این دستور locuspocus است که می تواند در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
locuspocus - مختصات مکان را برای حاشیه نویسی ژن داده شده محاسبه کنید
خلاصه
لوکوسپوکوس [گزینه های] gff3file1 [gff3file2 gff3file3 ...]
شرح
گزینه های اساسی:
-d|--اشکال زدایی
چاپ پیام های اشکال زدایی دقیق در ترمینال (خطای استاندارد)
-h|--کمک
این پیام راهنما را چاپ کنید و خارج شوید
-v|--نسخه
شماره نسخه را چاپ کنید و خارج شوید
تجزیه iLocus:
-l|--دلتا: INT
هنگام تجزیه جایگاه های بازه ای، از دلتای زیر برای گسترش جایگاه های ژنی و گنجاندن آنها استفاده کنید
مناطق نظارتی بالقوه؛ پیش فرض 500 است
-s|--پرداخت
هنگام برشمردن مکان های بازه ای، بدون حاشیه (و احتمالاً ناقص) را حذف کنید.
iLoci در هر دو انتهای دنباله
-e|--endsonly
فقط قطعات iLocus ناقص را در انتهای بدون حاشیه توالی گزارش کنید
(مکمل از -- می گذرد)
-y|--skipiiloci
iLoci بین ژنی را گزارش نکنید
گزینه های اصلاح:
-r|--پالایش
به‌طور پیش‌فرض ژن‌ها در صورت همپوشانی در همان iLocus گروه‌بندی می‌شوند. 'پالودن'
حالت امکان مدیریت دقیق تری از ژن های همپوشانی را فراهم می کند
-c|--CD
استفاده از CDS به جای UTR برای تعیین همپوشانی ژن. به حالت "تصفیه" دلالت دارد
-m|--minoverlap: INT
حداقل تعداد نوکلئوتید دو ژن باید همپوشانی داشته باشند تا در یک گروه قرار گیرند
iLocus; پیش فرض 1 است
گزینه های خروجی:
-n|--namefmt: STR
یک رشته فرمت به سبک printf برای لغو قالب پیش‌فرض شناسه جدید ارائه کنید
مکان های ایجاد شده پیش‌فرض «locus%lu» (locus1، locus2، و غیره) برای مکان‌ها و «iLocus%lu» است
(iLocus1، iLocus2، و غیره) برای مکان فاصله. توجه داشته باشید رشته فرمت باید شامل a باشد
مشخص کننده واحد %lu که باید با یک عدد صحیح بدون علامت بلند پر شود
-i|--ilens: FILE
یک فایل با طول هر iLocus بین ژنی ایجاد کنید
-g|--genemap: FILE
یک نقشه برداری از هر یک از حاشیه نویسی ژن به مکان متناظر آن با داده شده چاپ کنید
پرونده
-o|--outfile: FILE
نام فایلی که نتایج روی آن نوشته خواهد شد. پیش فرض ترمینال است (استاندارد
خروجی)
-T|-- retainids
حفظ شناسه ویژگی اصلی از فایل های ورودی. در صورت ورودی تضاد ایجاد می شود
حاوی مقادیر ID تکراری است
-t|--transmap: FILE
یک نقشه برداری از هر حاشیه نویسی رونوشت به مکان متناظر آن در
فایل داده شده
-V|--پرواژه
شامل تمام ویژگی های فرعی مکان (ژن ها، RNA ها و غیره) در خروجی GFF3. پیش فرض
فقط شامل ویژگی های مکان است
گزینه های ورودی:
-f|--فیلتر: TYPE
لیستی از انواع ویژگی های جدا شده با کاما برای استفاده در ساختن جایگاه/iLoci. پیش فرض است
"ژن"
-p|--والد: CT:PT
اگر یک ویژگی از نوع $CT بدون والد وجود دارد، یک والد برای این ویژگی ایجاد کنید
با نوع $PT؛ به عنوان مثال، mRNA:gene یک ویژگی ژنی را به عنوان والد ایجاد می کند
هر ویژگی mRNA سطح بالا؛ این گزینه را می توان چندین بار مشخص کرد
-u|--شبه
کاذب هایی که به اشتباه برچسب گذاری شده اند را تصحیح کنید
از locuspocus به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
