hmmemit - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

hmmemit - نمونه توالی از یک نمایه HMM

خلاصه

هممیت [گزینه ها] hmmfile

شرح

La هممیت نمونه های برنامه (گسترش) دنباله ها از HMM(های) نمایه در hmmfileو
آنها را در خروجی می نویسد. توالی های نمونه گیری ممکن است برای اهداف مختلف مفید باشند،
از جمله ایجاد مثبت های مصنوعی مصنوعی برای معیارها یا آزمایش ها.

پیش فرض نمونه برداری از یک دنباله بدون تراز از مدل احتمال هسته است که
به این معنی که هر دنباله از یک دامنه تمام طول تشکیل شده است. متناوبا، با -c
گزینه، شما می توانید یک توالی اجماع قانون اکثریت ساده منتشر کنید. یا با -a گزینه، شما
می تواند یک تراز را منتشر کند (در این صورت، احتمالاً می خواهید تنظیم کنید -N به چیز دیگری
از پیش فرض آن 1 دنباله در هر مدل).

به عنوان گزینه دیگر، با -p گزینه شما می توانید یک دنباله از یک به طور کامل پیکربندی شده نمونه
نمایه جستجوی HMMER. این به معنی نمونه برداری از یک "توالی همولوگ" با تعریف HMMER است،
از جمله توالی‌های کناری غیرهمولوگ، هم‌ترازی‌های محلی، و دامنه‌های متعدد در هر
دنباله، بسته به مدل طول و حالت تراز انتخاب شده برای نمایه.

La hmmfile ممکن است حاوی یک کتابخانه از HMM ها باشد، در این صورت هر HMM به نوبه خود استفاده می شود.

ممکن است '-' (خط تیره) باشد، که به معنای خواندن این ورودی از است stdin به جای یک فایل

مشترک OPTIONS

-h کمک؛ یک یادآوری مختصر از استفاده از خط فرمان و همه گزینه های موجود چاپ کنید.

-o دنباله های خروجی را به فایل هدایت کنید ، به جای اینکه stdout.

-N نمونه دنباله ها در هر مدل، نه فقط یک.

OPTIONS کنترل چه به بیرون ریختن

پیش فرض نمونه گیری است N دنباله هایی از مدل اصلی از طرف دیگر، می توانید انتخاب کنید
یکی (و تنها یکی) از گزینه های زیر.

-a یک تراز برای هر HMM در hmmfile به جای نمونه گیری بدون تراز
دنباله ها یکی یکی

-c به جای نمونه برداری از یک دنباله از
نمایه توزیع احتمال HMM. دنباله اجماع تشکیل می شود
انتخاب حداکثر احتمال باقی مانده در هر حالت تطبیق.

-C یک توالی اجماع قواعد کثرت خیال انگیزتر از -c گزینه. اگر حداکثر
باقیمانده احتمال p دارد دقیقه آن را به‌عنوان باقیمانده «هر» با حروف کوچک نشان دهید (n یا x). اگر
p >= دقیقه و کوچک آن را به عنوان باقی مانده با حروف کوچک نشان دهید. و اگر p >= کوچک آن را به عنوان نشان دهید
باقی مانده حروف بزرگ تنظیمات پیش فرض از کوچک و دقیقه هر دو 0.0 هستند که
به معنی -C همان خروجی را می دهد -c مگر اینکه شما هم تنظیم کنید کوچک و دقیقه به آنچه تو
خواستن.

-p دنباله های بدون تراز را از نمایه جستجوی ضمنی، نه از هسته، نمونه بگیرید
مدل. مدل هسته فقط شامل حالات همولوگ (بین شروع
و حالت های پایانی یک مدل HMMER Plan7). نمایه شامل N غیر همولوگ است،
حالت‌های C و J، پیکربندی الگوریتم محلی/گلوکال و تک‌هیتی و
مدل طول هدف بنابراین توالی های نمونه برداری شده از یک نمایه ممکن است شامل باشند
توالی های غیر همولوگ و همولوگ و ممکن است شامل بیش از یک باشد
قطعه دنباله همولوگ به طور پیش فرض، نمایه در حالت محلی چند ضربه ای است و
طول دنباله هدف برای L=400 پیکربندی شده است.

OPTIONS کنترل انتشار از پرونده ها

این گزینه ها مستلزم این است که شما آن را تنظیم کرده باشید -p گزینه.

-L مدل طول دنباله هدف نمایه را برای ایجاد طول متوسط ​​پیکربندی کنید
تقریبا به جای پیش فرض 400.

-- محلی
نمایه را برای تراز محلی چند ضربه ای پیکربندی کنید.

-- تک محلی
نمایه را برای تراز محلی واحد (Smith/Waterman) پیکربندی کنید.

--گلوکال
نمایه را برای تراز چند ضربه ای گلوکال پیکربندی کنید.

-- تک جهانی
نمایه را برای هم ترازی glocal unihit پیکربندی کنید.

OPTIONS کنترل تفننی اجماع، وفاق انتشار

این گزینه ها مستلزم این است که شما آن را تنظیم کرده باشید -C انتخاب.

-- دقیقه
تنظیم می کند دقیقه آستانه برای نشان دادن باقی مانده های ضعیف حفاظت شده به عنوان حروف کوچک. (0 <=
x <= 1)

--مینو
تنظیم می کند کوچک آستانه برای نشان دادن باقی مانده به شدت حفاظت شده به عنوان حروف بزرگ. (0
<= x <= 1)

OTHER OPTIONS

-- دانه
مولد اعداد تصادفی را با ، یک عدد صحیح >= 0. اگر غیر صفر است، هر
شبیه سازی های تصادفی قابل تکرار خواهند بود. همان فرمان همان را خواهد داد
نتایج. اگر 0 است، مولد اعداد تصادفی به طور دلخواه بذر می شود، و
شبیه‌سازی‌های تصادفی از اجرا به اجرای همان فرمان متفاوت خواهند بود. پیشفرض
0 است: از یک دانه دلخواه استفاده کنید، بسیار متفاوت است هممیت اجراها متفاوت تولید خواهد کرد
نمونه ها.

با استفاده از خدمات onworks.net از hmmemit به صورت آنلاین استفاده کنید