

لطفاً همچنین توجه داشته باشید که اگر گروه ED شما حاوی بیش از یک پروتئین باشد، tpr
فایل باید حاوی نمایش صحیح PBC گروه ED باشد. نگاهی به
RMSD اولیه از ساختار مرجع، که در آغاز چاپ شده است
شبیه سازی؛ اگر این بسیار بیشتر از حد انتظار باشد، ممکن است یکی از مولکول های ED جابجا شود
توسط یک وکتور جعبه.

همه خروجی های مربوط به ED از mdrun (مشخص کنید با -eo) به a نوشته می شود xvg فایل به عنوان یک تابع
زمان در فواصل مراحل OUTFRQ.

توجه داشته باشید: که می توانید چندین محدودیت ED و پتانسیل سیل را در یک واحد اعمال کنید
شبیه سازی (روی مولکول های مختلف) اگر چندین .edi ابتدا فایل ها به هم متصل شدند. در
محدودیت ها به ترتیبی که در آن ظاهر می شوند اعمال می شوند .edi فایل. بسته به آنچه بود
مشخص شده در .edi فایل ورودی، فایل خروجی شامل هر مجموعه داده ED است

· RMSD مولکول نصب شده به ساختار مرجع (برای اتم های درگیر در
برازش قبل از محاسبه محدودیت های ED)

· پیش بینی موقعیت ها بر روی بردارهای ویژه انتخاب شده

سیل:

با سیل، می توانید مشخص کنید که از کدام بردارهای ویژه برای محاسبه پتانسیل سیل استفاده می شود.
که منجر به بیرون راندن نیروهای اضافی سازه به خارج از منطقه توصیف شده توسط
ماتریس کوواریانس اگر شما سوئیچ -restrain پتانسیل معکوس شده و ساختار است
در آن منطقه نگهداری می شود.

مبدا معمولاً ساختار متوسط ​​ذخیره شده در است eigvec.trr فایل. میتونه باشه
تغییر کرد با -ori به یک موقعیت دلخواه در فضای پیکربندی. با -تاو, -deltaF0,
و -افلنول شما رفتار سیل را کنترل می کنید. افل قدرت سیل است، آن است
مطابق با قانون سیل تطبیقی ​​به روز شده است. تاو ثابت زمانی تطبیقی ​​است
سیل، تاو بالا به معنای سازگاری آهسته (یعنی رشد) است. DeltaF0 قدرت سیل است
شما می خواهید به پس از تاو ps شبیه سازی برسید. برای استفاده از مجموعه Efl ثابت -تاو به صفر

-آلفا یک پارامتر فاج برای کنترل عرض پتانسیل سیل است. مقدار 2
یافته شده است که نتایج خوبی برای اکثر موارد استاندارد در سیل پروتئین ها ارائه می دهد.
آلفا اساساً نمونه‌برداری ناقص را به حساب می‌آورد، اگر از عرض آن بیشتر نمونه برداری کنید
گروه افزایش می یابد، این با آلفا > 1 تقلید می شود. برای مهار، آلفا < 1 می تواند
به شما عرض کمتری در پتانسیل مهار می دهد.

RESTART و FLOODING: اگر می خواهید شبیه سازی سیل خراب را دوباره راه اندازی کنید، لطفاً
deltaF و Efl را در فایل خروجی قرار داده و به صورت دستی در فایل قرار دهید .edi پرونده تحت
DELTA_F0 و EFL_NULL.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
مسیر دقیق کامل: TRR cpt tng

-eig [<.xvg>] (eigenval.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
ساختار + جرم (db): Tpr غروب g96 پی دی بی brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

-قطر [<.gro/.g96/...>] (target.gro) (اختیاری)
فایل ساختار: غروب g96 پی دی بی brk ent esp Tpr

-ori [<.gro/.g96/...>] (origin.gro) (اختیاری)
فایل ساختار: غروب g96 پی دی بی brk ent esp Tpr

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-o [<.edi>] (sam.edi)
ورودی نمونه برداری ED

گزینه های دیگر:

-xvg
قالب بندی نمودار xvg: xmgrace، xmgr، هیچ

- دوشنبه
شاخص های بردارهای ویژه برای پیش بینی های x (مثلاً 1,2،5,9-1،100) یا 10-1:11 به معنای XNUMX XNUMX است.
21 31 ... 91

-linfix
شاخص های بردارهای ویژه برای نمونه گیری خطی با افزایش ثابت

-linacc
شاخص های بردارهای ویژه برای پذیرش نمونه گیری خطی

-رادفیکس
شاخص های بردارهای ویژه برای بسط شعاع افزایشی ثابت

-radacc
شاخص های بردارهای ویژه برای بسط شعاع پذیرش

-رادکون
شاخص های بردارهای ویژه برای انقباض شعاع پذیرش

سیل
شاخص های بردارهای ویژه برای سیل

-outfrq (100)
فرکانس (در مرحله) خروجی نوشتن در xvg پرونده

-شیب (0)
حداقل شیب در گسترش شعاع پذیرش

-لین استپ
اندازه‌های گام (nm/گام) برای نمونه‌برداری خطی با افزایش ثابت (در گیومه قرار دهید! "1.0 2.3
5.1 -3.1")

-accdir
دستورالعمل های پذیرش نمونه گیری خطی - فقط علامت ها به حساب می آیند! (در نقل قول قرار دهید! "-1
+1 -1.1")

-radstep (0)
اندازه پله (nm/گام) برای بسط شعاع افزایشی ثابت

-maxedsteps (0)
حداکثر تعداد گام در هر چرخه

-eqsteps (0)
تعداد مراحل برای اجرا بدون هیچ گونه اغتشاش

-deltaF0 (150)
هدف گذاری انرژی بی ثبات کننده برای سیل

-deltaF (0)
deltaF را با این پارامتر شروع کنید - پیش فرض 0، مقادیر غیر صفر فقط برای آن مورد نیاز است
شروع دوباره

-تاو (0.1)
ثابت جفت برای انطباق قدرت سیل با توجه به deltaF0، 0 =
بی نهایت یعنی قدرت سیل ثابت

-افلنول (0)
مقدار شروع قدرت سیل. قدرت سیل به روز شده است
با توجه به طرح سیل تطبیقی. برای مقاومت در برابر سیل ثابت استفاده کنید
-تاو 0.

-T (300)
T دما است، اگر می خواهید سیل انجام دهید، مقدار مورد نیاز است

-آلفا (1)
عرض مقیاس پتانسیل سیل گاوسی با آلفا^2

- [نه] مهار (نه)
از پتانسیل سیل با علامت معکوس -> اثرات به عنوان شبه هارمونیک استفاده کنید
مهار پتانسیل

-[نه]هسیان (نه)
بردارهای ویژه و مقادیر ویژه از یک ماتریس Hessian هستند

- [نه] هارمونیک (نه)
مقادیر ویژه به عنوان ثابت بهار تفسیر می شوند

-constF
سیل نیروی ثابت: به صورت دستی نیروها را برای بردارهای ویژه انتخاب شده تنظیم کنید
-flood (در گیومه قرار دهید! "1.0 2.3 5.1 -3.1"). هیچ پارامتر دیگری برای سیل مورد نیاز نیست
هنگام تعیین مستقیم نیروها.

از gmx-make_edi به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید