این دستور indexdb_rna است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
indexdb_rna - ابزاری برای فیلتر کردن، نقشه برداری و برداشتن OTU خواندن NGS (indexdb)
خلاصه
indexdb_rna --مرجع db.fasta,db.idx [گزینه ها]
شرح
SortMeRNA یک ابزار تجزیه و تحلیل توالی بیولوژیکی برای فیلتر کردن، نقشه برداری و برداشت OTU است
NGS می خواند. الگوریتم هسته بر اساس تخمه های تقریبی است و اجازه می دهد تا سریع و
تجزیه و تحلیل حساس توالی های نوکلئوتیدی کاربرد اصلی SortMeRNA فیلتر کردن است
rRNA از داده های متاترانسکریپتومی. برنامه های کاربردی دیگر شامل OTU-picking و
تخصیص طبقه بندی در دسترس از طریق QIIME نسخه 1.9+ (http://qiime.org - نسخه 1.9.0-rc1).
SortMeRNA یک فایل خوانده شده (قالب سریع یا سریع) و یک یا چند rRNA را به عنوان ورودی می گیرد
فایل(های) پایگاه داده، و rRNA و خوانده های رد شده را در دو فایل مشخص شده توسط
کاربر. به صورت اختیاری، می‌تواند هم‌ترازی‌های محلی با کیفیت بالا برای خواندن rRNA در برابر آن فراهم کند
پایگاه داده rRNA SortMeRNA با داده های Illumina، 454، Ion Torrent و PacBio کار می کند و می تواند
ترازهای SAM و BLAST مانند را تولید می کند.
OPTIONS
اجباری OPTIONS
--مرجع STRING، STRING
فایل مرجع FASTA، فایل فهرست
مثال:
--مرجع /path/to/file1.fasta,/path/to/index1
در صورت ارسال چندین فایل توالی مرجع، آنها را با ":" جدا کنید.
مثال:
--مرجع /path/f1.fasta,/path/index1:/path/f2.fasta,path/index2
اختیاری OPTIONS
--سریع بول
گزینه پیشنهادی برای تراز کردن ~99٪ گونه های مرتبط (پیش فرض: خاموش)
--حساس بول
گزینه پیشنهادی برای تراز کردن ~75-98٪ گونه های مرتبط (پیش فرض: روشن)
--tmpdir STRING
دایرکتوری که در آن می توان فایل های موقت را نوشت
-m INT مقدار حافظه (به مگابیت) برای ساخت ایندکس (پیش‌فرض: 3072)
-L INT طول بذر (پیش‌فرض: 18)
--max_pos INT
حداکثر تعداد موقعیت ها برای ذخیره برای هر L-mer منحصر به فرد (پیش فرض: 10000، تنظیم
--max_pos 0 همه موقعیت ها را ذخیره می کند)
-v بول
واژگان
-h بول
کمک
از indexdb_rna به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
