این دستور hmm2emit است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
hmm2emit - توالی هایی را از نمایه HMM تولید کنید
خلاصه
hmm2 emit [گزینه ها] hmmfile
شرح
hmm2 emit یک فایل HMM را از آن می خواند hmmfile حاوی یک یا چند HMM است و a را ایجاد می کند
تعداد توالی از هر HMM. یا اگر -c گزینه انتخاب شده است، یک واحد تولید کنید
اجماع اکثریت-حاکمیت این می تواند برای برنامه های مختلفی مفید باشد که در آنها نیاز به a
شبیه سازی توالی ها مطابق با اجماع خانواده توالی
به طور پیش فرض، hmm2 emit 10 دنباله تولید می کند و آنها را در قالب FASTA (بدون تراز) خروجی می دهد.
OPTIONS
-a دنباله های تولید شده را به جای FASTA در قالب تراز (SELEX) بنویسید.
-c به‌جای نمونه‌برداری، یک توالی اجماع قانون اکثریت را پیش‌بینی کنید
از توزیع احتمال HMM. باقیمانده های بسیار حفاظت شده (p>= 0.9 برای
DNA، p>= 0.5 برای پروتئین) در حروف بزرگ نشان داده شده است. بقیه با حروف کوچک نشان داده شده اند.
برخی از ایالت‌های درج ممکن است بخشی از اجماع قانون اکثریت شوند، زیرا چنین هستند
در >= 50 درصد از توالی های تولید شده استفاده می شود. هنگامی که این اتفاق می افتد، باقی مانده های تولید شده را وارد کنید
به سادگی به صورت "x" نشان داده می شوند.
-h چاپ راهنمای مختصر. شامل شماره نسخه و خلاصه همه گزینه ها از جمله
گزینه های متخصص
-n تولید دنباله ها پیش فرض 10 است.
-o دنباله های مصنوعی را در فایل ذخیره کنید به جای نوشتن آنها برای stdout.
-q ساکت؛ تمام خروجی ها به جز خود توالی ها را سرکوب کنید. مفید برای لوله کشی
یا هدایت خروجی
EXPERT OPTIONS
-- دانه
دانه تصادفی را روی ، جایی که یک عدد صحیح مثبت است. پیش فرض استفاده است
زمان() برای تولید یک دانه متفاوت برای هر اجرا، به این معنی که دو مورد متفاوت هستند
اجرا می شود hmm2 emit در یک HMM نتایج کمی متفاوت خواهد بود. شما می توانید استفاده کنید
این گزینه برای تولید نتایج قابل تکرار است.
با استفاده از خدمات onworks.net از hmm2emit به صورت آنلاین استفاده کنید
