megablast - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

bl2seq، blast2، blastall، blastall_old، blastcl3، blastpgp، impala، megablast، rpsblast،
seedtop - ابزار اصلی جستجوی تراز محلی

خلاصه

bl2seq [-] [-A] [-D N] [-E N] [-F خ] [-G N] [-I "شروع متوقف کردن"] [-J "شروع متوقف کردن"] [-M خ]
[-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X] [-a نام فایل] [-d N] [-e X] [-g F] -i نام فایل
-j نام فایل [-m] [-o نام فایل] -p خ [-q N] [-r N] [-t N]

انفجار 2 [-] [-B N] [-D N] [-C x] [-E N] [-F خ] [-G N] [-H] [-I "شروع متوقف کردن"]
[-J "شروع متوقف کردن"] [-K N] [-L] [-M خ] [-N] [-P X] [-Q N] [-R] [-S N] [-T N] [-W N] [-X N]
[-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c] [-d خ] [-e X] [-f X] [-g] [-h N] [-i نام فایل]
[-j نام فایل] [-k خ] [-m N] [-n] [-o نام فایل] -p خ [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-u]
[-v N] [-w N] [-y N] [-z N]

بلاستال [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F خ] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L شروع پایان] [-M خ] [-O نام فایل] [-P N] [-Q N] [-R نام فایل] [-S] [-T] [-U] [-V]
[-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d خ] [-e X] [-f X] [-g F] [-i نام فایل]
[-l خ] [-m N] [-n] [-o نام فایل] -p خ [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X]
[-z X]

blastall_old [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F خ] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L شروع پایان] [-M خ] [-O نام فایل] [-P N] [-Q N] [-R نام فایل] [-S] [-T] [-U] [-W N]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d خ] [-e X] [-f X] [-g F] [-i نام فایل] [-l خ]
[-m N] [-n] [-o نام فایل] -p خ [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

blastcl3 [-] [-A N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F خ] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-L شروع پایان]
[-M خ] [-O نام فایل] [-Q N] [-R] [-S] [-T] [-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N]
[-b N] [-d خ] [-e X] [-f X] [-g F] [-i نام فایل] [-m N] [-n] [-o نام فایل] -p خ [-q N]
[-r N] [-s] [-t N] [-u خ] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

blastpgp [-] [-A N] [-B نام فایل] [-C نام فایل] [-E N] [-F T] [-G N] [-H N] [-I] [-J]
[-K N] [-L N] [-M خ] [-N X] [-O نام فایل] [-P N] [-Q نام فایل] [-R نام فایل] [-S N] [-T]
[-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c N] [-d خ] [-e X] [-f N] [-h X]
[-i نام فایل] [-j N] [-k نام فایل] [-l خ] [-m N] [-o نام فایل] [-p خ] [-q N] [-s]
[-t N[u]] [-u N] [-v N] [-y X] [-z N]

IMPALA [-] [-E N] [-F خ] [-G N] [-H] [-I] [-J] [-M خ] [-O نام فایل] [-P نام فایل]
[-a N] [-b N] [-c N] [-d خ] [-e X] [-h X] [-i نام فایل] [-j N] [-m N] [-o نام فایل]
[-v N] [-y X] [-z N]

مگابلاست [-] [-A N] [-D N] [-E N] [-F خ] [-G N] [-H N] [-I] [-J] [-L شروع پایان] [-M N]
[-N N] [-O نام فایل] [-P N] [-Q نام فایل] [-R] [-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X]
[-Z N] [-a N] [-b N] [-d خ] [-e X] [-f] [-g F] [-i نام فایل] [-l خ] [-m N] [-n]
[-o نام فایل] [-p X] [-q N] [-r N] [-t N] [-s N] [-v N] [-y N] [-z X]

rpsblast [-] [-F خ] [-I] [-J] [-L شروع پایان] [-N X] [-O نام فایل] [-P N] [-T] [-U]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] -d نام فایل [-e X] [-i نام فایل] [-l نام فایل] [-m N]
[-o نام فایل] [-p F] [-v N] [-y X] [-z N]

بالای بذر [-] [-C N] [-D N] [-E N] [-F] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-M خ] [-O نام فایل]
[-S N] [-X N] [-d خ] [-e X] [-f] [-i نام فایل] [-k نام فایل] [-o نام فایل] [-p خ]
[-q N] [-r N]

شرح

این صفحه راهنما به طور خلاصه دستورات را مستند می کند bl2seq, انفجار, بلاستال, blastcl3,
blastpgp, IMPALA, مگابلاست, rpsblastو بالای بذر. این دستورات مستند هستند
با هم چون گزینه های مشترک زیادی دارند.

bl2seq مقایسه بین دو دنباله را با استفاده از blastn یا blastp انجام می دهد
الگوریتم هر دو توالی باید یا نوکلئوتید یا پروتئین باشند.

انفجار 2 یک دنباله را با یک پایگاه داده محلی یا یک دنباله دوم مقایسه می کند. آی تی
بیشتر قابلیت های هر دو را در بر می گیرد bl2seq و بلاستال، اما از یک نیمه
موتور داخلی آزمایشی جدید

بلاستال و blastall_old بهترین تطابق ها را در یک پایگاه داده محلی برای یک دنباله پیدا کنید.
بلاستال از موتور جدیدتری استفاده می کند blastall_old به طور پیش فرض، اما با استفاده از قدیمی تر پشتیبانی می کند
موتور نیز (در صورت فراخوانی با گزینه -V F).

blastcl3 به جدیدترین موتور جستجوی NCBI BLAST (نسخه 2.0) دسترسی دارد. نرم افزار پشت
BLAST نسخه 2.0 از ابتدا نوشته شد تا به BLAST اجازه دهد تا چالش های جدید را مدیریت کند
ارائه شده توسط پایگاه های اطلاعاتی توالی در سال های آینده. به روز رسانی این نرم افزار خواهد بود
در سال های آینده نیز ادامه یابد.

blastpgp جستجوهای شکاف blastp را انجام می دهد و می توان از آن برای انجام جستجوهای تکراری در داخل استفاده کرد
حالت psi-blast و phi-blast.

IMPALA پایگاه داده ای از ماتریس های امتیاز را جستجو می کند که توسط نسخه برداری(1)، تولید BLAST مانند
خروجی.

مگابلاست از الگوریتم حریصانه وب میلر و همکاران استفاده می کند. برای توالی نوکلئوتیدی
جستجوی تراز و الحاق بسیاری از پرس و جوها برای صرفه جویی در زمان صرف شده برای اسکن پایگاه داده.
این برنامه برای تراز کردن توالی هایی که در نتیجه کمی متفاوت هستند بهینه شده است
توالی یا سایر "خطاهای" مشابه. تا 10 برابر سریعتر از معمول تر است
برنامه های تشابه توالی و بنابراین می توان از آنها برای مقایسه سریع دو مجموعه بزرگ استفاده کرد
سکانس ها علیه یکدیگر

rpsblast (Reverse PSI-BLAST) یک دنباله پرس و جو را در برابر پایگاه داده پروفایل ها جستجو می کند.
این برعکس PSI-BLAST است که نمایه را بر اساس پایگاه داده ای از توالی ها جستجو می کند.
از این رو "معکوس". rpsblast از یک الگوریتم BLAST مانند برای یافتن تک کلمه ای یا دو کلمه ای استفاده می کند
ضربه ها و سپس اجرای یک پسوند بدون شکاف در این مسابقات کاندید. اگر یک
تراز بدون شکاف به اندازه کافی با امتیاز بالا تولید می شود، پسوند شکافی انجام می شود
و آن ترازهای (شکاف) با ارزش انتظاری به اندازه کافی پایین گزارش شده است. این
روش بر خلاف IMPALA است که یک محاسبه اسمیت-واترمن را بین
پرس و جو و هر نمایه، به جای استفاده از رویکرد ضربه کلمه برای شناسایی موارد مشابه
باید تمدید شود.

بالای بذر به دو سوال نسبتا ساده پاسخ می دهد:
1. با توجه به یک دنباله و پایگاه داده از الگوها، که الگوها در دنباله رخ می دهد
و کجا؟
2. داده شده یک الگو و یک پایگاه داده دنباله، که دنباله ها شامل الگو و
جایی که؟

برخی از این دستورات از چندین نوع مقایسه پشتیبانی می‌کنند که توسط -p
پرچم ("برنامه"):

blastp توالی جستجوی اسید آمینه را با پایگاه داده توالی پروتئین مقایسه می کند.

blastn توالی پرس و جوی نوکلئوتیدی را با پایگاه داده توالی نوکلئوتیدی مقایسه می کند.

blastx محصولات ترجمه مفهومی شش فریمی یک پرسش نوکلئوتیدی را مقایسه می کند
توالی (هر دو رشته) در برابر پایگاه داده توالی پروتئین. برای bl2seqاز
نوکلئوتید باید اولین توالی داده شده باشد.

psitblastn توالی پرس و جو پروتئین را با پایگاه داده توالی نوکلئوتیدی مقایسه می کند
به صورت پویا در هر شش فریم خواندن (هر دو رشته) با استفاده از a
ماتریس موقعیت خاص ایجاد شده توسط PSI-BLAST.

tblastn توالی پرس و جو پروتئین را با پایگاه داده توالی نوکلئوتیدی مقایسه می کند
به صورت پویا در هر شش فریم خواندن (هر دو رشته) ترجمه شده است. برای bl2seq,
نوکلئوتید باید دومین توالی داده شده باشد.

tblastx ترجمه های شش فریمی یک دنباله پرس و جوی نوکلئوتیدی را در برابر آن مقایسه می کند
ترجمه های شش فریمی از پایگاه داده توالی نوکلئوتیدی

OPTIONS

خلاصه ای از گزینه ها در زیر آمده است.

- پیام مصرف چاپ

-A (bl2seq)
توالی های ورودی به صورت accession.version

-A N (blastall، blastall_old، blastcl3، blastpgp، megablast)
اندازه پنجره چند بازدید; به طور کلی پیش فرض 0 (برای برنامه های افزودنی تک ضربه) است، اما
هنگام استفاده از الگوهای ناپیوسته، به طور پیش فرض 40 است.

-B N (blast2)
تولید خروجی در حین پرواز:
0 هیچ (پیش فرض)
1 جدول افست و مقادیر کیفیت
2 داده های توالی را اضافه کنید
3 متن ASN.1
4 باینری ASN.1

-B N (blastall, blastall_old)
تعداد پرس و جوهای پیوسته، در حالت blastn یا tblastn

-B نام فایل (blastpgp)
فایل تراز ورودی برای راه اندازی مجدد PSI-BLAST

-C X (blast2، blastall، blastall_old، blastcl3)
از آمارهای مبتنی بر ترکیب برای blastp یا tblastn استفاده کنید:
T، T، D یا D
پیش فرض (معادل 1 برای انفجار 2 و blastall_old و به 2 برای بلاستال
و blastcl3)
0، F، یا f
آماری مبتنی بر ترکیب وجود ندارد
1 آمار مبتنی بر ترکیب همانطور که در نار 29:2994-3005، 2001
2 تنظیم امتیاز مبتنی بر ترکیب به شرح زیر است بیوانفورماتیک 21:902-911، 2005،
مشروط به خواص توالی
3 تنظیم امتیاز مبتنی بر ترکیب به شرح زیر است بیوانفورماتیک 21:902-911، 2005،
بی قید و شرط
هنگام فعال کردن آمار در blastall، blastall_old، یا blastcl3 (به عنوان مثال، نه blast2)،
ضمیمه کردن u (بدون حساس به حروف بزرگ) به حالت استفاده از مقادیر p یکپارچه را امکان پذیر می کند
ترکیب تراز و مقادیر p ترکیبی فقط در دور 1.

-C نام فایل (blastpgp)
فایل خروجی برای بازرسی PSI-BLAST

-C N (سطح بذر)
امتیاز فقط یا نه (پیش فرض = 1)

-D N (bl2seq)
فرمت خروجی:
0 سنتی (پیش فرض)
1 جدول

-D N (blast2، blastall، blastall_old، blastcl3)
توالی ها را در پایگاه داده بر اساس کد ژنتیکی ترجمه کنید N in
/usr/share/ncbi/data/gc.prt (پیش‌فرض 1 است؛ فقط برای tblast* اعمال می‌شود)

-D N (مگابلاست)
نوع خروجی:
0 نقطه پایان تراز و امتیاز
1 نقطه پایانی تمام بخش های بدون شکاف
2 خروجی سنتی BLAST (پیش‌فرض)
قالب یک خطی با 3 برگه جدا شده
4 متن افزایشی ASN.1
5 افزایشی باینری ASN.1

-D N (سطح بذر)
کاهش هزینه برای تراز کردن (پیش‌فرض = 99999)

-E N (bl2seq، blastcl3، megablast)
افزایش هزینه های شکاف N (-1 رفتار پیش فرض را فراخوانی می کند)

-E N (blast2, blastall, blastall_old)
افزایش هزینه های شکاف N (-1 رفتار پیش‌فرض را فراخوانی می‌کند: اگر حریص باشد غیر وابسته، 2
در غیر این صورت)

-E N (blastpgp، impala، seedtop)
افزایش هزینه های شکاف N (پیش فرض 1 است)

-F خ (bl2seq، blast2، blastall، blastall_old، blastpgp،
blastcl3، impala، megablast، rpsblast) گزینه های فیلتر برای DUST یا SEG. پیش فرض به
T برای bl2seq، blast2، blastall، blastall_old، blastcl3، و megablast و به F برای
blastpgp، impala و rpsblast.

-F (سطح بذر)
دنباله فیلتر با SEG.

-G N (bl2seq، blastcl3، megablast)
باز کردن شکاف هزینه دارد N (-1 رفتار پیش فرض را فراخوانی می کند)

-G N (blast2, blastall, blastall_old)
باز کردن شکاف هزینه دارد N (-1 رفتار پیش‌فرض را فراخوانی می‌کند: اگر حریص باشد غیر وابسته، اگر حریص باشد 5
با استفاده از برنامه نویسی پویا)

-G N (blastpgp، impala، seedtop)
باز کردن شکاف هزینه دارد N (پیش فرض 11 است)

-H (blast2)
تولید خروجی HTML

-H N (blastpgp)
پایان منطقه مورد نیاز در پرس و جو (-1 نشان دهنده پایان پرس و جو است)

-H (ایمپالا)
راهنمای چاپ (متفاوت از پیام استفاده)

-H N (مگابلاست)
حداکثر تعداد HSP برای ذخیره در هر دنباله پایگاه داده (پیش فرض 0، نامحدود است)

-I "شروع متوقف کردن" (bl2seq، blast2)
مکان در اولین دنباله (پرس و جو) (فقط در صورتی اعمال می شود که فایل با مشخص شده باشد -i شامل
یک سکانس)

-I (blastall، blastall_old، blastcl3، blastpgp، impala، megablast،
rpsblast، seedtop) GIها را در خطوط مشخص نشان دهید

-J "شروع متوقف کردن" (bl2seq، blast2)
مکان در دومین (موضوع) دنباله (فقط در صورتی اعمال می شود که فایل با مشخص شده باشد -j
شامل یک دنباله واحد)

-J (blastall، blastall_old، blastcl3، blastpgp، impala، megablast،
rpsblast، seedtop) Defline پرس و جو را باور کنید

-K N (blast2، blastall، blastall_old، blastcl3، blastpgp)
تعداد بهترین بازدیدها از یک منطقه برای حفظ کردن. به طور پیش فرض خاموش است. اگر از مقدار 100 استفاده شود
توصیه می شود. مقادیر بسیار بالایی از -v or -b نیز پیشنهاد می شوند.

-K N (سطح بذر)
ضرب‌کننده اندازه بافر ضربه داخلی (طول پرس و جو؛ پیش‌فرض = 2)

-L (blast2)
از جدول جستجوی (مگا BLAST کلاسیک) با عرض 12 استفاده کنید

-L شروع پایان (blastall, blastall_old, blastcl3, megablast,
rpsblast) مکان روی دنباله پرس و جو (برای rpsblast، فقط در حالت blastp معتبر است)

-M خ (bl2seq، blast2، blastall، blastall_old، blastcl3،
blastpgp، impala، seedtop) از ماتریس استفاده کنید خ (پیش فرض = BLOSUM62)

-M N (مگابلاست)
حداکثر طول کل پرس و جوها برای یک جستجو (پیش فرض = 5000000)

-N (blast2)
در خروجی جدولی فقط پیوست‌ها برای شناسه‌های دنباله‌ای نشان داده شود

-N X (blastpgp، rpsblast)
تعداد بیت‌ها برای راه‌اندازی شکاف (پیش‌فرض = 22.0)

-N N (مگابلاست)
نوع قالب کلمه ناپیوسته:
0 کدگذاری (پیش فرض)
1 بهینه
2 دو تا به طور همزمان

-O نام فایل (blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp، impala، megablast، rpsblast، seedtop) ترازهای ترتیبی Write (ASN.1)
به نام فایل; فقط برای blastpgp، impala، rpsblast و seedtop با معتبر است -Jو
فقط برای مگابلاست با -D2.

-P X (blast2)
برش درصد هویت

-P N (blastall، blastall_old، blastcl3، blastpgp، rpsblast)
روی 1 برای حالت تک ضربه یا 0 برای حالت چند ضربه (پیش فرض) تنظیم کنید. صدق نمی کند
منفجر کردن

-P نام فایل (ایمپالا)
پروفایل های ماتریس را از پایگاه داده بخوانید نام فایل

-P N (مگابلاست)
حداکثر تعداد موقعیت‌ها برای یک مقدار هش (برای نادیده گرفتن روی 0 [پیش‌فرض] تنظیم کنید)

-Q N (blast2، blastall، blastall_old، blastcl3)
پرس و جو را بر اساس کد ژنتیکی ترجمه کنید N در /usr/share/ncbi/data/gc.prt (پیش‌فرض
1 است)

-Q نام فایل (blastpgp)
فایل خروجی برای ماتریس PSI-BLAST در ASCII

-Q نام فایل (مگابلاست)
خروجی پرس و جو ماسک شده؛ نیاز دارد -D 2

-R (blast2)
ترازهای بهینه اسمیت-واترمن را به صورت محلی محاسبه کنید. (این گزینه فقط موجود است
برای شکاف tblastn.)

-R نام فایل (blastall, blastall_old)
فایل ایست بازرسی PSI-TBLASTN را بخوانید نام فایل

-R (blastcl3)
جستجوی RPS Blast

-R نام فایل (blastpgp)
فایل ورودی برای راه اندازی مجدد PSI-BLAST

-R (مگابلاست)
اطلاعات گزارش را در پایان خروجی گزارش کنید

-S N (bl2seq، blast2، blastall، blastall_old، blastcl3،
megablast) رشته‌های جستجو برای جستجو در پایگاه داده برای blastn، blastx، tblastx:
1 تاپ
2 پایین
3 هر دو (پیش فرض)

-S N (blastpgp)
شروع منطقه مورد نیاز در پرس و جو (پیش فرض = 1)

-S N (سطح بذر)
هزینه قطع (پیش‌فرض = 30)

-T (bl2seq، blastall، blastall_old، blastcl3، blastpgp، megablast،
rpsblast) خروجی HTML تولید کنید

-T N (blast2)
نوع قالب کلمه ناپیوسته:
0 کدگذاری (پیش فرض)
1 بهینه
2 دو تا به طور همزمان

-U (bl2seq، blastall، blastall_old، blastcl3، blastpgp، megablast،
rpsblast) از فیلتر کردن حروف کوچک برای دنباله پرس و جو استفاده کنید

-V (bl2seq، blastall، megablast)
استفاده اجباری از موتور قدیمی

-V (blast2)
از رویکرد اندازه کلمه متغیر برای اسکن پایگاه داده استفاده کنید

-W N (bl2seq، blast2، blastall، blastall_old، blastcl3،
blastpgp، megablast، rpsblast) از کلمات اندازه استفاده کنید N (طول بهترین تطابق کامل؛
صفر رفتار پیش‌فرض را فراخوانی می‌کند، به جز با megablast که 28 پیش‌فرض است و
blastpgp، که پیش‌فرض آن 3 است. مقادیر پیش‌فرض برای دستورات دیگر با هم متفاوت است
"برنامه": 11 برای blastn، 28 برای megablast، و 3 برای هر چیز دیگری.)

-X N (bl2seq، blast2، blastall، blastall_old، blastcl3،
blastpgp، megablast، rpsblast، seedtop) مقدار افت X برای تراز شکاف (در
بیت) (صفر رفتار پیش‌فرض را فراخوانی می‌کند، به جز مگابلاست که 20 پیش‌فرض است،
و rpsblast و seedtop که به طور پیش فرض 15 هستند. مقادیر پیش فرض برای دیگری
دستورات با "برنامه" متفاوت است: 30 برای blastn، 20 برای megablast، 0 برای tblastx، و
15 برای هر چیز دیگری.)

-Y X (bl2seq، blast2، blastall، blastall_old، blastcl3،
blastpgp، megablast، rpsblast) طول موثر فضای جستجو (استفاده از صفر برای
اندازه واقعی)

-Z N (blast2، blastall، blastall_old، blastcl3، blastpgp،
مگابلاست، rpsblast) مقدار افت X برای نهایی [برنامه نویسی پویا؟] شکاف دارد
تراز بر حسب بیت (پیش فرض 100 برای blastn و megablast، 0 برای tblastx، 25 برای
دیگران)

-a نام فایل (bl2seq)
متن خروجی ASN.1 را در آن بنویسید نام فایل

-a N (blast2، blastall، blastall_old، blastcl3، blastpgp،
impala، megablast، rpsblast) تعداد رشته‌های مورد استفاده (پیش‌فرض یک است)

-b N (blast2، blastall، blastall_old، blastcl3، blastpgp،
impala، megablast، rpsblast) تعداد توالی پایگاه داده برای نشان دادن ترازها
(B) (پیش‌فرض 250 است)

-c (blast2)
ماسک کوچک

-c N (ایمپالا)
ثابت در شبه شمارش برای نسخه چند پاس. 0 (پیش فرض) از روش آنتروپی استفاده می کند.
در غیر این صورت مقدار نزدیک به 30 توصیه می شود

-c N (ایمپالا)
ثابت در شبه شمار برای نسخه چند گذر (پیش فرض 10 است)

-d N (bl2seq)
از اندازه DB نظری استفاده کنید N (صفر نشان دهنده اندازه واقعی است)

-d خ (blast2، blastall، blastall_old، blastcl3، blastpgp،
پایگاه داده impala، megablast، seedtop برای استفاده (پیش‌فرض برای همه فایل‌های اجرایی nr.
به جز blast2 که در صورت تنظیم نشدن به دنباله دوم FASTA نیاز دارد)

-d نام فایل (rpsblast)
پایگاه داده RPS BLAST

-e X مقدار انتظاری (E) (پیش‌فرض = 10.0)

-f X (blast2، blastall، blastall_old، blastcl3)
آستانه برای گسترش بازدید، پیش‌فرض در صورت صفر: 0 برای blastn و megablast، 11 برای
blastp، 12 برای blastx، و 13 برای tblasn و tblastx.

-f N (blastpgp)
آستانه برای افزایش بازدیدها (پیش‌فرض 11)

-f (مگابلاست)
نمایش شناسه‌های کامل در خروجی (پیش‌فرض: فقط GI یا پیوست‌ها)

-f (سطح بذر)
جست و جوی الگوها را اجباری کنید، حتی اگر خیلی محتمل باشند

-g F (bl2seq، blastall، blastall_old، blastcl3)
تراز شکافی را انجام ندهید (N/A برای tblastx)

-g (blast2)
از الگوریتم حریص برای برنامه های افزودنی شکاف استفاده کنید

-g F (مگابلاست)
ایجاد مگابلاست ناپیوسته برای هر پایه پایگاه داده، کلمات را تولید کند
(با موتور BLAST فعلی اجباری است)

-h N (blast2)
جریمه تغییر فریم برای شکاف خارج از فریم (فقط blastx، tblastn؛ پیش‌فرض است
صفر)

-h X (blastpgp، impala)
آستانه ارزش الکترونیکی برای گنجاندن در مدل چندگذری (پیش‌فرض = 0.002 برای blastpgp،
0.005 برای ایمپالا)

-i نام فایل
خواندن (اول، پرس و جو) دنباله یا مجموعه از نام فایل (پیش‌فرض stdin است؛ برای آن لازم نیست
blastpgp در صورت شروع مجدد از scoremat)

-j نام فایل (bl2seq، blast2)
دنباله دوم (موضوع) یا مجموعه از را بخوانید نام فایل

-j N (blastpgp)
حداکثر تعداد پاس برای استفاده در نسخه چند گذر (پیش‌فرض = 1)

-k خ (blast2)
الگوی PHI-BLAST

-k نام فایل (blastpgp، seedtop)
فایل ضربه ورودی برای PHI-BLAST (پیش‌فرض = hit_file)

-l خ (blastall، blastall_old، blastpgp، megablast)
محدود کردن جستجوی پایگاه داده به لیست GI [رشته]

-l نام فایل (rpsblast)
ورود پیام ها به نام فایل به جای خطای استاندارد

-m (bl2seq)
برای جستجو از Mega Blast استفاده کنید

-m N (blast2، blastall، blastall_old، blastcl3، blastpgp،
گزینه‌های نمای هم‌ترازی impala، megablast، rpsblast:
0 به صورت زوجی (پیش فرض)
1 نشان دهنده هویت با پرس و جو
2 پرس و جو، بدون هویت
3 پرس و جو مسطح لنگر، نشان دادن هویت
4 پرس و جو مسطح، بدون هویت
5 پرس‌وجو، بدون هویت و پایان‌های بی‌نقص
6 پرس و جو مسطح، بدون هویت و انتهای بی‌نقص
7 خروجی XML Blast (برای ایمپالا موجود نیست)
8 جدول (برای ایمپالا موجود نیست)
9 جدول با خطوط نظر (برای ایمپالا موجود نیست)
10 متن ASN.1 (برای impala یا rpsblast موجود نیست)
11 ASN.1 باینری (برای impala یا rpsblast موجود نیست)

-n (blast2)
GI ها را در شناسه های متوالی نشان دهید

-n (blastall، blastall_old، blastcl3)
جستجوی MegaBlast

-n (مگابلاست)
از پسوند غیر حریص (برنامه نویسی پویا) برای امتیازات شکاف افین استفاده کنید

-o نام فایل
نوشتن گزارش تراز نهایی به نام فایل به جای stdout

-p خ (bl2seq، blast2، blastall، blastall_old، blastcl3)
از "برنامه" استفاده کنید (نوع مقایسه) خ. شرح بخش این را پوشش می دهد
گزینه با جزئیات بیشتر

-p خ (blastpgp)
گزینه برنامه برای PHI-BLAST (پیش فرض = blastpgp)

-p X (مگابلاست)
برش درصد هویت (پیش‌فرض = 0)

-p F (rpsblast)
دنباله پرس و جو نوکلئوتید است نه پروتئین

-p خ (سطح بذر)
نام برنامه:
patmatchp نشان می دهد که کدام الگوها در یک دنباله رخ می دهند
patternp نشان می دهد که کدام دنباله ها حاوی یک الگو هستند

-q N (bl2seq، blast2، blastall، blastall_old، blastcl3،
megablast، seedtop) جریمه برای عدم تطابق نوکلئوتیدی (فقط blastn) (پیش فرض = -10
برای تاپ، -3 برای هر چیز دیگر)

-q N (blastpgp)
ASN.1 Scoremat ورودی داده های ایست بازرسی:
0 بدون ورودی امتیازبندی (پیش‌فرض)
1 راه اندازی مجدد از فایل نقطه چک امتیاز ASCII
2 راه اندازی مجدد از فایل چک نقطه امتیاز باینری

-r N (bl2seq، blast2، blastall، blastall_old، blastcl3،
megablast، seedtop) پاداش برای مطابقت نوکلئوتیدی (فقط blastn) (پیش‌فرض = 10 برای
seedtop، -10 برای هر چیز دیگری)

-s (blast2)
No-op (که قبلاً برای هر پایه پایگاه داده برای ایجاد کلمات درخواست شده بود)

-s (blastall، blastall_old، blastcl3، blastpgp)
ترازهای بهینه اسمیت-واترمن را به صورت محلی محاسبه کنید. برای blastall، blastall_old و
blastcl3، این فقط در حالت gapped tblastn موجود است.

-s N (مگابلاست)
حداقل امتیاز ضربه برای گزارش (0 برای رفتار پیش فرض)

-t N (bl2seq، blast2، blastall، blastall_old، blastcl3)
طول یک الگوی کلمه ناپیوسته (بزرگترین اینترون مجاز در ترجمه شده است
توالی نوکلئوتیدی هنگام پیوند دادن چندین تکالیف مجزا. پیش فرض = 0;
مقادیر منفی پیوند را برای blastall، blastall_old و blastcl3 غیرفعال می‌کنند.)

-t N[u] (blastpgp)
تنظیم امتیاز مبتنی بر ترکیب. کاراکتر اول به صورت زیر تفسیر می شود:
0، F، یا f
بدون آمار مبتنی بر ترکیب
1 آمار مبتنی بر ترکیب همانطور که در نار 29:2994-3005، 2001
2، T، یا t
تنظیم امتیاز مبتنی بر ترکیب همانطور که در بیوانفورماتیک 21:902-911، 2005،
مشروط به ویژگی های دنباله در دور 1 (پیش فرض)
3 تنظیم امتیاز مبتنی بر ترکیب همانطور که در بیوانفورماتیک 21:902-911، 2005،
بدون قید و شرط در دور 1

هنگامی که آمار مبتنی بر ترکیب در حال استفاده است، پیوست u (بدون حساس به حروف کوچک و بزرگ) به
آرگومان درخواست p-value یکپارچه با ترکیب تراز p-value و ترکیبی p-
ارزش فقط در دور 1.

-t N (مگابلاست)
طول یک الگوی کلمه ناپیوسته (کلمه پیوسته اگر 0 [پیش‌فرض])

-u (blast2)
فقط تراز بدون شکاف را انجام دهید (برای tblastx همیشه درست است)

-u خ (blastcl3)
جستجوی پایگاه داده را به نتایج جستجوی Entrez2 محدود کنید

-u N (blastpgp)
خروجی ASN.1 Scoremat داده های ایست بازرسی:
0 بدون خروجی امتیازبندی (پیش‌فرض)
1 خروجی ASCII scoremat checkpoint فایل (نیاز دارد -J)
2 خروجی فایل نقطه چک امتیاز دودویی (نیاز دارد -J)

-v N (blast2، blastall، blastall_old، blastcl3، blastpgp،
impala، megablast، rpsblast) تعداد توضیحات یک خطی برای نمایش (V) (پیش فرض =
500)

-w N (blast2)
اندازه پنجره (حداکثر فاصله مجاز بین یک جفت ضربه اولیه؛ 0 فراخوانی
رفتار پیش فرض، -1 چندین ضربه را خاموش می کند)

-w N (blastall، blastall_old، blastcl3)
جریمه تغییر فریم (الگوریتم OOF برای blastx)

-y X (blast2، blastall، blastall_old، blastcl3، blastpgp،
impala، rpsblast) X dropoff برای پسوندهای بدون شکاف در بیت (0.0 پیش فرض را فراخوانی می کند
رفتار: 20 برای بلاستن، 10 برای مگابلاست، و 7 برای بقیه.)

-y N (مگابلاست)
مقدار حذف X برای برنامه افزودنی بدون شکاف (پیش‌فرض 10 است)

-z N (blast2)
طولانی ترین طول اینترون برای پیوند HSP شکاف ناهموار (فقط tblastn؛ پیش فرض 0 است)

-z N (blastall، blastall_old، blastcl3، blastpgp، impala،
megablast، rpsblast) طول موثر پایگاه داده (از صفر برای اندازه واقعی استفاده کنید)

با استفاده از خدمات onworks.net از megablast آنلاین استفاده کنید