این دستور hhconsensus است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
hhconsensus - توالی اجماع را برای فایل ورودی A3M/FASTA محاسبه کنید
خلاصه
اجماع -i [گزینه های]
شرح
HHconsensus نسخه 2.0.16 (ژانویه 2013) توالی اجماع را برای یک محاسبه کنید
فایل ورودی A3M/FASTA. (ج) یوهانس سودینگ، مایکل رمرت، آندریاس بیگرت، آندریاس
Hauser Remmert M, Biegert A, Hauser A, and Soding J. HHblits: رعد و برق تکرار شونده سریع
جستجوی توالی پروتئین با تراز HMM-HMM. نات. Methods 9:173-175 (2011).
-i
تراز پرس و جو (A2M، A3M، یا FASTA)، یا پرس و جو HMM
تولید گزینه ها:
-s
توالی اجماع را در FASTA اضافه کنید (پیش‌فرض = )
-o
نوشتن تراز با توالی اجماع در A3M
-oa3m
همان
-oa2m
نوشتن تراز با توالی اجماع در A2M
-اوفاس
تراز را با دنباله اجماع در FASTA بنویسید
-v
حالت پرحرف: 0: خروجی صفحه نمایش وجود ندارد 1: فقط هشدارها 2: پرحرف
فیلتر ورودی هم ترازی (گزینه ها می توان be ترکیب شده):
-شناسه [0,100] حداکثر هویت توالی زوجی (%) (def=100)
-تفاوت [0,inf[، مجموعه‌های متنوعی از دنباله‌ها را فیلتر می‌کند، حداقل این را حفظ می‌کند
توالی های زیادی در هر بلوک بیش از 50 ستون (def=0)
-cov [0,100] حداقل پوشش با پرس و جو (%) (def=0)
-قید [0,100] حداقل هویت دنباله با پرس و جو (%) (def=0)
-qsc [0,100] حداقل امتیاز در هر ستون با پرس و جو (def=-20.0)
ورودی هم ترازی قالب:
-M a2m استفاده از A2M/A3M (پیش‌فرض): حروف بزرگ = مطابقت؛ حروف کوچک = درج; '-' = حذف; '.' =
شکاف های تراز شده با درج ها (ممکن است حذف شوند)
-M اول
از FASTA استفاده کنید: ستون هایی با باقیمانده در دنباله 1 حالت تطبیق دارند
-M [0,100]
از FASTA استفاده کنید: ستون هایی با فاصله کمتر از X٪ حالت های تطبیق دارند
دیگر گزینه ها:
-افزودن اطلاعات ساختار ثانویه پیش بینی شده را از PSIPRED اضافه کنید
مثال: hhconsensus -i stdin -s stdout
از hhconsensus آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
