macs2_bdgdiff - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

macs2_bdgdiff - تجزیه و تحلیل مبتنی بر مدل برای چیپ-توالی

شرح

استفاده: macs2 bdgdiff [-h] --t1 T1BDG --t2 T2BDG --c1 C1BDG --c2 C2BDG

[-C CUTOFF] [-l MINLEN] [-g MAXGAP] [--d1 DEPTH1]
[--d2 DEPTH2] [--outdir OUTDIR] (--o-پیشوند OPREFIX | -o OFILE OFILE OFILE)

اختیاری استدلال ها:
-h, --کمک
این پیام راهنما را نشان داده و خارج شوید

--t1 T1BDG
MACS pileup bedGraph برای شرایط 1. ناسازگار با callpeak --SPMR خروجی.
مورد نیاز

--t2 T2BDG
MACS pileup bedGraph برای شرایط 2. ناسازگار با callpeak --SPMR خروجی.
مورد نیاز

--c1 C1BDG
نشانگر بستر لامبدا کنترل MACS برای شرایط 1. ناسازگار با callpeak --SPMR
خروجی ضروری

--c2 C2BDG
نشانگر بستر لامبدا کنترل MACS برای شرایط 2. ناسازگار با callpeak --SPMR
خروجی ضروری

-C قطع، -- قطع قطع
قطع logLR. پیش فرض: 3 (نسبت احتمال = 1000)

-l مینلن، --min-len مینلن
حداقل طول منطقه دیفرانسیل. برای حذف مناطق کوچک، مقدار بیشتری را امتحان کنید.
پیش فرض: 200

-g MAXGAP، -- حداکثر شکاف MAXGAP
حداکثر فاصله برای ادغام مناطق دیفرانسیل نزدیک. شکاف گسترده تری را برای گسترده در نظر بگیرید
نشانه ها حداکثر فاصله باید کمتر از حداقل طول باشد (-g). پیش فرض: 100

--d1 عمق 1، -- عمق 1 عمق 1
عمق توالی (# قرائت غیر زائد به میلیون) برای شرط 1. این خواهد بود
همراه با استفاده می شود --d2. توضیحات را ببینید --d2 در زیر برای نحوه اختصاص آنها.
پیش فرض: 1

--d2 عمق 2، -- عمق 2 عمق 2
عمق توالی (# قرائت غیر زائد به میلیون) برای شرط 2. این خواهد بود
همراه با استفاده می شود --d1. برای محاسبه مقیاس بندی از DEPTH1 و DEPTH2 استفاده می شود
فاکتور برای هر نمونه، برای کاهش مقیاس نمونه بزرگتر به سطح نمونه کوچکتر.
به عنوان مثال، هنگام مقایسه 10 میلیون شرط 1 و 20 میلیون شرط 2، استفاده کنید
--d1 10 --d2 20، سپس مقدار pileup در bedGraph برای شرط 2 بر تقسیم می شود
2. پیش فرض: 1

-- outdir OUTDIR
در صورت مشخص شدن تمام فایل های خروجی در آن دایرکتوری نوشته می شود. پیش فرض:
فهرست کار فعلی

--o-پیشوند OPREFIX
پیشوند فایل خروجی فایل های واقعی به عنوان PREFIX_cond1.bed نامگذاری می شوند،
PREFIX_cond2.bed و PREFIX_common.bed. متقابل منحصر به فرد با -o/--فایل.

-o OFILE OFILE OFILE, -- فایل OFILE OFILE OFILE
نام فایل های خروجی باید به ترتیب سه آرگومان ارائه شود: 1. فایل برای مناطق منحصر به فرد در
شرط 1; 2. فایل برای مناطق منحصر به فرد در شرایط 2. 3. فایل برای مناطق مشترک
در هر دو شرایط توجه: متقابل با --o-پیشوند.

از macs2_bdgdiff به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید