gt-chseqids - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gt-chseqids - شناسه های دنباله را با نگاشت داده شده در یک فایل نگاشت تغییر دهید.

خلاصه

gt chseqids [گزینه ...] mapping_file [GFF3_file]

شرح

-مرتب سازی [بله | نه]
پس از تغییر شناسه های دنباله، ویژگی های GFF3 را مرتب کنید (مصرف حافظه است
متناسب با اندازه فایل ورودی) (پیش‌فرض: خیر)

-v [بله | نه]
پرحرف باشد (پیش‌فرض: خیر)

-o [نام فایل]
تغییر مسیر خروجی به فایل مشخص شده (پیش فرض: تعریف نشده)

-gzip [بله | نه]
نوشتن فایل خروجی فشرده gzip (پیش‌فرض: خیر)

-bzip2 [بله | نه]
فایل خروجی فشرده bzip2 را بنویسید (پیش‌فرض: خیر)

-زور [بله | نه]
نوشتن اجباری در فایل خروجی (پیش‌فرض: خیر)

-کمک
نمایش راهنما و خروج

-version
نمایش اطلاعات نسخه و خروج

فرمت فایل برای mapping_file:

فایل نگاشت ارائه شده یک جدول نگاشت به نام "chseqids" را تعریف می کند. نقشه برداری می کند
ورودی های sequence-region داده شده در فایل GFF3 به نام های دیگر. می توان آن را به صورت تعریف کرد
به شرح زیر است:

chseqids = {
chr1 = "seq1"،
chr2 = "seq2"
}

هنگامی که از این مثال استفاده می شود، تمام شناسه های دنباله "chr1" به "seq1" و همه
شناسه های دنباله ای "chr2" به "seq2".

گزارش نویسی اشکالات

گزارش اشکالات به[ایمیل محافظت شده]>.

با استفاده از خدمات onworks.net از gt-chseqids به صورت آنلاین استفاده کنید