این دستور hmmfetch است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
hmmfetch - HMM(های) نمایه را از یک فایل بازیابی کنید
خلاصه
hmmfetch [گزینه ها]
(HMM نامگذاری شده را بازیابی می کند )
hmmfetch -f [گزینه ها]
(همه HMM های فهرست شده در را بازیابی می کند )
hmmfetch --فهرست مطالب [گزینه ها]
(شاخص ها برای واکشی)
شرح
به سرعت یک یا چند HMM نمایه را از یک صفحه بازیابی می کند (یک پایگاه داده بزرگ Pfam، برای
مثال).
برای حداکثر سرعت، ابتدا باید با استفاده از ایندکس شود hmmfetch --فهرست مطالب.
index یک فایل باینری به نام است .ssi. با این حال، این اختیاری است، و بازیابی خواهد شد
هنوز از فایل های فهرست نشده کار می کند، البته بسیار کندتر.
حالت پیش فرض بازیابی یک نمایه واحد با نام یا دسترسی است که به نام the .
مثلا:
% hmmfetch Pfam-A.hmm Caudal_act
٪ hmmfetch Pfam-A.hmm PF00045
با -f گزینه ، الف به جای آن، فهرستی از یک یا چند کلید خوانده می شود.
اولین فیلد محدود شده با فضای خالی در هر خط بدون نظر غیر خالی از
به عنوان یک مورد استفاده قرار می گیرد ، و هر داده باقی مانده در خط نادیده گرفته می شود. این امکان تنوع را فراهم می کند
از فایل های داده محدود شده با فضای خالی برای استفاده به عنوان س.
هنگام استفاده از -f و یک ، اگر hmmfile ایندکس شده است، کلیدها در بازیابی می شوند
ترتیب آنها در رخ می دهد فایل کلیدی، اما اگر hmmfile ایندکس نمی شود، کلیدها در بازیابی می شوند
ترتیب آنها در رخ می دهد hmmfile. این یک عارضه جانبی از پیاده سازی است که اجازه می دهد
کلیدهای متعددی که باید بازیابی شوند حتی اگر یک جریان غیرقابل بازگشت است، مانند یک
لوله ورودی استاندارد
در استفاده معمولی (بدون --فهرست مطالب or -f گزینه ها)، ممکن است '-' (خط تیره)، که به معنی
خواندن ورودی از stdin به جای یک فایل با --فهرست مطالب گزینه، ممکن است
بودن '-'؛ ایندکس کردن یک جریان ورودی استاندارد منطقی نیست. با -f گزینه،
هر دو or (اما نه هر دو) ممکن است '-' باشد. اغلب به خصوص مفید است
خواندن از ورودی استاندارد، زیرا این اجازه استفاده از دستور دلخواه را می دهد
فراخوانی‌های خطی برای ایجاد فهرستی از نام‌های HMM یا پیوست‌ها، سپس همه آنها را به یک فهرست جدید واکشی کنید
فایل، فقط با یک دستور.
به طور پیش فرض، HMM های واکشی شده در خروجی استاندارد در قالب HMMER3 چاپ می شوند.
OPTIONS
-h کمک؛ یک یادآوری مختصر از استفاده از خط فرمان و همه گزینه های موجود چاپ کنید.
-f دومین آرگومان خط فرمان a است به جای تک .
اولین فیلد در هر خط از به عنوان بازیابی استفاده می شود (نام HMM
یا الحاق). خطوط خالی و خطوط نظر (که با کاراکتر # شروع می شوند) هستند
نادیده گرفته شد
-o خروجی HMM(های) به فایل به جای خروجی استاندارد
-O خروجی HMM(های) به فایل(های) فردی با نام به جای خروجی استاندارد با
la -f گزینه، این می تواند منجر به ایجاد بسیاری از فایل ها شود.
--فهرست مطالب
به جای بازیابی یک یا چند نمایه از ، نمایه سازی کنید برای
بازیابی های آینده این باعث ایجاد یک .ssi فایل فهرست دودویی
با استفاده از خدمات onworks.net از hmmfetch آنلاین استفاده کنید
