GWAMA - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

GWAMA - متا آنالیز انجمن گسترده ژنوم

خلاصه

GWAMA [گزینه های]

شرح

نرم افزار GWAMA (Genome-Wide Association Meta Analysis) متاآنالیز را انجام می دهد.
نتایج مطالعات GWA فنوتیپ های باینری یا کمی اثر ثابت و تصادفی
متاآنالیزها برای SNP های مستقیم ژنوتیپ شده و منتسب با استفاده از تخمین ها انجام می شود
نسبت شانس آللی و فاصله اطمینان 95% برای صفات دوتایی، و تخمین
اندازه اثر آللی و خطای استاندارد برای فنوتیپ های کمی. GWAMA قابل استفاده است
برای تجزیه و تحلیل نتایج همه مدل‌های ژنتیکی مختلف (تکثیر، افزایشی،
غالب، مغلوب). این نرم افزار دارای امکانات به دام انداختن خطا برای شناسایی است
خطاهای تراز رشته و چرخاندن آلل، و انجام تست های ناهمگنی
اثرات بین مطالعات

OPTIONS

-i, --فیلم=نام فایل
فایل های نتایج مطالعات را مشخص کنید. پیش فرض = gwama.in

-o, -- خروجی=فایل روت
ریشه فایل را برای خروجی تجزیه و تحلیل مشخص کنید. پیش‌فرض = gwama (gwama.out، gwama.gc.out)

-r, --تصادفی
از تصحیح اثر تصادفی استفاده کنید. پیش فرض = غیر فعال

-gc, -کنترل_ژنومیک
از کنترل ژنومی برای تنظیم فایل های نتایج مطالعات استفاده کنید. پیش فرض = غیر فعال

-gco, ---ژنومیک_کنترل_خروجی
از کنترل ژنومی در خلاصه متاآنالیز استفاده کنید (یعنی نتایج متاآنالیز هستند
برای gc تصحیح شد). پیش فرض = غیر فعال

-qt, -- کمی
نسخه کمی ویژگی (ستون های BETA و SE) را انتخاب کنید. پیش فرض = ویژگی باینری

-m, -- نقشه=نام فایل
نام فایل را برای نقشه نشانگر انتخاب کنید.

-t, --آستانه=0-1
آستانه p-value برای نشان دادن جهت در جهات اثر خلاصه. پیش فرض =
1

--no_alleles
هیچ اطلاعات آللی داده نشده است. انتظار همیشه همان EA را داشته باشید.

--indel_alleles
برچسب های آللی ممکن است بیش از یک حرف داشته باشند. بدون بررسی رشته

--رابطه ی جنسی تجزیه و تحلیل متمایز جنسیتی و ناهمگونی جنسیتی را اجرا کنید (روش شرح داده شده در
مقاله مجی، لیندگرن و موریس 2010). اطلاعات جنسیت باید در فایل لیست ارائه شود.
(ستون دوم بعد از نام فایل یا M یا F است).

--name_marker
سرصفحه جایگزین برای نام نشانگر col.

--name_strand
هدر جایگزین برای ستون رشته.

--name_n
سربرگ جایگزین برای اندازه نمونه.

--name_ea
هدر جایگزین برای تأثیر ستون آلل.

--name_nea
هدر جایگزین برای ستون آلل بدون اثر.

--name_eaf
هدر جایگزین برای تأثیر ستون فرکانس آللی.

--name_beta
هدر جایگزین برای ستون بتا.

--name_se
هدر جایگزین برای std. اشتباه کن سرهنگ

--name_or
هدر جایگزین برای ستون OR.

--name_or_95l
هدر جایگزین برای ستون OR 95L.

--name_or_95u
هدر جایگزین برای ستون OR 95U.

-h, --کمک
این راهنما را چاپ کنید.

-v, - نسخه
شماره نسخه GWAMA را چاپ کنید. این صفحه راهنما باید ناکافی باشد. لطفا استفاده کنید
گزینه کمک برای یادآوری سریع گزینه های gwama یا به صفحه اصلی آن مراجعه کنید
با مستندات آنلاین یا کتابچه راهنمای قابل دانلود.

با استفاده از خدمات onworks.net از GWAMA به صورت آنلاین استفاده کنید