این دستور NCLconverter است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
NCLconverter - گزارش محتوای فایل NEXUS
شرح
NCLconverter یک فایل را می خواند و گزارشی از محتوا را به پیشوند فایل می نویسد
(مشخص شده با -o پرچم) در قالب خروجی انتخاب شده (مشخص شده با -e پرچم).
La اکثر مشترک استفاده is به سادگی:
مبدل NCL
OPTIONS
-h در خط فرمان این پیام راهنما را نشان می دهد
-q هنگام خواندن فایل‌ها، پیام‌های وضعیت NCL را سرکوب کنید
-lیک فایل را می خواند و هر خط از فایل را به عنوان مسیری به فایل NEXUS در نظر می گیرد
-a خروجی AltNexus (بدون جدول ترجمه در درخت)
-x برچسب های داخلی درختان را به عنوان برچسب های گونه تایید نکنید
-X اعداد در درختان را به عنوان اعداد تاکسونی تلقی نکنید، آنها را به عنوان یک عدد دلخواه در نظر بگیرید
برچسب ها (نباید با فایل های NEXUS استفاده شود).
-sسطح سختگیری NEXUS را کنترل می کند.
سطح پیش فرض معادل است -2 فراخوانی برنامه با -3 یا بالاتر
شماره برخی از هشدارها را به خطاهای مرگبار تبدیل می کند. دویدن با -1 باعث خواهد شد
تجزیه کننده برای پذیرش سازه های خطرناک، و اجرا با -0 شود
تجزیه کننده تمام تلاش خود را برای تکمیل تجزیه فایل انجام می دهد (هشدار در مورد بسیار جدی است
خطاها).
توجه داشته باشید که وقتی -0 از سطح سختگیری استفاده می‌شود و تجزیه‌کننده آن را تمام نمی‌کند
اغلب نتیجه یک خطای زودتر از خطای گزارش شده است
آخرین پیام.
-iطول صفحاتی که باید ایجاد شوند را مشخص می کند
-fفرمت فایل ورودی مورد انتظار را مشخص می کند:
-fnexus
NEXUS (این نیز پیش فرض است)
-فافاستا
داده های اسید آمینه در fasta
-fdnafasta
داده های DNA در fasta
-فرنافاستا
داده های RNA در fasta
لیست کاملی از نام‌های قالبی که می‌توانند به دنبال آن باشند -f پرچم این است:
Nexus dnafasta aafasta rnafasta dnaphylip rnaphylip aaphylip discretephylip
dnaphylipinterleaved rnaphylipinterleaved aaphylipinterleaved
dnarelaxedphylip dnarelaxedphylip با برگهای گسسته
dnarrelaxedphylipinterleaved
aarelaxedphylipinterleaved discreterelaxedphylipinterleaved dnaaln rnaaln aaaln
phyliptree relaxedphyliptree nexml dnafin aafin rnafin
-eفرمت فایل خروجی مورد انتظار را مشخص می کند:
-Enexus
خروجی NEXUS "نرمال شده".
افاستا
داده های کاراکتر در fasta (ممکن است چندین فایل خروجی ایجاد کند)
-ephylip
درختان و داده های کاراکتر در phylip (ممکن است چندین فایل خروجی ایجاد کند)
فیلیپ آرام
درختان و داده های کاراکتر در فیلیپ آرام (ممکن است چندین فایل خروجی ایجاد کند)
-enexml
خروجی nexml (این هم پیش فرض است)
-oپیشوند خروجی را مشخص می کند.
پسوند و پسوند مناسب اضافه می شود
-dمقصد خروجی واحد را مشخص می کند. یا می توانید استفاده کنید -د- تا نشان دهد که
خروجی باید به خروجی استاندارد هدایت شود. استفاده هشدار از این گزینه ممکن است منجر شود
در یک خروجی نامعتبر به دلیل الحاق "بلوک های" جداگانه اطلاعات به
یک فایل واحد!
-u زیرخط ها را به فرمت هایی غیر از NEXUS به فاصله تبدیل می کند.
-yنام تاکسون های "ایمن" را ترجمه کنید و نام های جدید را به عنوان یک NEXUS ذخیره کنید.
فایل فراخوانی شد با بلوک TaxaAssociation. اولین بلوک گونه در
بلوک انجمن نام های اصلی را نگه می دارد و دومی "ایمن" را نگه می دارد.
نام
-Yمانند رفتار می کند -y، به جز با -Y حتی فایل ترجمه نیز تولید خواهد شد
اگر نام های اصلی قبلا "ایمن" بودند
-zاز فایل فرمت NEXUS به نام استفاده کنید با بلوک TaxaAssociation
برای بازیابی نام های اصلی
فرض می کند که اولین بلوک گونه در TaxaAssociation
بلوک نام اصلی را نگه می دارد و دومی نام فعلی است. این تابع است
مفید برای "لغو" اثرات -y گزینه.
-j ایجاد یک NameTranslationFile را متوقف کنید
از NCLconverter آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید
