mauveAligner - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

mauveAligner - ساخت موثر ترازهای ژنومی متعدد

خلاصه

mauveAligner [گزینه‌ها] ...
نام فایل>

شرح

الگوریتم های تراز mauveAligner و progressiveMauve به صورت پیاده سازی شده اند
برنامه های خط فرمان همراه با نرم افزار قابل دانلود Mauve. هنگام اجرا از
خط فرمان، این برنامه ها گزینه هایی را ارائه می دهند که هنوز در رابط گرافیکی موجود نیستند.

OPTIONS

--خروجی=نام فایل خروجی.
به طور پیش فرض روی صفحه چاپ می شود

-- مامان ها فقط MUM ها را پیدا کنید، سعی نکنید بلوک های هم خطی محلی (LCB) را تعیین کنید.

-- بدون بازگشت شناسایی لنگر بازگشتی را انجام ندهید (به این معنی است
---no-gapped-alignment)

--بدون-lcb-پسوند در صورت تعیین LCB، سعی نکنید LCB ها را گسترش دهید

--seed-size=اندازه اولیه تطابق دانه، پیش‌فرض log_2 است (طول متوالی متوسط)

--max-extension-iterations=برنامه های افزودنی LCB را به این تعداد تلاش محدود کنید،
پیش فرض 4 است

-حذف-شامل ها موارد مرتبط را در مسابقات زیر مجموعه حذف کنید.

--وزن=حداقل وزن LCB در جفت پایه در هر دنباله

--match-input=به جای جستجوی موارد منطبق، از فایل مطابقت مشخص شده استفاده کنید

--lcb-match-input نشان می دهد که فایل ورودی مطابقت حاوی موارد منطبق است
در LCB ها دسته بندی شده اند

--lcb-input=به جای ساختن LCB از فایل lcb مشخص شده استفاده کنید (LCB را رد می کند
نسل)

--scratch-path=برای ژنوم های بزرگ، از دایرکتوری برای ذخیره داده های موقت استفاده کنید.
باید دو یا چند بار به با مسیرهای مختلف داده شود.

--id-matrix=آمار LCB را ایجاد کرده و آنها را در فایل مشخص شده بنویسید

--island-size=جزایر بزرگتر از عدد داده شده را پیدا کنید

--جزیره-خروجی=خروجی جزایر فایل داده شده (نیاز دارد - اندازه جزیره)

--backbone-size=امتداد ستون فقرات طولانی تر از تعداد bp داده شده را پیدا کنید

--max-backbone-gap=اجازه دهید ستون فقرات با شکاف هایی به این طول قطع شود
bp

--backbone-output=خروجی جزایر فایل داده شده (نیاز دارد - اندازه جزیره)

--coverage-output=خروجی یک لیست پوشش به فایل مشخص شده (- برای stdout)

--تکرار می کند یک نقشه تکراری ایجاد می کند. فقط یک دنباله را می توان مشخص کرد

--output-guide-tree=یک درخت راهنما برای فایل تعیین شده بنویسید

-- خطی فرض کنید دنباله های ورودی به صورت هم خطی هستند - آنها هیچ گونه بازآرایی ندارند

قطع شده هم ترازی کنترل:
---no-gapped-alignment تراز با شکاف را انجام ندهید

--max-gapped-aligner-length=حداکثر تعداد جفت پایه برای تلاش برای تراز کردن
تراز کننده شکاف دار

--min-recursive-gap-length=حداقل اندازه شکاف هایی که Mauve به صورت بازگشتی انجام می دهد
لنگر انداختن MUM روشن (پیش‌فرض 200 است)

امضاء شده جایگزینی ماتریس گزینه ها:
-- جایگشت-ماتریس-خروجی=LCB ها را به عنوان یک ماتریس جایگشت امضا شده بنویسید
فایل داده شده

-- جایگشت-ماتریس-min-weight=یک ماتریس جایگشت برای هر نوشته خواهد شد
مجموعه ای از LCB ها با وزن بین این مقدار و مقدار --وزن

هم ترازی تولید گزینه ها:
--alignment-output-dir=خروجی مجموعه ای از فایل های تراز (یکی در هر LCB) به a
دایرکتوری داده شده

--alignment-output-format=فرمت خروجی را انتخاب می کند --alignment-output-dir

--output-alignment=یک تراز با فرمت XMFA برای فایل تعیین شده بنویسید

فرمت های خروجی تراز پشتیبانی شده عبارتند از: phylip، clustal، msf، nexus، mega، codon

با استفاده از خدمات onworks.net از mauveAligner به صورت آنلاین استفاده کنید