gmx-rotacf - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-rotacf - محاسبه تابع همبستگی چرخشی برای مولکول ها

خلاصه

gmx rotacf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-[اکنون] [-xvg ] [-[نه]د] [- [نه] اوور]
[-اکفلن ] [-[نه] عادی کردن] [-P ]
[-fitfn ] [-شروع ] [-endfit ]

شرح

gmx rotacf تابع همبستگی چرخشی را برای مولکول ها محاسبه می کند. سه قلوهای اتمی
(i,j,k) باید در فایل نمایه داده شود و دو بردار ij و jk را تعریف کند. چرخشی
ACF به عنوان تابع خود همبستگی بردار n = ij x jk محاسبه می شود، یعنی
حاصل ضرب متقاطع دو بردار از آنجایی که سه اتم در یک صفحه قرار دارند، ترتیب سه اتم است
اتم ها مهم نیست به صورت اختیاری، با فراخوانی -d سوئیچ، شما می توانید محاسبه کنید
تابع همبستگی چرخشی برای مولکول های خطی با تعیین جفت اتم (i,j) در
فایل فهرست

مثال ها

gmx rotacf -P 1 -nparm 2 -fft -n شاخص -o rotacf-x-P1 -فا expfit-x-P1 -شروع 2.5
-endfit 20.0

این تابع همبستگی چرخشی را با استفاده از لژاندر مرتبه اول محاسبه می کند
چند جمله ای از زاویه یک بردار تعریف شده توسط فایل فهرست. تابع همبستگی
از 2.5 ps تا 20.0 ps به نمایی دو پارامتری نصب می شود.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
مسیر حرکت: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
فایل ورودی xdr run قابل حمل

-n [<.ndx>] (index.ndx)
فایل فهرست

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-o [<.xvg>] (rotacf.xvg)
فایل xvgr/xmgr

گزینه های دیگر:

-b (0)
اولین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-e (0)
آخرین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-dt (0)
فقط زمانی از قاب استفاده کنید که t MOD dt = اولین بار (ps)

-[اکنون (نه)
نمایش خروجی xvg, xpm, .پس و pdf فایل ها

-xvg
قالب بندی نمودار xvg: xmgrace، xmgr، هیچ

-[نه]د (نه)
استفاده از دوتایی شاخص (بردار) برای تابع همبستگی به جای سه گانه (صفحه ها)

- [نه] اوور (آره)
میانگین بیش از مولکول ها

-اکفلن (-1)
طول ACF، پیش‌فرض نصف تعداد فریم‌ها است

-[نه] عادی کردن (آره)
ACF را عادی کنید

-P (0)
ترتیب چند جمله ای لژاندر برای ACF (0 نشان دهنده هیچ کدام): 0، 1، 2، 3

-fitfn (هیچ)
تابع Fit: none، exp، aexp، exp_exp، exp5، exp7، exp9

-شروع (0)
زمان شروع برازش نمایی تابع همبستگی

-endfit (-1)
زمان پایان برازش نمایی تابع همبستگی، -1 است تا زمانی که
پایان

با استفاده از خدمات onworks.net از gmx-rotacf به صورت آنلاین استفاده کنید