این دستور hmmlogo است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
hmmlogo - با توجه به HMM، داده های مورد نیاز برای ساخت یک آرم HMM را تولید کنید
خلاصه
hmmlogo [گزینه ها]
شرح
hmmlogo ارتفاع حروف و پارامترهای ایندل را محاسبه می کند که می توان از آنها برای تولید یک پروفایل استفاده کرد
آرم HMM. این ابزار در اصل یک رابط خط فرمان برای بسیاری از داده ها است
زیر سرور آرم Skylign (skylign.org).
به طور پیش فرض، hmmlogo جدولی از ارتفاع حروف در هر موقعیت (بسته به
روش ارتفاع درخواستی)، سپس جدولی از احتمالات شکاف در هر موقعیت را چاپ می کند.
در یک لوگوی معمولی، ارتفاع کل یک پشته از حروف برای یک موقعیت به آن بستگی دارد
محتوای اطلاعات موقعیت، و ارتفاع پشته بر اساس تقسیم بندی می شود
احتمال انتشار حروف الفبا
OPTIONS
-h کمک؛ یک یادآوری مختصر از استفاده از خط فرمان و همه گزینه های موجود چاپ کنید.
--height_relent_all
ارتفاع کل = آنتروپی نسبی (معروف به محتوای اطلاعاتی)؛ به همه حروف a داده می شود
قد مثبت (پیش فرض)
--height_relent_bovebg
ارتفاع کل = آنتروپی نسبی (معروف به محتوای اطلاعاتی)؛ فقط حروف با بالا
احتمال پس زمینه ارتفاع مثبت داده می شود.
--height_score
قد کل = مجموع نمرات حروف دارای امتیاز مثبت. ارتفاع حرف بستگی دارد
نمره آن نامه در آن موقعیت. فقط حروف با پس زمینه بالا
احتمال (امتیاز مثبت) ارتفاع مثبت داده می شود. (توجه داشته باشید که فقط نامه
ارتفاع معنادار است - ارتفاع پشته معنای ذاتی ندارد).
--no_indel
جدول احتمال indel را چاپ نکنید.
با استفاده از خدمات onworks.net از hmmlogo به صورت آنلاین استفاده کنید
