این دستور mkdssp است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
mkdssp - محاسبه ساختار ثانویه برای پروتئین ها در یک فایل PDB
خلاصه
mkdssp [OPTION] pdffile [dsspfile]
شرح
La mkdssp این برنامه در اصل توسط ولفگانگ کابش و کریس ساندر طراحی شد
استاندارد کردن تخصیص ساختار ثانویه DSSP یک پایگاه داده از ساختار ثانویه است
تکالیف (و خیلی بیشتر) برای تمام ورودی های پروتئین در بانک اطلاعات پروتئین (PDB) و
mkdssp برنامه ای است که ورودی های DSSP را از ورودی های PDB محاسبه می کند. لطفا توجه داشته باشید
که mkdssp میکند نه پیش بینی ساختار ثانویه
OPTIONS
اگر استناد کنید mkdssp تنها با یک پارامتر، به عنوان فایل PDB به تفسیر خواهد شد
فرآیند و خروجی به stdout ارسال خواهد شد. اگر پارامتر دوم مشخص شده باشد این است
به عنوان نام فایل DSSP برای ایجاد تفسیر می شود. هم فایل ورودی و هم فایل خروجی
نام ها ممکن است دارای .gz یا .bz2 به عنوان پسوند باشند که منجر به فشرده سازی مناسب می شود.
-i, -- ورودی نام فایل
نام فایل a PDB فایل فرمت شده حاوی داده های ساختار پروتئین. این
فایل ممکن است یک فایل فشرده شده توسط gzip یا bzip2 باشد.
-o, -- خروجی نام فایل
نام فایل a DSSP فایل برای ایجاد اگر نام فایل به .gz یا bz2. ختم شود a
فایل فشرده ایجاد می شود.
-v, -- پرحرف
اطلاعات تشخیصی را بنویسید
- نسخه
شماره نسخه را چاپ کنید و خارج شوید.
-h, --کمک
پیام راهنما را چاپ کنید و خارج شوید. دایرکتوری حاوی اسکریپت های تجزیه کننده برای
خانم
تئوری
برنامه DSSP با محاسبه محتمل ترین تخصیص ساختار ثانویه داده شده کار می کند
ساختار سه بعدی یک پروتئین این کار را با خواندن موقعیت اتم ها در a انجام می دهد
پروتئین (اتوم در فایل PDB ثبت می شود) و سپس انرژی پیوند H محاسبه می شود.
بین همه اتم ها سپس از بهترین دو پیوند H برای هر اتم برای تعیین بیشترین استفاده می شود
کلاس احتمالی ساختار ثانویه برای هر باقی مانده در پروتئین.
این به این معنی است که شما باید یک ساختار سه بعدی کامل و معتبر داشته باشید تا یک پروتئین قادر به انجام آن باشد
ساختار ثانویه را محاسبه کنید هیچ جادوی در DSSP وجود ندارد، به عنوان مثال نمی تواند حدس بزند
ساختار ثانویه برای یک پروتئین جهش یافته که ساختار سه بعدی آن را ندارید.
DSSP فایل FORMAT
قسمت سرصفحه هر فایل DSSP به صورت خود توضیح داده می شود و حاوی برخی از اطلاعات است
از فایل PDB کپی شده و در هنگام محاسبه آماری جمع آوری شده است
ساختار ثانویه
نیمه دوم فایل حاوی اطلاعات ساختار ثانویه محاسبه شده در هر
باقی مانده آنچه در زیر می آید توضیح مختصری برای هر ستون است.
ستون نام توضیحات:
────────────────────────────────────────────────── ──────────────────
# عدد باقیمانده که توسط mkdssp شمارش شده است
RESIDUE شماره باقیمانده که توسط فایل PDB مشخص شده است
به دنبال آن یک شناسه زنجیره ای.
AA کد یک حرفی برای اسید آمینه. اگر این
حرف کوچک است این یعنی a
سیستئین که یک پل گوگردی با
اسید آمینه دیگر در این ستون با همان
حروف کوچک.
ساختار این یک ستون پیچیده حاوی چندین زیر است
ستون ها. ستون اول شامل یک حرف است
نشان دهنده ساختار ثانویه اختصاص داده شده به
این باقی مانده مقادیر معتبر عبارتند از:
رمز توضیحات:
H آلفا مارپیچ
پل بتا B
E Strand
G Helix-3
من هلیکس-5
T Turn
S Bend
آنچه در زیر می آید سه ستون نشان دهنده برای
هر یک از سه نوع مارپیچ (3، 4 و 5)
آیا این باقیمانده کاندیدای تشکیل است
این مارپیچ آ > کاراکتر نشان می دهد که a شروع می شود
مارپیچ، یک عدد نشان می دهد که در داخل چنین a
مارپیچ و الف < کاراکتر به این معنی است که به مارپیچ پایان می دهد.
ستون بعدی حاوی یک کاراکتر S در صورتی است
باقی مانده یک خم احتمالی است.
سپس ستونی وجود دارد که کایرال بودن را نشان می دهد
و این می تواند مثبت یا منفی باشد
(یعنی پیچش آلفا یا مثبت است یا
منفی).
دو ستون آخر حاوی برچسب های پل بتا هستند.
حروف کوچک در اینجا به معنای پل موازی است و بنابراین
حروف بزرگ به معنای ضد موازی است.
BP1 و BP2 کاندیدای جفت پل اول و دوم، این است
به دنبال آن یک نامه نشان دهنده برگه است.
ACC دسترسی به این باقی مانده، این است
مساحت سطح در آنگستروم مربع بیان می شود که
توسط یک مولکول آب قابل دسترسی است.
NH-->O..O-->HN چهار ستون، آنها برای هر باقی مانده
انرژی پیوند H با باقیمانده دیگری که در آن
باقیمانده فعلی یا پذیرنده یا دهنده است.
هر ستون شامل دو عدد است، اولی
یک افست از باقیمانده فعلی به
باقیمانده شریک در این پیوند H (در DSSP
شماره گذاری)، عدد دوم محاسبه شده است
انرژی برای این پیوند H
TCO کسینوس زاویه بین C=O از
باقیمانده فعلی و C=O باقیمانده قبلی. برای
alpha-helices، TCO نزدیک 1+ است، برای برگه های بتا
TCO نزدیک به -1 است. برای ساختار استفاده نمی شود
تعریف.
کاپا زاویه پیوند مجازی (زاویه خمشی) که توسط
سه اتم C-alpha جریان باقی مانده
- 2، فعلی و فعلی + 2. برای تعریف استفاده می شود
خم شدن (کد ساختار 'S').
زوایای پیچش ستون فقرات پپتیدی PHI و PSI IUPAC.
X-CA، Y-CA و Z-CA مختصات C-alpha
تاریخچه
برنامه اصلی DSSP توسط Wolfgang Kabsch و Chris Sander در Pascal نوشته شده است.
این نسخه یک بازنویسی کامل در C++ بر اساس کد منبع اصلی است. چند باگ
از آن زمان رفع شده اند و الگوریتم ها اینجا و آنجا بهینه شده اند.
ALL
کد به شدت نیاز به به روز رسانی دارد. اولین چیزی که نیاز به پیاده سازی دارد این است
بهبود تشخیص pi-helices. بهبود دوم استفاده از زاویه وابسته است
محاسبه انرژی پیوند H
با استفاده از خدمات onworks.net از mkdssp آنلاین استفاده کنید
