این دستور matchere است که می تواند در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
تطبیق - تراز محلی Waterman-Eggert از دو دنباله
خلاصه
کبریت - توالی دنباله -توالی دنباله [-فایل اطلاعات ماتریس] [-جایگزین، گزینه ها عدد صحیح]
[-گپاپن عدد صحیح] [-gapextend عدد صحیح] -outfile تراز
کبریت -کمک
شرح
کبریت یک برنامه خط فرمان از EMBOSS ("European Molecular Biology Open
بسته نرم افزاری"). این بخشی از گروه(های) فرمان "Alignment:Local" است.
OPTIONS
ورودی بخش
- توالی دنباله
-توالی دنباله
-فایل اطلاعات ماتریس
این فایل ماتریس امتیازدهی است که هنگام مقایسه توالی ها استفاده می شود. به طور پیش فرض آن است
فایل "EBLOSUM62" (برای پروتئین ها) یا فایل "EDNAFULL" (برای توالی های نوکلئیک). اینها
فایل‌ها در فهرست «داده» نصب EMBOSS یافت می‌شوند.
اضافی بخش
-جایگزین، گزینه ها عدد صحیح
این تعداد خروجی مسابقات جایگزین را تنظیم می کند. به طور پیش فرض فقط بالاترین
تراز امتیازدهی نشان داده شده است. مقدار 2 ترازهای معقول دیگری را به شما می دهد. که در
برخی از موارد، به عنوان مثال پروتئین های چند دامنه ای cDNA و مقایسه DNA ژنومی،
ممکن است ترازهای جالب و قابل توجه دیگری نیز وجود داشته باشد. مقدار پیش فرض: 1
-گپاپن عدد صحیح
پنالتی فاصله امتیازی است که هنگام ایجاد شکاف حذف می شود. بهترین ارزش بستگی دارد
در انتخاب ماتریس مقایسه مقدار پیش‌فرض 14 فرض می‌کند که شما از آن استفاده می‌کنید
ماتریس EBLOSUM62 برای توالی پروتئین، یا مقدار 16 و ماتریس EDNAFULL برای
توالی های نوکلئوتیدی مقدار پیش‌فرض: @($(acdprotein)؟ 14 : 16)
-gapextend عدد صحیح
جریمه طول شکاف یا افزایش فاصله به جریمه استاندارد شکاف اضافه می شود
هر پایه یا باقی مانده در شکاف. به این ترتیب فاصله های طولانی جریمه می شوند. معمولا شما این کار را خواهید کرد
انتظار می رود چند شکاف طولانی به جای بسیاری از شکاف های کوتاه، بنابراین جریمه افزایش شکاف
باید کمتر از جریمه فاصله باشد. یک استثنا در جایی است که یک یا هر دو دنباله باشند
خواندن های تکی با خطاهای احتمالی توالی در آن صورت شما انتظار بسیاری از آن ها را دارید
شکاف های تک پایه شما می توانید این نتیجه را با قرار دادن جریمه شکاف روی صفر (یا خیلی زیاد) به دست آورید
کم) و استفاده از جریمه افزایش فاصله برای کنترل امتیازدهی فاصله. مقدار پیش فرض:
@($(acdprotein)؟ 4 : 4)
تولید بخش
-outfile تراز
با استفاده از خدمات onworks.net از matchere به صورت آنلاین استفاده کنید
