این دستور hmmpgmd است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
hmmpgmd - شبح برای جستجوی یک پرس و جو پروتئین در برابر یک پایگاه داده پروتئین
خلاصه
hmmpgmd [گزینه ها]
شرح
La hmmpgmd برنامه دیمونی است که ما به صورت داخلی برای وب سرور hmmer.org استفاده می کنیم و
اساساً در مقابل برنامه های جستجوی پروتئین قرار می گیرد phmmer, hmmsearchو hmmscan.
برای استفاده hmmpgmd، ابتدا یک نمونه باید به عنوان یک راه اندازی شود استاد سرور، و ارائه شده است
حداقل یکی از a دنباله پایگاه داده (با استفاده از -- seqdb پرچم) و/یا یک HMM پایگاه داده (استفاده كردن
la --hmmdb پرچم). یک پایگاه داده توالی باید در قالب hmmpgmd باشد که ممکن است باشد
تولید شده با استفاده از esl-reformat. یک پایگاه داده HMM به شکلی است که توسط hmmbuild.
پایگاه داده(های) ورودی توسط Master در حافظه بارگذاری می شود. وقتی استاد تمام شد
با بارگذاری پایگاه داده(ها)، خط را چاپ می کند: "داده ها در حافظه بارگذاری شده اند. Master آماده است."
تنها پس از آماده شدن استاد، یک یا چند نمونه از hmmpgmd ممکن است به عنوان کارگر راه اندازی شود.
این کارگران ممکن است (و معمولاً هستند) روی ماشین‌های متفاوتی از Master باشند، اما باید
دسترسی به فایل(های) پایگاه داده یکسان ارائه شده به استاد، با همان مسیر داشته باشید. مانند
با master، هر کارگر پایگاه داده(های) را در حافظه بارگذاری می کند و تکمیل را نشان می دهد
با چاپ: "داده ها در حافظه بارگذاری شده اند. کارگر آماده است."
انتظار می رود سرور اصلی و کارگران همچنان در حال اجرا باشند. سپس یک یا چند مشتری
به استاد متصل شوید و احتمالاً سؤالات زیادی ارسال کنید. استاد کار را توزیع می کند
یک پرس و جو در میان کارگران، جمع آوری نتایج، و ادغام آنها قبل از پاسخ به
مشتری. دو نمونه برنامه مشتری در دایرکتوری HMMER3.1 src گنجانده شده است - C
برنامه hmmc2 و اسکریپت پرل hmmpgmd_client_example.pl. اینها به عنوان در نظر گرفته شده است
فقط به عنوان مثال، و باید در صورت لزوم برای رفع نیازهای شما گسترش یابد.
یک پرس و جو از مشتری به عنوان یک رشته کاراکتر به استاد ارسال می شود. پرس و جو ممکن است باشد
نوعی که به طور معمول توسط آن اداره می شود phmmer (توالی پروتئین در مقابل پایگاه داده پروتئین)،
hmmsearch (پرس و جو پروتئین HMM در مقابل پایگاه داده پروتئین)، یا hmmscan (پرس و جو پروتئین در مقابل پروتئین
پایگاه داده HMM).
شکل کلی پرس و جو مشتری این است که با یک خط فرم شروع شود @[گزینه ها],
به دنبال آن چند خط متن نشان دهنده پرس و جوی HMM یا با فرمت سریع است
توالی. خط نهایی هر پرس و جو جداکننده است //.
به عنوان مثال، برای انجام یک phmmer جستجوی یک توالی در برابر پایگاه داده توالی را تایپ کنید
فایل، خط اول از فرم است @--seqdb 1، سپس دنباله پرس و جو با فرمت سریع
با خط سرصفحه شروع می شود > نام توالی، به دنبال یک یا چند خط دنباله ای،
و در نهایت بسته شدن //.
برای انجام یک hmmsearch جستجو را تایپ کنید، دنباله پرس و جو با متن کامل a جایگزین می شود
پرس و جو با فرمت HMMER HMM.
برای انجام یک hmmscan جستجو را تایپ کنید، متن با متن مطابقت دارد phmmer جستجو را تایپ کنید، به جز
که خط اول به آن تغییر می کند @--hmmdb 1.
در فایل پایگاه داده توالی با فرمت hmmpgmd، هر دنباله را می توان با یکی مرتبط کرد
یا پایگاه های فرعی بیشتر را -- seqdb flag نشان می دهد که کدام یک از این پایگاه های داده فرعی خواهد بود
پرس و جو شد. قالب پایگاه داده HMM از پایگاه های داده فرعی پشتیبانی نمی کند.
نتیجه هر پرس و جو یک ساختار داده غیرمستند در قالب باینری است. در آینده
داده ها در یک ساختار سریالی مناسب بازگردانده می شوند، اما در حال حاضر، نیاز است
بسته بندی دقیق در مشتری مشتریان مثال نشان می دهد که چگونه این کار انجام می شود.
OPTIONS
-h کمک؛ یک یادآوری مختصر از استفاده از خط فرمان و همه گزینه های موجود چاپ کنید.
EXPERT OPTIONS
--استاد
به عنوان سرور اصلی اجرا شود.
--کارگر
به عنوان کارگر اجرا شود و به سرور اصلی که روی آدرس IP در حال اجراست متصل شود .
--اهریمن، دیو
با استفاده از فایل پیکربندی: /etc/hmmpgmd.conf به صورت دیمون اجرا شود
--cport
پورتی که برای ارتباط بین کلاینت ها و سرور اصلی استفاده می شود. پیشفرض
51371 است
-- wport
پورتی که برای ارتباط بین کارگران و سرور اصلی استفاده می شود. پیشفرض
51372 است
--ccncts
حداکثر تعداد اتصالات مشتری برای پذیرش. پیش فرض 16 است.
--wcncts
حداکثر تعداد اتصالات کارگری برای پذیرش. پیش فرض 32 است.
-پید
نام فایلی که شناسه فرآیند در آن نوشته خواهد شد.
-- seqdb
نام فایل (با فرمت hmmpgmd) حاوی توالی پروتئین. مطالب از
این فایل برای جستجو در کش ذخیره می شود.
--hmmdb
نام فایل حاوی پروتئین HMM. محتویات این فایل در کش ذخیره می شود
برای جستجوها
--cpu
تعداد رشته های موازی مورد استفاده (برای --کارگر ).
با استفاده از خدمات onworks.net از hmmpgmd به صورت آنلاین استفاده کنید
