gmx-nmtraj - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-nmtraj - یک مسیر نوسانی مجازی از یک بردار ویژه ایجاد کنید

خلاصه

gmx nmtraj [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-eignr ]
[-فاز ] [-دمای ] [-دامنه ]
[-nframes ]

شرح

gmx nmtraj یک مسیر مجازی از یک بردار ویژه مطابق با a ایجاد می کند
نوسان دکارتی هارمونیک حول ساختار متوسط بردارهای ویژه باید
معمولا وزن جرمی دارند، اما می‌توانید از بردارهای ویژه غیروزنی برای تولید استفاده کنید
حرکات متعامد فریم های خروجی به صورت یک فایل مسیری نوشته می شوند که یک کل را پوشش می دهد
دوره، و فریم اول ساختار متوسط ​​است. اگر مسیر را در (یا) بنویسید
تبدیل به) فرمت PDB می توانید آن را مستقیماً در PyMol مشاهده کنید و همچنین یک تصویر واقعی ارائه دهید
فیلم سینما. دامنه حرکت از مقادیر ویژه و دمای از پیش تعیین شده محاسبه می شود.
با فرض برابری انرژی در تمام حالت ها. برای اینکه حرکت به وضوح قابل مشاهده باشد
PyMol ممکن است بخواهید آن را با تنظیم دمای غیرواقعی بالا تقویت کنید.
با این حال، توجه داشته باشید که هم جابجایی‌های دکارتی خطی و هم وزن‌دهی جرمی این کار را انجام می‌دهند
منجر به تغییر شکل جدی ساختار برای دامنه های بالا می شود - این فقط یک محدودیت است
از مدل حالت نرمال دکارتی. به طور پیش فرض بردار ویژه انتخاب شده روی 7 تنظیم شده است، زیرا
شش حالت عادی اول، درجات آزادی انتقالی و چرخشی هستند.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
ساختار + جرم (db): Tpr غروب g96 پی دی بی brk ent

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
مسیر دقیق کامل: TRR cpt tng

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-o [<.xtc/.trr/...>] (nmtraj.xtc)
مسیر حرکت: xtc TRR غروب g96 پی دی بی tng

گزینه های دیگر:

-eignr (7)
رشته ای از بردارهای ویژه برای استفاده (اول 1 است)

-فاز (0.0)
رشته فازها (پیش فرض 0.0 است)

-دمای (300)
دما (K)

-دامنه (0.25)
دامنه برای حالت های با مقدار ویژه<=0

-nframes (30)
تعداد فریم برای تولید

از gmx-nmtraj به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید