این دستور pbdagcon است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
pbdagcon - اجماع توالی با استفاده از نمودارهای غیر چرخه ای جهت دار
شرح
pbdagcon ابزاری است که DAGCon (اجماع گراف غیرقابل هدایت مستقیم) را پیاده سازی می کند که یک
الگوریتم اجماع توالی مبتنی بر استفاده از نمودارهای غیر چرخه ای جهت دار برای رمزگذاری چندگانه
تراز توالی
از اطلاعات تراز استفاده می کند blasr(1) برای تراز کردن دنباله خوانده شده با یک "ستون ستون فقرات"
توالی. بر اساس گراف غیر چرخه‌ای جهت‌دار همسویی (DAG)، قادر خواهد بود
برای استفاده از اطلاعات جدید از خواندن برای یافتن اختلاف بین خوانده شده و
دنباله های "ستون فقرات". سپس یک فرآیند برنامه نویسی پویا به DAG اعمال می شود
دنباله بهینه پایه ها را به عنوان اجماع پیدا کنید. اجماع جدید می تواند به عنوان یک مورد استفاده قرار گیرد
دنباله ستون فقرات جدید برای بهبود مکرر کیفیت اجماع.
در حالی که کد برای پردازش داده های توالی خام PacBio(TM) توسعه یافته است، الگوریتم می تواند
برای هدف اجماع عمومی استفاده شود. در حال حاضر، فقط ورودی FASTA را می گیرد. برای کوتاه تر
دنباله ها را بخوانید، ممکن است نیاز به تنظیم داشته باشید blasr(1) پارامترهای تراز برای به دست آوردن
رشته را به درستی تراز کنید
کد و ساختار داده های گرافیکی زیربنایی برای برخی از الگوریتم ها استفاده شده است
نمونه سازی توسعه شامل مرحله خواندن، پیش مونتاژ و کار در اطراف
ایجاد اجماع از خروجی های اسمبلر میانی Celera.
OPTIONS
خلاصه ای از گزینه ها از منوی راهنمای برنامه در دسترس است.
--کمک نمایش خلاصه گزینه ها
با استفاده از خدمات onworks.net از pbdagcon به صورت آنلاین استفاده کنید
