پاک نشدنی - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

غیر قابل حذف - شبیه ساز قدرتمند و انعطاف پذیر تکامل بیولوژیکی

خلاصه

قابل خواندن نیست

هیچ گزینه ای را نمی توان از طریق خط فرمان منتقل کرد.

شرح

قابل خواندن نیست می تواند تکامل نوکلئوتیدهای چندپارتیشن، آمینو اسید یا کدون را شبیه سازی کند
مجموعه داده ها از طریق فرآیندهای درج، حذف و جایگزینی به طور مداوم
زمان. همه مدل های تکاملی رایج پشتیبانی می شوند.

مستندات کامل برای قابل خواندن نیست تحت موجود است
/usr/share/doc/indelible/help/index.html.

پیکربندی

قابل خواندن نیست تنظیمات اجرای شبیه سازی را از فایلی به نام می خواند control.txt در
پوشه کنونی. فایل به بلوک‌هایی تقسیم می‌شود که هر بلوک یکی را کنترل می‌کند
جنبه خاص شبیه سازی بلوک ها ممکن است حاوی بلوک های فرعی بیشتری باشند. نظرات می تواند
به سبک C یا C++ داده شود. اگر قابل خواندن نیست بدون وجود فایل کنترلی اجرا می شود
فایل نمونه تولید می شود.

[نوع] نوع
هر فایل کنترلی باید با یک شروع شود TYPE مسدود کردن. انواع ممکن است نوکلئوتید,
آمینو اسیدو CODON.

[تنظیمات]
این بلوک ترجیحات غیر ضروری کاربر مانند انواع فایل های خروجی و
فرمت‌ها، دانه‌ها برای مولد اعداد تصادفی، و اینکه آیا باید خروجی به تفصیل ارائه شود
گزارش.

[مدل] نام مدل
این بلوک یک مدل تکاملی جدید را شروع می کند تا برای شبیه سازی استفاده شود. در
پارامترهای خاص از جمله مدل‌های جایگزینی، نرخ‌های indel و محل کدون
مدل ها از طریق مدل های فرعی کنترل می شوند. نام مدل می تواند هر نامی به دلخواه شما باشد

[درخت] نام درخت نیویک
این بلوک برای تعیین درخت راهنما با نام داده شده استفاده می شود نام درخت.
فواصل تکاملی به عنوان طول شاخه برای درخت در نشان داده می شود نیویک
فرمت.

[شاخه ها]
این بلوک ها برای شبیه سازی فرآیندهای غیر ثابت و غیر همگن استفاده می شوند.
مدل های مختلف را می توان در شاخه های مختلف درخت راهنما مشخص کرد
شاخه ها دارای مدل های مختلف جایگزینی، توزیع طول ایندل، نرخ هستند
ناهمگونی، ترکیب پایه و غیره

[پارتیشن ها] نام پارتیشن
در طول هر اجرا می توان پارتیشن های توالی متعددی را شبیه سازی کرد. برای هر پارتیشن
درخت راهنما، مدل تکاملی و طول توالی باید مشخص شود.

[تکامل یابد]
در این بلوک ممکن است چندین کپی از یک پارتیشن تولید شود.

کپی رایت

حق چاپ © 2010 مجوز ویلیام فلچر GPLv3+: GNU GPL نسخه 3 یا بالاتر.
این نرم افزار رایگان است: شما می توانید آن را تغییر دهید و دوباره توزیع کنید. هیچ گارانتی وجود ندارد،
در حد مجاز قانون. متن کامل مجوز در دسترس است
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.

قدردانی

ویلیام فلچر و زینگ یانگ (2009). INDELible: شبیه ساز انعطاف پذیر بیولوژیکی
تکامل توالی، مولکولی زیست شناسی و تکامل 26(8): 1879-1888.

با استفاده از سرویس‌های onworks.net از غیر قابل حذف آنلاین استفاده کنید