go2fmtp - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

go2fmt، go2obo_xml، go2owl، go2rdf_xml، go2obo_text - ابزار تبدیل و پوشش‌های آن

خلاصه

go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml هستی شناسی/*.ontology
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontology/gene_ontology.obo

شرح

هر فایل هستی شناسی سبک GO/OBO را تجزیه می کند و به صورت قالبی متفاوت می نویسد

ادله
-e ERRFILE

خطاهای تجزیه را در XML می نویسد - به طور پیش فرض STDERR است (نباید خطای تجزیه در چاه وجود داشته باشد
فایل های تشکیل شده)

-p FORMAT

تعیین می کند که از کدام تجزیه کننده استفاده کند. اگر نامشخص بماند، بر اساس فایل حدس می‌زند
پسوند. برای فرمت ها به زیر مراجعه کنید

-w|نویسنده FORMAT

فرمت برای خروجی - برای فهرست به زیر مراجعه کنید

-|xslt XSLT

نام یا نام فایل تبدیل XSLT

این می تواند یک مسیر مطلق برای یک فایل در هر نقطه از سیستم فایل باشد یا فقط می تواند
نام xslt باشد. به عنوان مثال

go2fmt.pl -xslt oboxml_to_owl go.obo

اگر نام مشخص شده باشد، ابتدا $GO_ROOT/xml/xsl/*.xsl جستجو خواهد شد. اگر
GO_ROOT تنظیم نشده است، سپس ماژول های perl dir که GO در آن نصب شده است جستجو می شود (
xslts به طور خودکار در اینجا نصب می شود اگر روند نصب عادی را دنبال کنید)

-use_cache
اگر این سوئیچ مشخص شده باشد، حالت کش روشن می شود.

با حالت کش، اولین باری که یک فایل را تجزیه می کنید، یک فایل اضافی خواهد بود
در قالب خاصی که تجزیه سریع است صادر می شود. این فایل همان نام فایل را خواهد داشت
به عنوان فایل اصلی، با این تفاوت که پسوند ".cache" را خواهد داشت.

دفعه بعد که فایل را تجزیه می کنید، این برنامه به طور خودکار وجود را بررسی می کند
از فایل "cache.". اگر وجود دارد و جدیدتر از فایلی است که شما مشخص کرده اید، این است
به جای آن تجزیه می شود. اگر وجود نداشته باشد، دوباره ساخته می شود.

این باعث بهبود سرعت برای b می شود از فرمت های خروجی زیر (مانند
فهرست مسیر). اکثر فرمت‌های خروجی با تجزیه مبتنی بر رویداد کار می‌کنند، بنابراین کش کردن شی به ارمغان می‌آورد
هیچ فایده ای ندارد و در واقع کندتر از دور زدن حافظه پنهان خواهد بود

فرمها
فرمت های قابل نوشتن هستند

go_ont
فایل هایی با پسوند ".ontology"

اینها DAG های هستی شناسی را ذخیره می کنند

go_def
فایل هایی با پسوند ".defs"

go_xref
مراجع پایگاه داده خارجی برای اصطلاحات GO

فایل هایی با پسوند "2go" (به عنوان مثال ec2go، metacyc2go)

go_assoc
حاشیه نویسی ژن ها یا محصولات ژنی با استفاده از GO

فایل هایی با پیشوند "gene-association."

obo_text
فایل هایی با پسوند ".obo"

این یک جایگزین فرمت فایل جدید برای فرمت های فایل مسطح GO موجود است. آی تی
هستی شناسی ها، تعاریف و xref ها را کنترل می کند (اما نه تداعی ها)

obo_xml
فایل هایی با پسوند ".obo.xml" یا ".obo-xml"

این نسخه XML از فرمت فایل مسطح OBO در بالا است

پرولوگ
حقایق prolog - برای استفاده از آنها به یک کامپایلر/مفسر پرولوگ نیاز دارید. تو می توانی
این حقایق را با استفاده از Obol یا پروژه آینده Bio-LP استدلال کنید

tbl نمایش جدولی ساده (زیان).

خلاصه
می توان هم بر روی فایل های هستی شناسی و هم در فایل های ارتباطی استفاده کرد

لیست مسیر
تمام مسیرهای ریشه را نشان می دهد

قالب جغد OWL (پیش‌فرض: OWL-DL)

OWL یک فرمت استاندارد W3C برای هستی شناسی ها است

برای اجرا به فایل های XSL از توزیع کامل go-dev نیاز دارید. XML را ببینید
بخش درhttp://www.godatabase.org/dev>

obj_yaml
یک نمایش YAML از یک شی GO::Model::Graph

obj_storable
روگرفتی از شی پرل GO::Model::Graph. برای این کار به Storable از CPAN نیاز دارید
کار این برای ذخیره کردن اشیاء در سیستم فایل برای دسترسی سریع در نظر گرفته شده است. را
نمایش obj_storable ممکن است قابل حمل نباشد

text_html
فرمت خروجی OBO با html

godb_prestore
XML که مستقیماً به طرح رابطه ای GODB نگاشت می شود (سپس می توان با استفاده از آن بارگذاری کرد
stag-storenode.pl)

chadodb_prestore
XML که مستقیماً به طرح رابطه ای چادو نگاشت می شود (سپس می توان با استفاده از آن بارگذاری کرد
stag-storenode.pl)

مستندات
<http://www.godatabase.org/dev>

با استفاده از خدمات onworks.net از go2fmtp به صورت آنلاین استفاده کنید