انگلیسیفرانسویاسپانیایی

Ad


فاویکون OnWorks

idba_hybrid - آنلاین در ابر

idba_hybrid را در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks از طریق Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا کنید.

این دستور idba_hybrid است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.

برنامه:

نام


idba_hybrid - Iterative de Bruijn Graph Assembler برای داده های توالی یابی ترکیبی

خلاصه


idba_hybrid -r خواندن.فا -o output_dir [--مرجع ref.fa]

شرح


IDBA-Tran یک اسمبلر خواندن کوتاه De Bruijn Graph De Novo برای رونوشت است.
این مونتاژ کننده کاملاً de novo است که فقط بر اساس توالی یابی RNA خوانده می شود. IDBA-Tran از محلی استفاده می کند
مونتاژ برای بازسازی k-mer های گمشده در رونوشت های کم بیان و سپس به کارگیری
برش پیشرونده روی contigs برای جدا کردن نمودار به اجزا. هر جزء
در بیشتر موارد مربوط به یک ژن است و رونوشت های زیادی را شامل نمی شود. یک اکتشافی
سپس از الگوریتم مبتنی بر خواندن های جفتی برای یافتن ایزوفرم ها استفاده می شود.

OPTIONS


-o, -- خارج ارگ (=خارج)
دایرکتوری خروجی

-r, --خواندن ارگ
فایل خواندن سریع (<=128)

--read_level_2 ارگ
جفت دار فستا را برای داربست های سطح دوم می خواند

--read_level_3 ارگ
جفت دار فستا را برای داربست های سطح سوم می خواند

--read_level_4 ارگ
جفت دار فستا را برای داربست های سطح چهارم می خواند

--read_level_5 ارگ
جفتی برای داربست های سطح پنجم فستا می خواند

-l, --long_read ارگ
فایل خواندنی سریع سریع (> 128)

--مرجع ارگ
ژنوم مرجع

-- راسو arg (=20)
حداقل مقدار k (<=124)

-- حداکثر arg (=100)
حداکثر مقدار k (<=124)

--گام arg (=20)
افزایش k-mer هر تکرار

--inner_mink arg (=10)
حداقل مقدار k داخلی

--inner_step arg (=5)
افزایش داخلی k-mer

-- پیشوند arg (=3)
طول پیشوند برای ساخت جدول زیر k-mer استفاده می شود

--min_count arg (=2)
حداقل تعدد برای فیلتر کردن k-mer هنگام ساخت نمودار

--min_support arg (=1)
حداقل پشتیبانی در هر تکرار

--num_threads arg (=0)
تعداد رشته ها

--seed_kmer arg (=30)
اندازه کیلومتر بذر برای هم ترازی

--min_contig arg (=200)
حداقل اندازه contig

--min_region arg (=500)
حداقل اندازه منطقه در ژنوم مرجع

--مشابه arg (=0.95)
شباهت برای هم ترازی

--max_mismatch arg (=3)
حداکثر عدم تطابق تصحیح خطا

--min_pairs arg (=3)
حداقل تعداد جفت

--max_gap arg (=50)
حداکثر شکاف در مرجع

--no_local
از مونتاژ محلی استفاده نکنید

--بدون پوشش
در مورد پوشش تکراری نکنید

--no_correct
اصلاح انجام نده

--pre_correction
قبل از مونتاژ اصلاحات اولیه را انجام دهید

از idba_hybrid به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید


سرورها و ایستگاه های کاری رایگان

دانلود برنامه های ویندوز و لینوکس

  • 1
    AstrOrzPlayer
    AstrOrzPlayer
    AstrOrz Player یک پخش کننده رسانه رایگان است
    نرم افزار، بخشی مبتنی بر WMP و VLC. این
    پخش کننده به سبک مینیمالیستی است، با
    بیش از ده رنگ تم، و همچنین می توانید
    ب ...
    AstrOrzPlayer را دانلود کنید
  • 2
    movistartv
    movistartv
    Kodi Movistar+ TV بدون ADDON برای XBMC/
    Kodi que Permite disponer de un
    رمزگشایی خدمات IPTV
    Movistar integrado en uno de los
    مراکز رسانه ای ما...
    دانلود movistartv
  • 3
    کد :: بلوک
    کد :: بلوک
    کد::Blocks یک منبع باز و رایگان است،
    کراس پلتفرم C، C++ و Fortran IDE
    ساخته شده برای پاسخگویی به بیشترین نیازها
    از کاربران آن بسیار طراحی شده است
    تمدید می کند ...
    کد دانلود::Blocks
  • 4
    در میان
    در میان
    در میان یا رابط پیشرفته Minecraft
    و Data/Structure Tracking ابزاری برای
    نمای کلی یک Minecraft را نمایش دهید
    جهان، بدون اینکه واقعاً آن را ایجاد کند. آی تی
    می توان ...
    دانلود در میان
  • 5
    MSYS2
    MSYS2
    MSYS2 مجموعه ای از ابزارها و
    کتابخانه ها به شما یک
    محیطی با کاربری آسان برای ساختمان،
    نصب و اجرای ویندوز بومی
    نرم افزار. باعث می شود ...
    MSYS2 را دانلود کنید
  • 6
    libjpeg-turbo
    libjpeg-turbo
    libjpeg-turbo یک کدک تصویر JPEG است
    که از دستورالعمل های SIMD (MMX، SSE2،
    NEON، AltiVec) برای تسریع خط پایه
    فشرده سازی JPEG و رفع فشرده سازی روشن است
    x86، x8...
    دانلود libjpeg-turbo
  • بیشتر "

دستورات لینوکس

  • 1
    ابی ردیاب
    ابی ردیاب
    abi-tracker - تغییرات ABI را تجسم کنید
    جدول زمانی یک کتابخانه نرم افزار C/C++.
    توضیحات: نام: ABI Tracker
    (abi-tracker) تغییرات ABI را تجسم کنید
    جدول زمانی C/C+...
    abi-tracker را اجرا کنید
  • 2
    ابی چک
    ابی چک
    abicheck - باینری های برنامه را بررسی کنید
    برای تماس با نمادهای خصوصی یا در حال تحول
    در کتابخانه ها و برای پیوند استاتیک از
    برخی از کتابخانه های سیستم ...
    abicheck را اجرا کنید
  • 3
    couriermlm
    couriermlm
    couriermlm - لیست پستی پیک
    مدیر ...
    couriermlm را اجرا کنید
  • 4
    couriertcpd
    couriertcpd
    couriertcpd - سرور پست الکترونیکی پیک
    دیمون سرور TCP ...
    couriertcpd را اجرا کنید
  • 5
    gbklatex
    gbklatex
    bg5latex - از LaTeX به طور مستقیم در Big5 استفاده کنید
    فایل encodedtex bg5pdflatex - استفاده کنید
    pdfLaTeX به طور مستقیم در Big5 encodedtex
    فایل bg5+latex - از LaTeX مستقیماً روی a استفاده کنید
    Big5+...
    gbklatex را اجرا کنید
  • 6
    gbkpdflatex
    gbkpdflatex
    bg5latex - از LaTeX به طور مستقیم در Big5 استفاده کنید
    فایل encodedtex bg5pdflatex - استفاده کنید
    pdfLaTeX به طور مستقیم در Big5 encodedtex
    فایل bg5+latex - از LaTeX مستقیماً روی a استفاده کنید
    Big5+...
    gbkpdflatex را اجرا کنید
  • بیشتر "

Ad