این دستور kmer-mask است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
kmer-mask - مجموعه ای از توالی های نوکلئوتیدی ماسک و فیلتر بر اساس محتوای کیلومترر
خلاصه
ماسک کیلومتر {-رمان|-تایید شده} [-mdb پایگاه داده mer] [-اماس سایز بزرگ] [-edb وجود-پایگاه داده] [-m
اندازه کوچک] [-e گسترش اندازه] [-آستانه پایین l] [-آستانه بالا h] [-t موضوعات] [-v] [-h
هیستوگرام] [-ترویج|- تنزل دادن|- دور انداختن] -1 in.1.fastq [-2 in.2.fastq] -o خروجی-پیشوند
شرح
مجموعه‌ای از توالی‌ها (که فرض می‌شود خوانده می‌شوند) را بر اساس محتوای kmer ماسک و فیلتر کنید. نقاب می تواند باشد
برای حفظ توالی جدید در پایگاه داده، یا برای حفظ توالی تایید شده موجود انجام می شود
در پایگاه داده فیلتر کردن توالی ها را به طور کامل، جزئی یا بدون ماسک جدا می کند.
OPTIONS
-mdb پایگاه داده mer
بارگیری کیلومترهای پوشش از مریل(1) پایگاه داده mer
-اماس سایز بزرگ
-edb وجود-پایگاه داده
صرفه جویی در masking kmers به وجود دی بی(1) فایل وجود-پایگاه داده برای راه اندازی مجدد سریعتر
-1 in.1.fastq
-2 in.2.fastq
ورودی فایل ها را با فرمت fastq، fastq.gz، fastq.bz2 یا fastq.xz می خواند. دوم این است
اختیاری است، اما در صورت عدم وجود، طبقه بندی خروجی را به هم می زند.
-o خارج
پیشوند برای خواندن خروجی
خارج.کاملا نقابدار.[12].fastq
با حفظ پایه های «پایین آستانه» زیر خوانده می شود
خارج.جزئی نقابدار.[12].fastq
در بین می خواند
خارج.حفظ.[12].fastq
خواندن با بیش از پایه های "Hightreshold" حفظ شده است
خارج.دفع.[12].fastq
با وضعیت متناقض خوانده می شود
-m اندازه کوچک
نادیده گرفتن بازدیدهای پایگاه داده زیر این تعداد کیلومتر متوالی (0)
-e گسترش اندازه
گسترش بازدیدهای پایگاه داده در این بسیاری از کیلومترهای گمشده (0)
-رمان RETAIN دنباله جدید در پایگاه داده وجود ندارد
-تایید شده
دنباله تایید شده موجود در پایگاه داده را حفظ کنید
-ترویج
خوانده شده کمتر RETAINED را به وضعیت خوانده شده بیشتر RETAINED ارتقا دهید
read1=fullymasked و read2=partiallymasked -> هر دو تا حدی ماسک شده اند
- تنزل دادن
خوانده شده بیشتر RETAINED را به وضعیت خوانده شده کمتر RETAINED تنزل دهید
read1=fullymasked و read2=partiallymasked -> هر دو کاملاً ماسک شده اند
- دور انداختن
جفت‌های دارای وضعیت متضاد (پیش‌فرض) را کنار بگذارید read1=کاملاً ماسک شده و
read2=partiallymasked -> هر دو کنار گذاشته می شوند
آمار on stderr، عدد of توالی با مقدار حفظ شده:
-آستانه پایین t
(0.3333)
-آستانه بالا t
(0.6667)
-h هیستوگرام
یک هیستوگرام از مقدار توالی RETAINED بنویسید
-t t استفاده کنید t رشته ها را محاسبه کنید
-v پیشرفت را نشان دهد
با استفاده از خدمات onworks.net به صورت آنلاین از kmer-mask استفاده کنید
