mcmc_analysis - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

mcmc_analysis - تجزیه و تحلیل MCMC

خلاصه

mcmc_analysis [OPTIONS] MCMC-داده ...

شرح

این برنامه خروجی MCMC را از یک یا چند فایل از برنامه های موجود در BEEP می خواند
بسته بندی مهم است که ستون های مشابه در هر فایل ورودی وجود داشته باشد.

فرمت ورودی:
خروجی از تکرارهای MCMC در قالب

جایی که
لگاریتم احتمال در قالب شناور است
فضای خالی برگه ای است که فیلدها را از هم جدا می کند
یک عدد صحیح برای ترتیب تکرار است
لیستی از فیلدهایی است که با نقطه ویرگول از هم جدا شده اند و حاوی
پارامترهای MCMC

پارامترهای MCMC تایپ می شوند و با خط اول فایل نام گذاری می شوند.
که روی فرمت هست
# ال ن [ ( )]+
نام ها باید منحصر به فرد باشند، اما لازم نیست که باشند. در یکی هست
of
شناور
شناور شناور
عدد صحیح
درخت
جفت های ارتولوژی
و برای استنباط نحوه تجزیه و تحلیل بقیه خطوط استفاده می شود.

فرمت خروجی:
گزارشی در مورد اجرای MCMC، با برآوردهای بعدی پارامترها.

OPTIONS

-b [شناور|INT]
درصد (0 <= x <1)، یا تعداد (x عدد صحیح است >= 1) ورودی که باید باشد
به عنوان سوختگی دور انداخته می شود. پیش فرض: 0.1.

-p STRING
پارامتر نامگذاری شده را رسم کنید . خروجی دو ستون است، شماره تکرار و
مقدار پارامتر در تکرار

-i STRING
پارامتر نامگذاری شده را نادیده بگیرید. برای نام ستون ها به خط سرصفحه در خروجی MCMC مراجعه کنید. شما
می تواند چندین ستون را به طور همزمان با استفاده از یک فرمت محدود شده با کاما نامگذاری کند، (مثلا -i
طول، نام). هیچ فاصله ای بین نام ستون ها مجاز نیست.

-t خروجی لاتکس برای تجزیه و تحلیل.

-l تعداد نمونه ها را در فایل ورودی بشمارید و گزارش دهید.

-mp NT حداکثر تعداد امتیاز برای رسم.

-sp به صراحت نقاط را در نمودارها مشخص کنید.

-کودا فایل خروجی برای بسته CODA در R

-codatrees
همانند -coda، اما شامل پارامترهای درختی است. هر درخت به عنوان شناسه عدد صحیح خروجی می شود
(ترتیب بازدید به صورت زنجیره ای، 1,2،XNUMX،...). حتما از -i برای مخفی کردن درختان استفاده کنید
حاوی طول/زمان/نرخ.

-P زنجیر موازی این بدان معناست که چندین فایل از نمونه (موازی) فهرست شده است.

URL

صفحه اصلی prime-phylo: http://prime.sbc.su.se

از mcmc_analysis به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید